مع الاتراك دول دخل مصر راجل اسمه محمد على بوظيفة مساعد قومندان فرقه عسكريه بتتكون من 300 نفر. محمد على ده فضل يترقى فى المناصب لغاية مابقى والى مصر ودخل التاريخ باسم محمد على باشا.فى العصر العثمانى اتدهورت احوال مصر بدرجه كبيره و انتشر فيها الجهل و الاميه و اختفت العلوم و المعارف اللى كانت مزدهره فيها و فوق كده انتشر التعصب الدينى ضد الأقباط. الأتراك نقلوا لمصر تعصبهم ضد المسيحيين فى منطقة الأناضول. لما اتعين محمد على والى على مصر كانت حالة الأقباط يرثى ليها من الفقر و الجهل و المعاناه من القهر الدينى. طبيعى ان فيه اقباط زى الجنرال يعقوب و غيره انضموا للفرنساويه ضد الاتراك اللى دمروا مصر و ذلوا شعبها من سنه 1517 لغاية نابليون ماوصل مصر لكن بعد خروج الفرنساويه رجع الاتراك و احتلوا مصر من تانى لكن فى الظروف دى لمع نجم محمد على. بعد محمد على مااتولى حكم مصر سنه 1805 ابتدا ينظم احوالها و يحسن مقاديرها. محمد على فى مشروعه النهضوى شاف الأقباط و المسلمين كرعيه و بالتالى اتحسنت احوال الاقباط و سادت مصر روح جديده. محمد على عين اقباط كتير فى الاعمال الحسابيه و عين المسلمين فى الاعمال الاداريه و عين اليهود مشرفين على خزاين الحكومه و لما اتوسعت المصالح و الدواوين زاد عدد الموظفين الأقباط فى الحكومه. مشروع محمد على الحضارى قام على الاستفاده من كل امكانيات مصر و المصريين مش على التمييز و القهر و التفرقه. محمد على ابطل الاضطهادات و كان بيعاقب اللى بيحاولو يعملوا فتن دينيه عقاب جامد و طلع الشيخ اسماعيل الوهبى رسايل بتطالب بوقف اضطهادات الاقباط بحجة انهم ناصروا الفرنساويه ضد الاتراك زى ما شنع عليهم الاتراك و ديولهم اللى بطبيعة الحال ماكانش على اهوائهم الاستبداديه الاستعماريه ان مصر تكون دوله مستقله زى ماكانت قبل مايغزوها فى 1517. عدد سكان مصر فى الفتره دى كان حوالى 5 مليون و الاحصا اللى عمله البطريرك وقتها ظهر فيه ان عدد الاقباط كان حوالى 217 الف. الاحصاءات اللى اتعملت بعد كده بينت ان عدد سكان مصر ابتدا يزيد من وقت محمد على. فى احصا سنه 1883 طلع العدد 6.806.381 ، و فى احصا سنه 1897 وصل عدد المصريين لـ 9.654.323. لغاية القرن التسعتاشر عاش غالبية الاقباط منعزلين فى قرى مصر و فى احياء معينه فى المدن.