وحدث تمرد من الجنود انتهت أخيراً بتعيين محمد على حاكما لمصر سنة 1805 م وظل أيضاً المعلم جرجس في منصبه رئيساً للمباشرين أيضاً يقول الجبرتى أن محمد على باشا بدأ تصرفاته بالعمل على تعزيز كلمته وإظهار سلطانه وتأييد مقامه واسترضاء الجند وصرف المتأخر من مرتباتهم، ففرض على قبط مصر وعلى عظمائهم جزية.