لا يعرف بالتحديد معنى تسمية نينوى، وهو اسم المدينة فى زمن الأكديين غير أنه يرجح أن يكون ليه علاقة بالآلهة عشتار اله الخصوبة فى بلاد الرافدين وكون اسمها القديم كان نينا. وفرضية تانيه تُرجع اسم المدينة الى الآرامية حيث تعني كلمة نونا (נונא) السمك. ولا تزال المدينة بأكملها تعرف أحيانا بنينوى (ܢܝܢܘܐ) أو آثور (ܐܬܘܪ) لدى السريان. يعود أول ذكر للتسمية الحديثة الى كسينوفون، المؤرخ الاغريقي، فى القرن الخامس قبل الميلاد حيث ذكر وجود مستوطنة صغيرة تحت اسم مبسيلا . غير أن كون هذه التسمية تعود لنفس المدينة الحديثة مشكوك به لأنها كانت تقع على الضفة الشرقية لنهر دجلة.