كانت بداية حبريته فترة خير وسلام للكنيسة، إذ كان الوالي عبد الواحد بن يحي إنسانًا عادلاً أحسن معاملة المصريين جميعًا على السواء. ولكن بعد أربع سنوات تغيّر الوالي وأتى من بعده ولاة أتراك معينين من قِبَل الخلفاء العباسيين، فنالته هو والشعب شدائد كثيرة واضطهادات عظيمة.