وينقسم المتحف إلى الأقسام التالية: قسم الأوعية النـادرة : المراد بالأوعية النادرة، نفائس المقتنيات المحفوظة في مكتبة الإسكندرية وهي: المخطوطات الأصلية، الكتب النادرة، الخرائط، العملات القديمة، المقتنيات الشخصية للمشاهير، الإهداءات النفيسة المقدَّمة للمكتبة، الوثائق..