سنة 1998 انتج فى قناة الجزيرة برنامجه السياسي المشهور سري للغاية والبرنامج اخد الجايزة الفضية من مهرجان القاهرة للانتاج الاذاعي والتلفزيوني فى نفس السنة واخد جايزة الإبداع المتميز من الجامعة الامريكية فى القاهرة سنة 2000. استقال فودة من الجزيرة سنة 2009.