وفي عام 1894 تمكن الشقيقان من إنهاء دراستهما في معهد ماكسميليان، وتابعا دراستهما على نفقة أبيهما حتى أنهيا الدراسات العليا عام 1900، فعاد علي إلى مصر ليعمل أستاذًا للجراحة بمدرسة قصر العيني تاركًا يوسف وحده يشق طريقه في المانيا.