فى مصر انتفض الأقباط لعزل باباهم ديسقورس وفرض مذهب الطبيعتين بالقوة وحصل هياج واضطهادات من السلطات البيزنطية وحاول البيزنطيين فرض بطاركة ملكانيين على كرسي الاسكندرية ومنهم "برتارس" بطريرك ملكاني، لكن بعد موت الامبراطور البيزنطي ماركيانوس هجم المصريون على البطريرك "برتارس" الخلقدوني الملكاني فى صحن الكنيسة وقتلوه، وتولى تيموثاوس الثانى (تيماناوس) البطريركية وكان اول يعقوبي يتولاها وظلت اليعقوبية هى المذهب الوطني للمصريين تحت قيادة بطريرك مصري.