اتوفى بيومى قنديل فجأة يوم الخميس 8 اكتوبر 2009 فى القاهرة و اتدفن حسب رغبته فى غرين الدلتا الاسمر.ترك بيومى قنديل تراث كبير و تأثير اكبر على الحياة الثقافية فى مصر و رثاه اصدقائه و محبينه المفجوعين فى خسارته فى جرانيل الدستور و العربى و روز اليوسف و القاهرة و المصرى اليوم  و وطنى  و الاهالى.