وكان أبراهيم بك ومراد بك أمير الحج قد عصيا على الأسيتانة ولم يعترفا بالباشا الذي ارسله السلطان العثماني وحكما مصر فأرسل السلطان جيشاً بقيادة حسن باشا قفطان (قبطان) سنة 1199 هـ فقاتل كل من أبراهيم بك ومراد بك وإنهزما منه فهربا إلى الصعيد وهرب معهما إبراهيم الجوهرى وبعض الأمراءوالكتاب ودخل حسن باشا إلى القاهرة، وأرسل يطلب من قاضي القضاة، إحصاء ما أوقفه المعلم إبراهيم الجوهري عظيم الأقباط على الكنائس والأديرة من أطيان وأملاك وغير ذلك.