تعد مغارة الأنبا صموئيل المعترف، من مناطق الزيارة المهمة بالدير واللى يتبارك بها الزائرون، وتقع بقمة عالية، على بعد 5 كم من الجهة الشرقية للدير، ومدخل المغارة من الجهة الغربية، وتضم المغارة حوض للمياه تتجمع فيه مياه الأمطار، وكان الأنبا صموئيل في أواخر حياته يقضي بها معظم أوقاته، وكان يذهب للدير على فترات لتفقد أحوال الرهبان.