بسبب الحاقدين قد تم أزله على مبارك من منصبه، وقد تم عزله وإرساله مع جيوش المصريين فى الحرب مع العثمانيين ضد روسيا. وبعد الحرب ظل علي مبارك فى تركيا، وبعدها ذهب إلى الأناضول وعمل هناك على تنظيم تحركات القوات العثمانية، وأسس مستشفى عسكري لعلاج الجنود. وبعدها عاد إلي مصر ولكن عاد إلى بلده وبعدها تولى منصب وضع المناهج الدراسية، وبعدها قد تولى نظارة الأوقاف وأسس مدرسة دار العلوم. وايضًا قام بتأليف كثير من الكتب وبعد رحلته المثمرة قد توفي في 14 نوفمبر عام 1893م.