كما حدثت توسعات عديدة في الدير في عهد البابا شنودة الثالث في الجهة الجنوبية خلف السور الأثري الجنوبي، حيث أنشأ بيتاً للخلوة لإقامة الكهنة الجدد، ومبنى للضيافة يتكون من أربعة أدوار، كما أصبح للدير سبع بوابات ومنارات يعلوها الصليب، ويوجد بالدير أيضاً مقر خاص للبابا وبجواره مخزن متحفي لحفظ آثار الدير.