ذُكر في عدة مصادر أن أبا داود كان حنبلي المذهب، فقد عده أبو إسحاق الشيرازي في طبقات الفقهاء من جملة أصحاب أحمد بن حنبل، كما ذكره ابن أبي يعلى في طبقات الحنابلة، وقد أكثر أبو داود النقل عن أحمد بن حنبل، قال ابن أبي يعلى: ، ثم أخذ يسرد ما رواه أبو داود عن ابن حنبل، كما ألف كتابًا في الفقه على مذهب أحمد بن حنبل، ورتبه حسب أبواب الفقه، وهو كتاب "مسائل الإمام أحمد". قال الذهبي: