تعرضت منطقة الدير اللى يحوطها المسيحيين الأقباط علي مر العصور للهدم والتخريب والحريق وبعدها العمران,فتهدمت الكنيسة فى أواخر القرن السابع الميلادي وتحولت الي شونة للقصب , ولم يبق من عمارتها الأولي الا كنيسة صغيرة بالجانب البحري ومكثت لغاية سنة 970 م فى زمان الأنبا ابرآم بن زرعة البطريرك 62 بعد معجزة نقل جبل المقطم.وكان طلب البابا أبن زرعه من الخليفة هو بناء الكنائس المتهدمة بعد معجزة نقل جبل المقطم,ومن الكنائس اللى تم اعادة بناءها كنيسة أبي سيفين والدير فى القرن العاشر.