انتقل يوسف إبراهيم لاحقًا لشغل منصب رئيس قسم طب الأطفال في جامعة فورتسبورج، ثم عُرضت عليه رئاسة قسم طب الأطفال في مستشفى كانت أنشأته شركة كارل زايس حديثًا بمدينة يينا، فانتقل إلى تلك المدينة في عام 1916 ـ وهو نفس العام الذي حصل فيه على درجة الأستاذية (بالألمانية: Extraordinarius) في فورتسبورج ـ ثم عُين في 1 أبريل 1917 أستاذًا لكرسي طب الأطفال حديث الإنشاء بجامعة يينا، وهو المنصب الذي ظل فيه حتى وفاته.