فى سنة 1542 اتأسس المكتب المقدس the Holy Office بإيعاز من راجل دومينيكى متعصب اسمه جيوفانى كارافا Giovanni Caraffa بمساعدة لويولا و اليسوعيين. كارافا قبل مايرجع روما كان مندوب للبابا فى اسبانيا و زى لويولا كان منبهر بمحاكم التفتيش الاسبانيه. كارافا شن حمله على لوحة " يوم الحساب " للرسام مايكلانجلو اللى رسمها على حيطة مدبح كنيسة سيستينا Capple Sistina فى الفاتيكان بسبب ظهور شخصيات عريانه ملط فى اللوحه ، و فى سنة 1565 الكنيسه استدعت رسام و كلفته بتغطية اجزاء من اجسام الشخصيات. محكمة التفتيش الباباويه اللى بقت بتتسمى المكتب المقدس بقت تحت اشراف كارافا اللى عاش فى روما فى بيت محصن حط فيه زنزانات واصدر تعليمات للمفتشين بمعاقبة اى حد حتى لو كانو بس بيشكو فيه و بالذات لو كان من الكالفينيين. فى 1555 كارافا نفسه بقى بابا للكاتوليك بإسم بول الرابع Paul IV و نصب الدومينيكى ميشيل غيسليرى Michele Ghislieri كاردينال و بعدين عينه رئيس للمكتب المقدس او الرئيس العام لمكاتب التفتيش. فى 1556 تم حرق اتناشر يهودى كانو اعتنقو المسيحيه فى انكونا Ancona و فى 1557 اتحكم بالسجن على كاردينال و فى نفس السنه تم القبض على عدد من الفينيسيين بتهمة الهرطقه و اتحرقو فى روما. بعد موت بول الرابع فى 1559 اتنصب غيسليرى بابا باسم بيوس الخامس Pius V ، و استمر المكتب المقدس فى عمليات القمع. فى 1562 اتدبح حوالى 2000 شخص فى جنوب ايطاليا ، و فى 1564 اتوافق رسمياً على لستة الكتب المحرمه Index Librorum Prohibitorum اللى كان كتبها كارافا قبل موته ، و فى 1567 مفكر هيومانى فلورانسى اتقطعت رقبته و فى 1570 تم خنق عالم لغوى فى سيينا Siena. فى 17 فبراير 1600 اتحرق العالم الفيزيائى جيوردانو برونو Giordano Bruno فى فينيسيا بعد ما اعتقله المكتب المقدس و هو فى زياره لايطاليا بتهمة الهرطقه فإتسجن و اتعذب لمدة سبع سنين عشان يغير ارائه العلميه و الفكريه و يطلب التوبه لكن رفض الإذعان و التخلى عن مبادئه و وقت حرقه مانطقش بكلمه.