そのわずか1週間あまりで双方の陣営は総人口の半分を死に至らしめた。Gundamのパイロットになってしまう。Gundamの性能もあり敵MSを撃退することはできたものの、Gundamの母艦である最新鋭補給艦(戦闘能力は戦艦並)ホワイトベース(W.B.)は正規乗組員のほとんどを失い、アムロをはじめこれに避難した少年少女たちは、生き残った乗組員達と協力しながらサイド7を脱出する。シャア・アズナブルが待ち構えていた。この物語は、アムロ達が長年の宿敵となるシャアを初め、様々な人々との出会いや戦い、そして別れを経て数々の困難を乗り越え、閉鎖的な極限状態に悩み傷つき、一時的に逃避しながらも一歩ずつ成長していく少年達の姿を描いている。