経て、京都大学文学部を卒業後、京都アニメーションに入社。その後アニメーションDoに移籍し、現在は株式会社「Ordet」の代表取締役を務めている。『フラクタル』、『らき☆すた』、『かんなぎ』のアニメーション監督のほか、2010年には『私の優しくない先輩』で実写映画の監督としても活動している。『らき☆すた』の監督を降板した際に京都アニメーションが社内判断の理由として用いた「その域に達していない」というフレーズを、手がけた作品のセリフやプロモーションに頻繁に用いている。『ケメコデラックス!』オープニング監督を降板した際には、山本との親交がある監督の水島努がブログで「山本さんの枕詞」と、冗談めかして書いている。ライバル視している演出家として、シンエイ動画に所属している高橋渉と、J.C.STAFFを中心に活躍している長井龍雪を挙げている。名前を挙げており、理由としては自身を無個性と分析しているため、個性を持っている作家を好むと語っている。「アニメ作品を見る場合はどうしても作家に寄るもの」(作家主義)と述べており自身が好む監督に宮崎駿、庵野秀明の名前を挙げている。「『エヴァ』はアニメにおけるヌーヴェルヴァーグである」という賞賛と持論を展開しながらも、同作には「アニメ史的に積み残したものがある」として「ポストエヴァ」の作品を意識的に作っていくという態度を取っている。同作から受けた影響に関しては、近年も語られていた。作曲家の神前暁(『涼宮ハルヒの憂鬱』音楽担当)は高校・大学の同期生で、彼が関わる作品に多く参加している。同姓同名のアニメーター(『ぼくの地球を守って』『愛天使伝説ウェディングピーチ』などの制作進行を務めた人物)とはまったくの別人である。著名な同業界人に対する歯に衣着せぬ物言いが有名である。最近では漫画界の巨匠、小池一夫氏を「業界に大した貢献をしていない。信念がなく覚悟もないくせに世間に尻尾を振っている」と評している。