2003年6月30日、正門前階段ふもとで、縦4.6メートル、横7.7メートルの石畳が発見されました。石は階段と同じ安山岩、表面を平らに削ってあり、継ぎ目部分には加工も施されています。その他にも中国景徳鎮産の豪華な西洋食器やヨーロッパ産のワインボトルなどの遺物が発見され、外交に当たっていた長崎奉行所の全体像が明らかになり、忠実な復元が期待できると県教委からの発表がありました。下記の写真は、発掘現場を撮影したものです。美術館が建っていたときは、「奉行所前通り」の表示板の直ぐ後ろに美術館別館があったのですが、現在ははるか向こうまで見渡せる更地になっています。7月14日に更地の真ん中辺りを整地してコールタールで固めていたのですが、翌日の7月15日には白い大きなテントが張られていました。