その周辺の島々および海域にまたがる国立公園である。仲の神島などからなる。43年ぶりの大規模な拡張である[5][6][7]。拡張後の面積は、陸域が20,569ha、海域が52,097ha(うち海中公園地区が約1,106.5ha)となった。2012年(平成24年)3月27日には陸域が21,958ha、海域が69,718ha(うち海域公園地区が20箇所、13,742.7ha)に拡大された[8]。海域公園地区の面積は国内最大である。2016年4月15日には西表島のほぼ全域が指定区域となるとともに、海域公園区域の拡張、石垣島北部の平久保半島のサガリバナ群落地の指定などにより面積が拡大し、陸域40,653ha、海域81,497haとなった[2]。公園区域のうち、西表島は、日本で最後の大規模な照葉樹林に覆われ、河口にはマングローブ林が広がるなど、原始性の高い亜熱帯性の植物相が形成されており、特別天然記念物のイリオモテヤマネコ、カンムリワシ、天然記念物のセマルハコガメ、リュウキュウキンバト等の希少な生物種が生息している。石垣島は、ラムサール条約登録湿地である名蔵アンパルや吹通川のマングローブ林、米原および於茂登岳のヤエヤマヤシやカンヒザクラの自生地などの希少な植物相が見られる。4地区が海域公園地区に指定されている[9]。石西礁湖は、日本で最大規模のサンゴ礁群であり、360種以上に及ぶ豊富な種類のサンゴが確認された世界的にも貴重なサンゴ礁のひとつである。このうち、4箇所(タキドングチ、シモビシ(以上、竹富島)、キャングチ(黒島)、マイビシ(新城島))が海域公園地区に指定されている[10]。