撃破数が5を超えるため、エースとして加算される。暴走による撃破が無ければ総撃破数11と、ダブルスコアを超えている。新劇場版での扱い呼び名が「サードチルドレン」から「第三の少年」へと変更されたが、キャラクター造形自体はほとんど旧作(TV版・旧劇場版)の頃と変わらない。新劇場版で変化したのは「周囲のシンジへの接し方」であり、「シンジの性格は変わっていない」というのが監督、スタッフ及び声優陣からの共通した公式見解である。物語自体がトーンの明るいものになった事、周囲の大人が子供たちをより気遣うようになった事などから、彼自身もかつてに比べると若干前向きな態度になり、2作目『破』の終盤に至っては前向きどころではない状況が発生した。3作目『Q』では、自分が心身共に成長が止まっている間に14年の時が経過し、ミサトやアスカなど親しくしていた人々にまで冷たく扱われており、周囲の環境が彼の成長を上回るペースでさらに変化するという斜め上の苦境に追い詰められてしまった。レイに導かれてヴィレを抜け出した彼は、唯一自分に優しく接してくれる渚カヲルと出会い、友情を育んだ。自分のせいで世界が滅亡寸前にまで追いやられており、その上そこまでして助けたはずのレイが助かっていなかったと知らされたシンジは、自分の犯した過ちを償えるはずと信じて、カヲルと共にターミナルドグマにまで潜入するが、結局その行動すらもゲンドウの策略の一部である上に世界を滅ぼしかけてしまい、しかもカヲルに至っては目の前で首が吹き飛ぶという最悪の形で別れを迎えた。このように新劇場版のシンジは、他者のための行動が、何もかも裏目に出てしまうという、旧シリーズとはまた違った苦境に立たされている。スピンオフ作品等での扱い漫画版TVシリーズや旧劇場版を元にしているが、瞳の色が茶色で、母方の伯父一家に預けられるなど設定に違いがある。性格は始めから幾分前向きで、TV版以上に心を通わせていたレイが自爆した後に涙を流したり、どちらも未遂に終わるものの父やカヲルに殴りかかったりと、人前で感情を露わにする場面が増えた。エヴァンゲリオンANIMA『Air/まごころを、君に』、あるいはTV版第25話に当たる時点で、TV版と違う行動を起こした。エヴァ量産型の群れにEVA弐号機が敗北し、これを生贄とした人類補完計画が発動しかけた際、F型装備に換装した初号機を駆って出撃しこれを阻止、量産型を駆逐してアスカをはじめとした仲間の命を救った。その後、リリスの展開した謎の結界に、ターミナルドグマごとゲンドウや赤木リツコが飲み込まれ、ネルフは機能を停止したものの、残ったスタッフによって再建されネルフジャパンへと再編される。そんな中で、彼はエヴァチームのリーダーとして活動している。劇中では17歳に成長しており、背が伸びているほか、加持のように髪を伸ばしてまとめている。人類補完計画の発動前に初号機に乗った事が起点となって、人間的にも大きく成長している。年齢的な未熟さは否めず、アスカやレイの尻に敷かれてはいるものの、強いリーダーシップと行動力を持っている。レーザーで蒸発しかけたり心臓を失ったり大量の塩にされたりと、幾度となく追い詰められ、その度に初号機がパワーアップしたり、初号機と融合したりといったぶっとんだ形で復活する。最終的には、サードインパクトの頂点時のエネルギーを秘めたエヴァンゲリオン最終号機なるド級チート兵器を駆るまでになる。続編『F完結編』のあるバッドエンドルートへの分岐は、彼が鍵を握っている。内向的な性格は原作と変わらないが、アムロ・レイや兜甲児に代表されるロボットアニメの諸先輩達や、カミーユ・ビダンや紅月カレンなどの年が近い若いパイロット達との触れ合いによって少しずつ性格が前向きになっていく事が多い。Fにて、原作同様にEVAに乗って戦う事から逃げる彼をとある艦長がどっかのだれかにやったのと同じ方法で気合を入れた時、「父さんにも殴られた事ないのに!」とどっかで見た事のある反応をした。ちなみにこのイベントは庵野秀明監督本人が提案したらしい。どっかのだれかは目の前でそれを見ており、この後シンジを諭す事になる。どんな心境だったのだろうか...第3次αでは逆にスーパーロボット大戦αの戦いを経て成長したシンジとして登場。今度はかつてアムロがそうしたように、自分が内向的な他作品の主人公を諭す側に回った。戦闘面ではATフィールドのおかげで高い防御力を誇る。軽減ではなくあくまで無効化なので、Fではたまに敵からクリティカルを喰らってフィールドを抜かれる事も。『α』『第3次α』『MX』では初号機にマゴロク・E・ソードが装備されることも多く、作品によっては弐号機との合体攻撃であるシンクロキックを使えるので格闘タイプの印象が強い。ちなみに『α』及び『MX』のマゴロク・E・ソードのモーションは居合切りであるのだが、高度な鍛錬と技術が要求される相当難しい居合切りを一体いつドコで体得したのだろうか?新劇場版仕様の『L』・『第3次Z時獄篇』では『序』で使用したガトリング砲や陽電子砲が主武装なので射撃寄りになっている。その他の公式スピンオフ作品等での扱い同作品の主人公ではあるものの、男性向けオタク界隈で二大美少女ヒロインであるレイ、アスカが爆発的な人気・知名度を獲得してしまったため、スピンオフ作品やゲーム等のオフィシャル作品でも影が薄いことがあり、フィギュア等のグッズ市場で彼に焦点が当たることは他の二人と比べて比較的少ない。例外は女性向けコンテンツや二次創作にてカヲルとセットで取り扱われる時であろうか。媒体で安定してレイに次ぐ人気を誇り、決して不人気なわけではないと思われる。ちなみにキャラクターデザインを担当した貞本義行氏によると、彼の外見は「ナディアのまつ毛を取って、肌を白くして、髪を短くしたらシンジ」「繊細な触ったら壊れてしまいそうな感じ」「ボーイッシュな女の子」「(松原秀典氏の描くシンジの)鎖骨がイイ」とあり、中性的な容姿という設定であるようだ。劇中ではミサトは「かわいい顔」、アスカは「冴えない」との評価で、カヲルからは「黒曜石のような瞳」、女子生徒らからは「碇くーん」と黄色い声援が飛んでおり、飾り気がないものの整った造作をしている事が伺える。母親似でもあるらしく、ゲーム『エヴァンゲリオン2』では母碇ユイを思わせる白衣とメイド服で違和感のない女装を披露している。ゲーム版でカヲルに化粧の練習をされ、鏡で自分を見て「綾波・・・?」というシーンがある。18:00:00一目で伝わる世界観。