日本代表には1996年に初選出され、1998年2月15日のオーストラリア代表戦で国際Aマッチ初出場を果たした。日本のワールドカップ初出場となった1998年フランス大会メンバーに選出されるが、この時は川口能活の控えに回ったため出場機会は無かった。フレッシュアイペディアより)楢崎正剛から見た阿川佐和子2010年6月3日号の週刊文春で、阿川佐和子との対談記事の中で、シーズンオフの契約更改で、提示された年俸に対して、「高過ぎる」と辞退した事があったとのこと。フレッシュアイペディアより)楢崎正剛から見た反町康治2010年、Jリーグとしては史上初となるGKでのMVP(Jリーグアウォーズ・ベストイレブンも同時に表彰)を受賞した。優勝が決定した湘南戦で、監督の反町康治が「危ないところでも一番前と一番後ろの力強さというか巧さというか、つまりGKとCFかもしれないが、それが年間を通じて好パフォーマンスだったことがそれを物語っていると思います」と年間を通して自分のチームと比較してコメントした。怪我で出場できなかったアジアカップにおいて楢?の代わりに川口が活躍し大会後は徐々に出場機会が減った。2006年ドイツ大会では控えに回った。フレッシュアイペディアより)楢崎正剛から見たフィリップ・トルシエフランス大会後、代表監督に就任したフィリップ・トルシエの下で出場機会を増やし、2002年日韓大会では川口に代わって正GKを務め日本代表史上ワールドカップでの初勝ち点、初勝利(完封勝利)、初の決勝トーナメント進出に大きく貢献した。共にオーバーエイジ枠で選出され全試合に出場している。フレッシュアイペディアより)楢崎正剛から見た森岡隆三フランス大会後、代表監督に就任したフィリップ・トルシエの下で出場機会を増やし、2002年日韓大会では川口に代わって正GKを務め日本代表史上ワールドカップでの初勝ち点、初勝利(完封勝利)、初の決勝トーナメント進出に大きく貢献した。共にオーバーエイジ枠で選出され全試合に出場している。フレッシュアイペディアより)楢崎正剛から見た中澤佑二シドニーオリンピック準々決勝のアメリカ戦で中澤佑二と衝突、流血しながら最後までプレーを続けた(後の検査で、頭蓋骨骨折と診断される)がPK戦で敗れる。決勝トーナメント進出に貢献。これには後日談があり、アテネ五輪の日本代表監督を務めた山本昌邦が五輪代表のキャンプでシドニーの同じ会場を訪れた際、選手たちに「あれが楢崎が血を流してまで守ろうとしたゴールだ。目に焼きつけておくように」と語った逸話がある。フレッシュアイペディアより)楢崎正剛から見た三浦淳宏フランス大会後、代表監督に就任したフィリップ・トルシエの下で出場機会を増やし、2002年日韓大会では川口に代わって正GKを務め日本代表史上ワールドカップでの初勝ち点、初勝利(完封勝利)、初の決勝トーナメント進出に大きく貢献した。共にオーバーエイジ枠で選出され全試合に出場している。フレッシュアイペディアより)楢崎正剛から見た川島永嗣ドイツ大会後に代表監督に就任したイビチャ・オシムからは暫く招集を見送られていたが、クラブでの好調さを評価され2007年のキリンカップのメンバーに招集され、モンテネグロ戦で24試合ぶりの先発出場を果たした。2008年のワールドカップアジア3次予選途中からは川口の不調により、正GKは楢?に交代となり安定感を見せて、約5年振りとなる代表レギュラーとしてプレーした。2010年南アフリカ大会直前の練習試合においては、高地適用で遅れたためにスタメンを川島永嗣が務め、本大会でも出場機会は得られず、正GKとして出場出来たのは2002年の日韓大会のみであった。楢崎本人は日本に帰国してから、エル・ゴラッソの取材に「高山病はガセネタ。毎日練習していたし、高地にも普通に順化できた」と話している。