日常検査でしばしば遭遇する各細菌の分離同定検査の実際について、各段階の詳細な検査法等は他の専門書(参考資料を掲載)に委ね、ここでは写真を中心に紹介する。)に属する菌の総称名の和名で、通常、慣用的に「腸内細菌」とよばれている。誤解されたり、「腸内細菌叢」あるいは「腸内フローラ」と混同されたりするが、ここでは分類学上の腸内細菌科について、和名の「腸内細菌」をそのまま慣用する。腸内細菌は芽胞を作らないグラム陰性桿菌である。多くは周毛性鞭毛をもち(赤痢菌とクレブシエラ属を除く)運動性があり、ブドウ糖を分解し酸を産生、オキシダーゼ*)は陰性である。*)オキシダーゼは菌のチトクロームオキシダーゼの存否を判定する試験で、「陰性」の腸内細菌と「陽性」のビブリオ属やシュードモナス属とを鑑別する上で重要な試験である。基本的な分離用培地としてはSS寒天培地、DHL培地、MacConkey培地、BTB乳糖加寒天培地等がある。サルモネラ属、プロテウス属、クレブシエラ属、セラチア属、エルシニア属、エンテロバクター属等がある。腸内細菌の分離培地には、次の特徴がある。胆汁酸塩を加えてグラム陽性菌の発育を阻止する。胆汁酸の種類により大腸菌の発育も抑制する。乳糖の分解性の違いにより目的菌の集落を鑑別する。以下に、基本的な分離培地について記載する。(Leifson:1935の改良)乳糖を含む―SS寒天培地は胆汁酸塩の種類により大腸菌の発育を抑制するよう考案された。)を分離する目的で考案された培地。鑑別の基準となる成分は乳糖で、pH指示薬として中性紅(ニュートラルレッド)が含まれている。多くの乳糖分解菌の発育を強く抑制し、発育しても赤色の酸性の色調を示し、集落周囲にレンガ色の色素沈着が生じる。乳糖非分解のサルモネラや赤痢菌は、半透明の集落を形成するが、硫化水素産生のサルモネラは、培地に添加されている鉄分により黒色集落を示す。チフス菌は硫化水素産生量が少ないため、無色半透明の集落を示す。24時間以内に薄い赤色を呈するものがある。(坂崎ら:1960)乳糖、白糖を含む―サルモネラ・赤痢菌分離用の培地だが、他の培地より発育が良く、とくに硫化水素産生菌が明瞭に発育し、黒色集落を形成する。ソルビット・マッコンキー培地マッコンキー培地の乳糖をソルビットに替えた培地で腸管出血性大腸菌O157分離用培地である。(第二世代セフェム剤のセフィキシムと亜テルル酸カリウムを添加する)。*その他、多種類の酵素基質培地や腸管出血性大腸菌O26、O111の分離培地なども考案されている。)乳糖を含む―培地の色調の変化により乳糖分解能を鑑別する。腸内細菌とその他のグラム陰性桿菌を分離する(一部のグラム陽性球菌が発育)。原法は指示薬としてリトマスを使用した。非選択性の培地で、胆汁酸は含まれていない。(一部に乳糖を分解しない菌がある)。Buchnerにより初めて記載(1885)され、名前の由来にもなる細菌学者Escherich(独)により詳細に検討された。腸管に常在する大腸菌は非病原性であるが、以下の5つのカテゴリーの大腸菌はヒトに病原性を有する。(EPEC)幼小児に下痢を起こすことが多い。遺伝子を保有)が特定されたことにより、O血清に凝集しない(OUT)大腸菌もEPECに含まれることになった。O26、O44、O55、O86、O111などが良く検出されるがOUTの菌も多数検出されている。(ETEC)コレラ菌と類似した毒素を産生する。LT(易熱性)とST(耐熱性)がある。コレラ様の激しい下痢を起こす。(EIEC)赤痢菌と類似した性状と症状で組織侵入性遺伝子がある。検出されることが多い。or(STEC)Vero細胞に毒性を示す毒素(VT1、VT2)を産生する。(HUS)や脳症を発症することがある。(EAEC)Nataroらによって発見(1985)された新しいカテゴリーの下痢原性大腸菌である。腸管上皮細胞に接着し増殖する。慢性的な下痢症状が特徴である。開発途上国だけでなく、国内での感染も多い。今後の研究により、新たな知見が得られる可能性がある。多くの大腸菌は乳糖を分解する。潔により初めて分離された(1898)。dysenteriae(志賀赤痢菌)と呼ばれる。赤痢菌は生化学的な性状により4菌種に分類され、その主抗原により、A-D群の4つの血清型に分けられる。(A群)は、志賀毒素(stx)とよばれる非常に強い細胞変性毒素を産生する。この毒素は腸管出血性大腸菌が産生するVero毒素と同じである。群)はSonne(独)という細菌学者の名前に由来する。原則的にマンニット非発酵、その他の3菌種はマンニット発酵菌である。