km2に及ぶ広い集水域を持ち、東のアバーディア山脈に降る激しい雨の大部分が流入する。このことが近隣のエルメンテイタ湖やナクル湖が強アルカリ塩湖なのに対し、ナイバシャ湖が淡水湖である理由の一つである。主な流入河川はマレワ川とギルギル川である。ナイバシャ湖には地上の流出口はないが、消失分のうち30%が地下水となって流れ出していると考えられている[2]。ナイバシャ湖は東リフト・ヴァレーの谷底の中で最も高い位置にある。ンジョロワ渓谷はかつてナイバシャ湖の流出口を形づくっていたが、今では湖より高い位置になりヘルズ・ゲート国立公園への玄関口となっている。