5つの区域にある30以上の群島からなり面積は7,393haである。絶滅危惧種のオガサワラオオコウモリや195種の絶滅危惧種の鳥類を含む、多くの動物相の生息地である。約100種の陸生貝類が確認されており、その90%以上が固有種である。周囲の海域には数多くの魚類やクジラ類、サンゴが生息している。小笠原諸島の生態系は、多くの固有種と並んで、東南・北東アジアに由来する植物種からなる植物群落など、さまざまな進化の過程を明確に映し出している。