潮の干満差が大きく、湾口の早崎瀬戸で平均3-4m、湾奥の大浦港(佐賀県太良町)で平均5mであり、最大で約6mに達する。干満差が大きくなる原因は、有明海の場合は潮汐による海水の動き(潮汐振動)と湾の形状に左右される海水の動き(固有振動)が似通っていて、共振が発生しているためと考えられている。このような条件が揃う湾は世界的に見てもそれほど多くない。鬼頭鈞はこれに対し、「1-2%であれば、論議の対象とならない。酸処理剤は約1週間でほぼゼロの水準に分解され、これが夏場の赤潮に影響するとも考えにくい。漁獲量が減ったのは(漁業)技術の革新によって、大量に漁獲できるようになったのが大きい」と反論した。江刺はこれに対し「有明海はわずかな変化も影響する繊細な海域。1-2%でも影響は大きい」として再反論を行っている。多い有明海ではあるが、大陸の干潟でも見られない有明海固有種も発見されている。大陸の干潟から分断された約1万年の間に種分化が進んだものと考えられている。有明海で生産される海苔は、日本全体の約4割を占める。主な用途は贈答用となっている。海苔産業は、高度経済成長、そして贈答品市場の歴史と重なる。重工業のための工場立地確保のために、浅草海苔などの海苔の名産地が埋め立てられていく中で、質が良く、機械化等により生産体制を整えた有明海苔は主に贈答品市場でシェアを伸ばしていった。宇土半島と天草諸島を挟んだ本渡瀬戸・柳ノ瀬戸・三角ノ瀬戸の三つの海峡で八代海と接し、天草下島と島原半島の間の早崎瀬戸で天草灘と接する。湾内西部にはさらに諫早湾(泉水海)がある。入り口に近い部分は島原湾とも言う。「島原湾」としているほか、海上保安庁などでは海域全体を「島原湾」と呼ぶことがある。結ぶ線及び陸岸により囲まれた海域」を「有明海および島原湾」の範囲としており、両者の境界は定義されていないが、長洲港と多比良港を結ぶ線を境界とする見方もある。流入河川の流域面積は合計で約8,000km2で、海域面積の5倍近くにも上る。これらの河川によって湾内の塩分濃度が低下するうえ、多量の堆積物、デトリタス、無機塩類も供給される。夏の湾奥部では海域の表層部に淡水域が形成されることがある。干満が大きいので一日のうちでも塩分濃度が大きく変化する。