住む石動直斗は、幼なじみの天塚未來や楠瀬沙綾たちとともに充実した学園生活を送っていた。そんな彼には親友たちにも明かしていない「ある秘密」があった。それは「物や人の記憶を読み取り、書き込むことができる」という特殊能力。上手く利用すれば大きな力を得られる特殊能力ではあったが、面倒を嫌う直斗は日常を崩すほどの悪用はせずに、その力を隠しながら平穏な日々を過ごしていた。七夕を目前にしたある日、直斗の周囲で不穏な出来事が頻発しはじめる。惨殺死体として発見される美少女、一般市民を巻き込む大規模な爆破テロ、行方不明になる幼なじみ。起きる事件に困惑する直斗だったが、目の前に自分の命を狙う少女が現れ、この街で特殊能力者同士の殺し合いが行われている事実を知る。殺されかけ逃げ出す直斗だったが、深夜0時を回った瞬間――眼前が光に包まれた。意識を取り戻した彼がいたのは「3日前の朝」だった......!新たな力の覚醒だと確信した直斗は、やがて特殊能力者たちに送られたメールの存在を知る。特殊能力者を「リベリオン」と呼ぶメールの送り主は分からなかったが、直斗が能力を使う時に右手の甲に現れる六角形の物体が「劫罰の印」に違いなく、メールの文面は真実を語っていると理解する。3日間で他の全員を殺せという内容に戦慄する直斗だったが、新たに目覚めた力を使い、この街を舞台にしたバトルロイヤルと滅びの謎に立ち向かうことを決意するのだった。