1891年(明治24年)左手の障害を嘆く彼の作文が、小林を始めとする教師や同級生らの同情を誘い、彼の左手を治すための手術費用を集める募金が行われ、会津若松で開業していたアメリカ帰りの医師・渡部鼎の下で左手の手術を受ける。その結果、不自由ながらも左手の指が使えるようになる。この手術の成功に感激した事がきっかけで医師を目指す。1893年(明治26年)猪苗代高等小学校を卒業後、自分を手術してくれた渡部の経営する会陽医院に書生として住み込みで働きながら、約3年半にわたって医学の基礎を学ぶ。細菌学を知ったのもこの頃であったという。(現在の東京歯科大学)の講師・6歳年長の血脇守之助と知り合う。1896年(明治29年)小林らから40円もの大金を借りて上京。医師免許を取得するために必要な医術開業試験の前期試験(筆記試験)に合格するも、放蕩のためわずか2ヶ月で資金が尽き、下宿からの立ち退きを迫られる。書生として雇ってもらおうとするが院長に拒否され、血脇の一存で非公式に寄宿舎に泊まり込むこととなる。その後、掃除や雑用をしながら学僕となる。同年、ドイツ語の学習を目的としてエリザ・ケッペン夫人の夜学の学費を得たいと考え、血脇に相談するが、月給4円の血脇には捻出できないため、血脇に策を与え院長に昇給を交渉させる。その結果、血脇の給与は月額7円となり、ここから学費を得ることができた。6]へ通う資金を得るために、再び血脇に秘策を与えて院長と交渉させる。済生学舎(現在の日本医科大学)近くの東京都文京区本郷の大成館に下宿する。よる左手の無償再手術を受ける。その結果、打診が可能になり後期試験にも合格。なく、また左手を患者に見られたくないという理由から、開業医の道を断念し、学者の道を歩むことを決心する。