FIFAワールドカップ2002年、当時の日本代表監督ジーコによってA代表に初招集され、11月20日のキリンチャレンジカップ・アルゼンチン戦で初出場を果たし、2003年8月20日のナイジェリア戦で代表初ゴールを挙げる。以後、代表に定着するが、当時の中盤は同期の小野伸二や稲本潤一を始め、中田英寿や中村俊輔といった海外組が多い激戦区であり、レギュラーを勝ち取るには至らず、2006年のドイツW杯ではフィールドプレーヤー(GK以外の選手)で、唯一ピッチに立つことがなかった。フレッシュアイペディアより)遠藤保仁から見た万博記念競技場フジテレビ『ポンキッキシリーズ』のマスコット「ガチャピン」と容姿が似ていることから、スタジアムでガチャピンのイラストや人形を掲げて応援するサポーターも多い。2005年9月24日放送の「ポンキッキーズ」に出演した際、本物のガチャピンと共演し、「僕に似てるって言われるでしょ」と質問をされ、「昔は良く似てるって言われてました」と答えた。2010年には所属するガンバ大阪やフジテレビKIDSで、遠藤とガチャピンのコラボグッズが発売された。2010年9月8日にはガンバのホーム万博記念競技場へガチャピンが来場し、2011年9月25日にはガンバの練習場に訪れたガチャピンにサッカーを教えた。2011年12月4日に万博記念公園で行われたファン感謝祭では、自らガチャピンの着ぐるみを着て登場し、「本物です」「(似ているといわれて)嬉しいです」と答え、会場を沸かせた。(サッカー)2010年5月10日に南アフリカW杯のメンバーに選出され、6月の本大会ではグループリーグ3試合と決勝トーナメント1試合にスタメン出場を果たした。6月25日のグループリーグ第3戦のデンマーク戦では直接フリーキックを決めてW杯初得点を挙げ、4試合トータルでチーム1の走行距離を記録するなど、日本代表初のアウェーでのベスト16入りに大きく貢献した。このフリーキックについて遠藤本人は、「(本田圭佑が蹴る事を希望していたが)圭佑は1本目決めてたんで、俺に蹴らせろみたいな感じ」で自身が蹴る事にしたと語っている。ちなみに、W杯で1試合2本のフリーキック成功は44年ぶりであった。フレッシュアイペディアより)遠藤保仁から見たAFCアジアカップ2011南アフリカW杯後に日本代表監督に就任したアルベルト・ザッケローニからもレギュラーとして起用され、2011年1月に開催されたアジアカップでは全6試合にスタメン出場を果たし、チーム最年長、チーム最多CAP選手として若いチームを引っ張り、中盤の底から決定的なパスを何本も供給し、ゲームをコントロールし続けた大車輪の活躍で、日本代表の2大会ぶりのアジア制覇に大きく貢献し、大会MVPに輝いた本田圭佑は、MVPについて感想のコメントを求められ「個人的にはヤットさん(遠藤)だと思う。いう人がいなかったら勝負は紙一重だった」と遠藤を讃えた。FIFAワールドユース選手権1999年、U-20日本代表としてナイジェリアで開催された第10回ワールドユース選手権に出場し、日本代表の準優勝に貢献。この代表メンバーは後にJリーグやA代表の中心的存在となる選手が多かったことから「黄金世代」と呼ばれている。同年、シドニーオリンピック予選のU-22日本代表にも選出され、アジア1次予選、最終予選はスターティングメンバーとして戦ったが、2000年のシドニーオリンピック本大会では、予備登録メンバーとして選出されるも、出場機会はなかった。フレッシュアイペディアより)遠藤保仁から見た第88回天皇杯全日本サッカー選手権大会しかし、2008年6月末にウイルス性感染症により、再び1ヶ月以上の離脱を余儀なくされ、オーバーエイジ枠でのメンバー入りが確実視されていた北京オリンピック日本代表を辞退することとなった。遠藤離脱後、ガンバはリーグ戦で不振に陥った。それでも、復帰後のACLではアシストを連発し、特に準決勝の浦和戦では2戦合計2ゴール2アシストと全得点に絡む活躍でクラブ初のアジア制覇に貢献し大会MVPを受賞した。同年11月には、イングランド2部のプリマスからオファーを受けるが、家族のことなどを考慮してガンバに残留した。同年12月に日本で開催されたFIFAクラブワールドカップでも、準々決勝のアデレード・ユナイテッド戦では決勝ゴールを挙げ、準決勝のマンチェスター・ユナイテッド戦ではチームは敗れるも試合終盤にPKでゴールを挙げ、決定的なパスを前線に供給するなど攻守に活躍を見せた。この活躍により、同大会を優勝したマンチェスター・ユナイテッドのアレックス・ファーガソン監督からは「キト(決勝で対戦した南米王者)には遠藤と同じくらいのクオリティーを持った選手はいなかった。