攻撃陣の補強が目立った。リーグ戦は第15節時点で3位につけたが、中盤以降は低迷して、最終成績は11位。天皇杯は、前身の日立製作所本社サッカー部時代以来、33年ぶりに決勝へ進出。決勝はG大阪に敗れたが、準優勝の成績を収めた。シーズン終了後に石崎が監督を退任した。監督に高橋真一郎が、コーチに元日本代表DFの井原正巳、元清水のシジマール・アントニオ・マルチンスが就任。アレックスが千葉へ移籍した一方、2007年に在籍していたアルセウ、ナイジェリアからアデバヨを獲得。柏レイソルユースから史上最多の5人の選手が入団した。シーズン開幕後、アルセウがケガのため登録抹消。フランサ、李忠成などが相次いで負傷離脱。大宮から小林慶行、クルゼイロECからアンセウモ・ハモン、G大阪からパク・ドンヒョクをレンタル移籍で獲得したが、第17節終了時点でリーグ最多失点の17位と低迷したため、7月15日をもって高橋を監督から解任。東京V、名古屋元監督のネルシーニョが後任監督に就任したが、第33節の大宮戦に引き分けて、2006年以来2度目のJ2降格となった。ナビスコ杯はグループリーグ敗退、天皇杯は3回戦で敗退した。「Vitoria」ネルシーニョ体制2年目。クルゼイロからレアンドロ・ドミンゲスを獲得した一方、杉山浩太が期限付き移籍満了で清水へ復帰した。期限付きで磐田に移籍した。J2リーグ戦は、開幕から19試合無敗と年間敗戦数「2」のリーグ敗戦数最少記録を樹立。第33節のFC岐阜戦で3位以内が確定。第36節の横浜FC戦に勝利してJ2優勝も決めた。天皇杯は4回戦で敗退した。「Vitoria」ネルシーニョ3年目。右SBのレギュラーだった小林祐三が横浜FMへ、古賀、菅沼が磐田へそれぞれ完全移籍した一方、大宮から安英学、京都から増嶋竜也、福岡から中島崇典、清水から兵働昭弘、サンパウロFCからジョルジ・ワグネルを獲得。シーズン6位以内を目標に掲げてシーズンに入った[4]。ジョルジ・ワグネルらの活躍もあり首位戦線で健闘、名古屋、G大阪と優勝を争い、第29節で首位に浮上。