感染の初期ないし急性期の間、血液は沢山のウイルス粒子を含み、これらはさまざまな臓器、特にリンパ組織を通して体内に広がる。初期のウイルスの増殖は感染から数週間以内であれば細胞障害性Tリンパ球(CTL)で1000分の1か、それ以下に減少させる事が出来る。免疫機構は細胞傷害性T細胞(CD8陽性T細胞)とB細胞の産出した抗体により対抗する。するとそれらは使い果たされ消滅する。活性化すると特定の免疫細胞において新たなウイルス工場へと変化させ、この免疫細胞は新たなウイルスカプセルを産出して死滅する。この過程で他の細胞にも感染して免疫系は機能しなくなる。影響を受ける細胞はTリンパ球の1つで、CD4陽性T細胞とよばれる。CD4陽性T細胞はすべてCD4受容体という付属器を持っており、この受容体を通じてHIVの攻撃は行われる。HIVカプセルの外被糖蛋白質gp120がCD4受容体にはまり込む。補助的な受容体として、サイトカイン(ケモカインレセプター)が、細胞核へ侵入する際に必要となる。