2002年8月10日公開。フルCG使用かつ、「ぼのぼので感動してもらう」というコンセプトで話題を集めた。CG技術により、キャラクターの毛の一本一本まで再現されている。音楽は前作の縁故でゴンチチが担当している。内容としては、脚本や監修を務めた原作者いがらしの作風が色濃く出た作品であり、原作の理不尽なギャグは削られている一方、哲学面が大きく前面に押し出されている。主人公ぼのぼのの独り語りと、ゴンチチのBGMによるストーリー進行が、ぼのぼのとしては不思議な雰囲気を醸し出しているのが特徴。本来メインキャラクターであるシマリスくんとアライグマくんは、どちらかというとサブキャラクターの位置に収まっている。登場人物の死など、シビアな展開も盛り込まれた。キャストは前作映画からもTVアニメ版からも大幅に変更されており、唯一シマリスくん役の吉田古奈美だけがTVアニメ版から続投となった。シマリスくんのみ続投されたか、詳しい理由は不明だが、クズリくんとショーねえちゃんなど、一作目の映画版の頃から一部のキャストの引継ぎはあったことであり、本作品に限ったことではない。唯一、ぼのぼののお父さんに台詞のない作品でもある。ドルビー5.1ch製作。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。