本発明は、マイクロサテライト配列を含むDNAマーカーを検出することを特徴とする、ブタの親子判定を行う方法を提供することを課題とする。ブタの親子判定を行うためのプライマー、キットの提供を課題とする。本発明者らは、上記の課題を解決するために、まず、デュロック(D)種、大ヨークシャー(W)種、およびランドレース(L)種の多型性を指標とし、また親子サンプルを用いてマーカーの非特異的増幅、また増幅および伝達が不明瞭なアリルを評価しすることにより、一般的には99%以上、単一農場においても98%以上の確率で偽父を検出できる、ブタの親子を判定するための10個のマイクロサテライトマーカーを選定した。増幅断片長の違いを利用し、複数のマーカーを同時に解析することを目的とし、プライマーの再設計、またプライマーの混合比の調整を行った。概要BSE問題や食品偽装問題を契機に消費者の食品の安全性に対する関心の高まりから、農畜産物のトレーサビリティーシステムが注目されている。ウシについては、耳標による個体識別の義務付けが確立され、また国内で生産されたすべての個体のDNAを採取できる体制にあり、DNAを用いた個体識別が利用可能な状況にある。ブタについてはウシよりも遅れてはいるが、トレーサビリティーシステムへの社会的な関心は高く、システムを保証する基盤としてDNAを利用した判定技術の開発と普及が要望されている。ブタにおいては飼養頭数が多く、1頭あたりの単価が安いことからウシのような個体識別はコスト面から実用的でない。国内では主に大ヨークシャー(W)種とランドレース(L)種の交雑種を種雌ブタとし、デュロック(D)種を種雄ブタとしたLWD三元交雑種である肉ブタが生産されそのブタ肉が流通している。日本では約1600万頭の肉ブタが生産されているがその半数以上が約3万8千頭のデュロック(D)種種雄ブタから生産されている。肉ブタ生産のための種雌ブタは約90万頭が飼養され、約3~4年で更新されるのに対し、種雄ブタは約5~6年間使われることからも、父子検定がブタのトレーサビリティーシステムには最も有効である。FAO(国連食糧農業機関)はブタ、ウシ、鶏、羊などの家畜の遺伝的多様性を分析するためのマイクロサテライトマーカー(ブタでは27個)をリストとして提唱しており、最も一般的に用いられている(非特許文献1)。これらは国内で生産に用いられていない品種やアジア在来ブタなどのアリルも含めて選定されているので日本国内での肉ブタのトレーサビリティーシステムにそのまま用いることは有効ではない。Nechtelbergerら(非特許文献2)はランダムサンプルの解析より、L種およびW種においては父母子の三者により99.97%以上、父子の二者により99.18%以上の効率で親子判定ができるとする10個のマイクロサテライトマーカーを報告しているが、日本国内で飼養されているD種を種雄ブタとして生産されたLWD三元交雑ブタでの父子検定の実証試験を行った結果96.99%の効率であり、また特定の単一農場において血縁が認められるサンプルを用いて解析すると効率はさらに低下し89.10%となり、実用レベルには至らなかった。その原因は種雄ブタとして利用されているD種と、L種およびW種との遺伝的差異、また日本国内に導入された個体の遺伝的背景によるものと考えられる。日本国内でブタの親子判定にマイクロサテライトマーカーを使用した報告は数例あるが、いずれも供試個体数が少なく、限定した家系内での調査である(非特許文献3、4)。島貫ら(非特許文献5)によってブタの個体識別および親子判定のための14個のマイクロサテライトマーカーからなるセットが報告されており、親子判定の効率はランダムサンプリングから父子により99.64%と計算されているが、実証試験に関するデータの報告はまだ無い。一般にマイクロサテライトマーカーには解析に再現性が保証されないものも含まれており、解析の確からしさによる視点でマーカーを選抜する必要がある。これまでに他の動物種において個体識別や親子判定を目的としたマーカーセットとその父権否定確率についていくつかの報告があるが(非特許文献6~10)、いずれもマーカーは20個前後である。流通するブタ肉のトレーサビリティーシステムにおいて20個のマーカーを解析するにはコストの面で問題があり、多様性の大きいマーカーを検索することで解析マーカー数を少なくする必要がある。本出願の発明に関連する先行技術文献情報を以下に示す。本発明は、マイクロサテライト配列を含むDNAマーカーを検出することを特徴とする、ブタの親子判定を行う方法に関する。DNA断片に含まれる対立遺伝子の種類および数を比較することにより、被検対象となる種ブタおよび子ブタの親子関係に矛盾があるか否かを判定する工程を含む、ブタの親子判定を行う方法に関する。本発明はブタの親子判定を行うためのプライマー、キットに関する。以下の(1)~(4)の工程を含む、ブタの親子判定を行う方法。工程(2)において増幅される塩基配列が、下記(a)~(j)から選択される少なくとも一つの部分配列を含む塩基配列であることを特徴とする、請求項1に記載の方法。工程(2)において、塩基配列の増幅がPCR法によって行われることを特徴とする、請求項1に記載の方法。PCR法がマルチプレックスPCRであることを特徴とする、請求項3に記載の方法。配列番号:11~39に記載のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つ以上をプライマーとして用いることを特徴とする、請求項3または4に記載の方法。下記(a)~(j)のいずれかに記載のプライマーセットからなる群から選択される、少なくとも一つ以上のプライマーセットを同時に使用することを特徴とする、請求項3または4に記載の方法。プライマーが蛍光修飾されていることを特徴とする、請求項5または6に記載の方法。工程(3)が、以下の(i)および(ii)の工程を含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。工程(3)が、以下の(i)および(ii)の工程を含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。工程(3)が、以下の(i)および(ii)の工程を含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。種ブタおよび子ブタの親子関係が、種雄ブタと子ブタとの間の親子関係であることを特徴とする請求項1に記載の方法。種ブタおよび子ブタの親子関係が、種雄ブタ、種雌ブタおよび子ブタの三者間の親子関係であることを特徴とする請求項1に記載の方法。種ブタが、デュロック(D)種、ランドレース(L)種、大ヨークシャー(W)種、LW交雑種(ランドレース種と大ヨークシャー種の交雑種)のいずれかであることを特徴とする、請求項1に記載の方法。種雄ブタがデュロック種、種雌ブタがLW交雑種であることを特徴とする、請求項1に記載の方法。下記(a)~(j)の全てのプライマーセットを含むブタの親子判定を行なうためのキット。前記プライマーセットを同時に使用することによって、複数のDNAマーカーを検出することを特徴とする、請求項15に記載のキット。同じキーワードでJ-STORE内を検索することが出来ます。