new!アーカイブ:softwareMainに戻る2013.04.16物書きのためのソフトScrivener手放せません今回、単行本を書き上げたわけですが、そのとき、とてもお世話になったのが、「Scrivener」というソフトウェア。以前にも、一度紹介したのですが、まだまだ、知られていないので、もう一度紹介します。X)で書いてしまうことが多いです。単行本となると、いきなり書き始めようと思っても、なかなか書き始められません。目次案をまず作り、書き始めるわけですが、書いている途中で、どんどん章が増えたり減ったり、章を組み替えたりする作業が必要です。なると、Wordでは全体の見通しが悪すぎて、作業が難しいです。Scrivenerは、こういう長い文章を書く人に特化した、ソフトウェアです。Scrivenerのファイルは、専用ファイルなのですが、Word形式で出力が出来るので、入稿するときには、Wordで入稿できます。残念ながら、日本語化されていないのですが、もちろん、日本語の原稿を書くのはまったく問題ありません。私は、Scirivenerのおかげで、『レジデントのための血液透析患者マネジメント』と『電解質輸液塾』を書き上げることが出来ました。今年は、あと2冊チャレンジしたいと思っています。Scrivener好きな方は結構いらっしゃるようですね。Tweet2011.01.28物書きのためのソフトScrivener今年、3冊本を書くことを目標にしているが、1冊目、いよいよ佳境に入ってきた。単行本を単著で書くとなると、Wordやテキストエディターでは手に負えなくなる。全体の構成と、各単元の文章の作成を同時並行に進めないといけない。ある程度まで、Outlineソフトで進めて、煮詰まったところで、テキストエディターに切り替えるという方法もある。できることなら、一つのソフトで進めたい。私の場合、本ができあがる、50%くらいまでは、全体の構成と各単元の文章作成をいったりきたりする。いうことができる、物書きのためのソフトがある。今回の本の執筆で使っているのが、Scrivenerというソフト。Wordに」と言う形で、Wordやリッチテキストで書き出せるので、編集者に渡すことができる。使いこなせてはいないのだが、このソフトの便利さがだんだんわかってきたところ。値段は、ちょっと高いし、日本語化されてもいないのだが、日本語チュートリアルを作って下さっている方がいる。このソフトを使い始めて、意外なことに気づいた。Macのリッチテキストファイルには、rtfdという、添付書類付きRTFという形式がある。Scrivenerで画像を含んだ、リッチテキストファイル形式で書き出しをおこなうと、RTFD形式になるのだが、Appleが勝手に、appleがrtfを拡張して作った独自のフォーマットらしく、まったく互換性がなくて、Macの「テキストエディット」でしか開けない。編集者に渡すときには、PDFで渡してもいいので、とりあえずは、問題ないのだが、、、。これは、Scrivenerの問題ではなくて、Appleの問題。Scrivener好きな方は結構いらっしゃるようですね。Tweet2010.08.26iSightをバーコードリーダーにして蔵書管理Macのほとんどの機種には、ディスプレイの上に、iSightと呼ばれる、カメラが付いています。iSightをバーコードリーダーとして使えないかなぁと思っていたら、ちゃんとそういうソフトがありました。OSXこのソフトを立ち上げて、iSightの前に本の裏表紙に付いているISBNバーコードをかざすと、自動的に、ISBNを読み込んでくれます。クイックフィルを押すと、アマゾンから、書誌情報や書影を取ってきてくれて、本当に、簡単に、蔵書データベースが作れます。昨日紹介した積ん読本10冊の書誌情報をほんの2,3分で取得できて、データベース化できました。自分の感想とかも書き込めて、Macを持っている人の蔵書データベースとしては、かなりおすすめ。私としては、ISBNを取り込んだ後、アフィリエイトとかのタグを書きだしてくれるとうれしいのだけど、、、。3というソフトがあります。AmazonではWindows版しか売っていませんが、もちろん、Mac版もあります。Cinemaを手軽に作るソフトです。できあがったのもを見たら、たいていの人がびっくりします。いいタイミングで写真を入れて、適したエフェクトを使って、というとかなり手間もかかるのですが、「おまかせ」というモードがあって、これで作ってもそれなりのものができます。Cinemaにしてみましたので、とりあえず、見てみて下さい。このバージョンから、Youtubeへのアップロード機能がついたので、上の動画はYoutubeを使ったストリーミングになっています。上手に作るコツが一つあります。それは、縦長の写真を使わないこと。縦長の写真は、はじめのところで、トリミングして横長にしておいた方がいいです。結婚式なんかで使うとかなりいいですね。Tweet2009.11.21誘惑を断ち切れるエディタWriteRoom世の中には誘惑が多い。コンピュータの中にも誘惑は多い。原稿を書こうと思っても、ついついメールチェックをしてしまう。インターネットを見てしまう。原稿がはかどらないという人いませんか。私がまさに、そんな人間なのです。原稿書きには、今まで、Jeditというエディタを使っていたのですが、最近お気に入りなのが、WriteRoom。このソフトは、全画面表示が売りのソフトです。立ち上がると、いきなり全画面表示で、エディタだけが使えるようになります。offにしないと、他のソフトが使えませんので、おのずと、原稿に集中できます。デフォルトでは、背景が黒で、文字が蛍光色でちょっと目が疲れますが、このように、自由に色は選べます。全画面表示って、ソフトに組み込むのはそれほど大変ではないと思うのですが、調べてみると、意外と少ないのです。エディタとしての機能が充実しているかどうか、そんなことは知りません。この全画面表示が欲しくて、このソフトを愛用しています。一度使ってみて下さい。このシンプルさが快感になります。Tweet2008.08.20Endnoteへの要望Endnoteの開発責任者の方とお話しさせていただく機会がありました。私の職場にまで足を運んでいただいたのですが、私もあまり準備をしておらず、英語でのインタビューだったので、要望をきちんと伝えられたかわかりませんが、せっかくの機会なので、私のEndnoteへの要望をまとめておきます。Endnoteの機能は大きく分けると2つで、1つは、文献管理機能と言うことになります。私は、文献管理にEndnoteを使っておらず、PDFを印刷してファイルしています。PDFの文献管理をコンピュータ上でおこなうとしたら、iPapersを使うと思います。Endnote開発者の方もiPapersが良くできていることは認めているようで、PDFの文献管理をより簡単にするために、PDFのリンクを簡単にできるようにすることの必要性は理解されているようです。近い将来実装されるようです。一つのEndnoteの機能は、論文の作成の際の文献リストの作製ですが、私はこの機能の便利さだけで10年以上にわたってEndnoteを使っています。こちらには、とくに要望はないのですが、論文ではなく、研究費申請書など向けに10個くらいの論文リストを作る際には、Endnoteはオーバースペックなような気がします。このような少量の論文リストを簡単に作る機能があるといいな、というのが私の要望です。Makerに興味を持ってもらいましたが、こんなのも、Endnoteの機能としてではなく、Endnote-poweredみたいな感じでおまけでつけたらいいんじゃないかとお話ししました。Wordがメジャーアップデートしたときに、しばらく、Endnoteに不具合が生じます。半年くらい待てば、Endnoteがメジャーアップデートして対応するわけですが、そのタイムラグを出来る限り短くして欲しい。メジャーアップデートではなく、マイナーアップデートで無料で対応して欲しいと伝えました。Scienceが値段が高すぎて契約している大学が少なすぎるのが問題だと話しておきました。値段を思い切って下げるべき。USでは提供されているダウンロード版を日本でも許可すべき。アカデミック版がなく、スチューデント版しかないが、アカデミック版として、広く若い研究者に使ってもらえるように対象を広げるべきだ。こっちはなかなか難しいでしょうが、ユサコさんには頑張ってもらいたいです。大好きなソフトだけに頑張ってもらいたいです。第3版」をご一読下さい。ファミリー&アカデミック」をインストールすることにしました。Macは同時インストールしてもよいということがわかったからです。Macはあえて入れなくてもよかったかなという印象です。2004を併用していくことになると思います。2008の致命的な仕様です。馬鹿にしているとしか思えません。3月11日にアップデータが出るようなので、期待しましょう。ファミリー&アカデミック」は待ちに待ったソフトだったので、発売と同時に2本購入しました。うれしかったのは、1本に3つのライセンスがついていること。現在使っている4台にインストールしても、まだ、2つライセンスが残る。やって、ちゃんとお金を払って購入した人には、複数のライセンスがついてくるって言う仕組みはとてもいいと思います。ファミリー&アカデミック」は封を切っておらずインストールしておりません。インストールをためらわせる理由がいくつかあります。ベースになっているため、下位互換がない。古いバージョンでも読めるようにするには、別形式で保存する必要があります(もしくは、読み取る側でコンバーターを使って変換する)。他の人にファイルをあげるときにも注意が必要です。2007を使い始めた人が結構苦労しているようです。数年すれば、OOXMLベースのファイル形式が一般的になるのでしょうが、、。Macに対応していない。MacがVBAが動作しなくなった。そんなにマクロを使う機会はないのですが、企業で使う人にとっては致命的でしょう。Macでは、その指定ができなくなっているらしい。これほんとだとするとかなり困るなぁ。そんでもって、ユニバーサル化されて早くなっているのかと思ったら、Mac系の雑誌なんかを読むと、ソフトが肥大化した分、ユニバーサル化されたスピードアップは相殺されて、体感的にはほとんどかわらないそうな。大きな理由は、今困っていないから、あえてインストールする理由が見つからない、というものです。Proが届いたようで、本当はこのタイミングでインストールしたかったのですがマイナーアップデートが出るまでは待とうかな。'08は登場するのかと思っていましたが、iMacの発表がメインのちょっと中途半端なタイミングの8月8日に登場しました。販売されていたので、さっそく手に入れました。大まかな使用感は大きく変わっていませんが、ソフトウェアの目指す方向はPowerPointとは明らかに異なってきている印象を受けました。細かいレビューは後日ご紹介するとして、とりあえず新しく加わったトランジションとビルドを、新しいテンプレートとともに紹介します。以下、クリックするとムービーが動きます。ムービーサイズが結構大きいのでご注意下さい。Accessを用いたデータの照合作業」を公開したら、コンピュータフォーラムで、「access使わなくても、ファイルメーカーでできる」「Mac使いにあるまじき」とご指摘を受けました。ファイルメーカーでもできましたので、お詫びをかねて、ファイルメーカーで同じ作業をするための手順を書き留めておきます。一度確認しますが、今回おこなう作業はマイクロアレイの2つのエクセルファイルをgene_IDを目安に一つのテーブルにまとめ上げるという作業です。エクセルファイル1には、gene_IDごとにシグナル値などのデータがまとめてあり、エクセルファイル2には、各gene_IDに対応する遺伝子情報がまとめてあります。エクセルファイル1をファイルメーカーのアイコンに重ねて、ファイルメーカーで開きます。次に、エクセルファイル2から、gene_IDを照合しながら、遺伝子情報をエクセルファイル2に書き込みます。そのためには、「ファイル」>「レコードの取り込み」からエクセルファイル2を指定します。「フィールドデータの取り込み順」において「現在の対象レコード内で一致するレコードを更新する」を選択肢、gene_ID同士を「照合フィールド」を指定してやるのがポイントです。ファイル1の方に、「遺伝子情報」のフィールドをあらかじめ作っておくか、「フィールドを定義」であらたにフィールドを作っておきます。これで「取り込み」を押せば、自動的に照合作業が進みます。いうわけで、Accessだと30000件の照合作業が1分以内に終わったのですが、ファイルメーカーの場合は数時間(たぶん8時間くらい)かかりました。私が使ったファイルメーカーのバージョンが5.5と古いのがいけないのかもしれません。いうことで、コンピュータフォーラムでご指摘頂いた方、ありがとうございました。Accessを用いたデータの照合作業Windowsコンピュータは、一応一台持っているのですが、この1年間全く起動していません。Accessがどうしても必要になったため、おそるおそる起動させてみたのですが、調子が悪く、ディスプレイの解像度が低くなってしまっています。いじったところ、その他にもいろいろ不具合があり、それらを直す気力がありません。コンピュータというのもかわいがってあげなければ、ダメなわけです。Vistaを使ってみました。今回、Accessでなければダメだった作業とはマイクロアレイの2つのエクセルファイルをgene_IDを目安に一つのテーブルにまとめ上げるという作業でした。1つのファイルには、gene_IDごとにシグナル値などのデータがまとめてあるのですが、それぞれの遺伝子の詳細は含まれていません。各gene_IDに対応する遺伝子情報をまとめた一覧ファイルがあるという状況でした。両者が、ともにgene_IDの並び順が同じで、途中抜けたりすることがなければ、コピーペーストでなんとか乗り切れるのですが、両者でgene_IDの並びがめちゃくちゃで、抜けている遺伝子も結構あるために、手作業で遺伝子情報をコピーペーストをするのは気が遠くなるような作業でした。Accessを使うと一発であるというのを思い出して、Accessを使うことになったわけです。基本的な捜査としては、シグナル値を含むエクセルファイル、gene_IDに対応するエクセルファイルをAccessにインポートしておきます(「外部データインポート」>「エクセルファイル」)。「作成その他」>「クエリデザイン」で新しいクエリデザインを作り、それぞれのデータベースを配置します。それぞれのデータベース上で関連づけるgene_IDを結合させます。必要なフィールドを追加していきます。最終的に、「デザイン結果」>「表示」で、結合したテーブルができあがります。30000件ほどのデータ照合でしたが、本当に驚くほど短時間(1分以内)で終わらせることが出来ました。Parallesで動かしても、まったく速度は問題ないです。あとは、エクセル形式で書き出して、Mac側に持って行けばおしまい。参考になった記事ですが、幸いダウンロードで読めますので、試したい方はお読みになって下さい。Tweet2006.11.30StatViewなき後のMacの統計ソフトは何か?(3)〜JMP私がStatViewなき後のMacの統計ソフトとしておすすめする2つめのソフトがJMPです。統計ソフトの定番となりうるための条件、インターフェースがわかりやすいこと十分な解析手法をカバーしていることわかりやすい解説書が出ていることソフトが日本語化されていることの内、JMPはすべてを満たしています。定評があるのが、その操作性であり、「バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド」【bk1】【amazon.co.jp】の統計ソフトの紹介で、田久先生が「SASやSPSSからJMPに乗り換える人はいるけれど、一度JMPを使ってほかのソフトに乗り換える人はいない」と言っているほどです。2006年の3月からひとつ大きな問題が生じていました。Macでは動作しなくなっていたのです。私も、JMPに移行すると決心してすぐに、このことがわかったため、またしても統計ソフト難民となってしまっていました。問題が解決したようです。JMPのサイトにアナウンスが出ました。OSXが10.4.8にアップグレードされることによって、JMPは無事動作するということです。私は今後、統計ソフトとしてJMPを使っていこうと思っています。統計ソフト」をご覧下さい。以前、アップルコンピューターの方とStatViewの次にキラーソフトとなりえる統計ソフトを育てるにはどうしたらよいかという話をしたことがあります。統計ソフトの定番となりうるための条件として、インターフェースがわかりやすいこと十分な解析手法をカバーしていることわかりやすい解説書が出ていることソフトが日本語化されていることがあげられます。StatViewが定番ソフトとなり得たのは、上記の条件をすべて満たしており、特に、わかりやすいStatView解説書がたくさん出版されたことによるのだろうというのが私たちの結論でした。インターフェースはMacソフトとして洗練してされておりソフトとしてはとても使いやすいソフトです。」でレビューされていますのでご覧ください。Prismには、解説書がなく、また、ソフトが日本語化されていないのが、このソフトを取っつきにくくしていると考えられます。わかりやすい解説書があれば、日本語化されていないというのはそれほど大きな障壁にはならないので、解説書の出版がながらく待たれていました。その解説書がついに発刊されたのです。Prismによる生物統計学入門」です。PrismPrismの使用方法、主な解析手法の行い方を解説しています。ダウンロードし、この本を片手に使用してみてはいかがでしょうか。Prismの初の日本語解説書。Prismの使い方を、よく使う解析方法用いて解説。Prismの解説書ではありませんが、Prismを開発したMotulsky博士の書で、統計の書籍として人気のある本です。【amazon.co.jp】Prismの解説書ではありませんが、Prismを開発したMotulsky博士の書で、統計の書籍として人気のある本です。関連の書籍は「研究者の書棚」>「統計関連書籍」をご覧下さい。統計ソフト」をご覧下さい。Tweet2006.11.28StatViewなき後のMacの統計ソフトは何か?(1)長年、Macのキラーソフトでもあった統計ソフトStatView。残念ながら、2002年に販売を終了してしまいました。XのClassic環境でしか動かせないのですが、今でも多くの方が使っています。MacがClassic環境をサポートしないので、いよいよStatviewを使うことができなくなります。StatViewに統計を頼り切っていた人たちはどうすればいいのか?私自身、これだというソフトをおすすめすることができませんでしたが、ここにきて、このソフトがいいのではないかとというソフトが出てきました。いうか、すでにソフトは存在していたのですが、いくつかの状況が整わずにおすすめできなかったのですが、ここ数ヶ月でその条件がクリアされました。PrismとJMPです。Macintosh版が販売開始され、私の手元にも届きました。Macにネイティブ対応したということ以外、あまりメリットがなさそうです。そもそも、EndNote自体動作速度が問題になるようなソフトではありません。Rosetta上で起動させる必要があるようなので、とりあえず、インストールはしばらく見合わせることにしました。皆さんも、おそらく困っていると思われる大量のSpamメール。最近のプロバイダにはSpamフィルターサービスを提供しているところもありますし、メールソフト自身、Macであれば、MailやEntourageにも迷惑メールを振り分ける機能が備わっています。Gmailのスパム振り分け機能は非常に優秀であることが知られており、「Gmailが誰でも使えるようになった」現在、Gmailをspamフィルターとして使うのもありでしょう。webサイトなどで公開しているアドレスの場合、大量のspamメールが来ます。このspamメールをブロックするために、Gmailを利用する方法について紹介します。公開しているAアドレスにくるspamメールをブロックするために以下のようなシステムを作ります。非公開のBアドレス設定は以下のように行います。公開しているアドレスAに来たメールすべてをGmailあてに転送するように設定します。Gmailでは自動的に迷惑メールを振り分けてくれます。Gmailの「設定」>「メール転送とPOP転送」で「受信メールを次のアドレスに転送」を指定し、非公開のBアドレスへの転送を設定します。転送せずに、POPでメールを取得するということも可能です。これによって、BアドレスにはAアドレスに届いたメールのうちspamメールを除いたメールだけが送られてくることになります。Gmailのspamフィルター機能が優秀とはいっても100%ではありませんので、時々Gmailの迷惑メールに振り分けられたメールをのぞいてみることが必要です。あと、この方法の利点は、コピーをGmail上に残すことができるので、複数のコンピュータや携帯電話へのメールの同期をとることができるということです。公開しているAアドレスが、変更できないメールアドレスの場合は、別の方法をとる必要があります。大学から配給されているメールアドレスは、大学のwebサイトや論文のcorrespond先として公開されていることが多いと思います。>転送>公開しているAアドレスとして、Gmailのspamフィルターを使うことになるのですが、転送の条件を工夫する必要があります。「メールヘッダーを見て、Gmailから転送されたメール以外を転送する」ように設定します。することで、メールの転送ループを防ぐことができます。このような転送設定が行えるとは限りませんし、転送設定失敗すると転送ループに入ってしまいますので、細かい設定はご自身で考えて行ってください。Gmailは、hotmailやyahooメールと同じといってしまえばそれまでなのですが、最大の特徴は、メールサーバの容量が2.5GBもあるということです。これだけの容量があると、様々は使い道が生まれてきます。mailは消去する必要がなくなり、Gmailにいろんなアカウントのすべてのメールをためておくとか、GmailをSpamメールのフィルターとして使うとか、Todoに使ったり、と、いろいろなHackがあります。Hackまとめ」などというサイトもありますので参考にしてみてください。私もGmailのアカウントをとって、いろいろ使ってみるつもりです。研究留学する人にとっては、月々2000円で実質的にアメリカ国内でも接続無制限となるso-netは貴重でしたが、残念ながら2006年9月30日をもって、このサービスが終了され、その後は、アメリカ国内のローミングサービスはすべて従量制になるということが決まっています。今後は、Gmailが研究留学する人の必須アイテムになる気がします。非常に興味深いwebサイトを見つけたのでご紹介します。「論文作成のテクニック」です。いわゆる「論文の書き方」を解説したのではなく、「論文作成のためのソフトの使い方」について解説されたものです。久留米大学の児島先生が書かれたもので、どこかの出版社に本にしてもらおうと思ったけれども没になったのでwebサイトに載せたとのことです。ここで紹介されているテクニックはかなり興味深いものです。Illustlatorの使いこなし方にかなりのページを割いており、とても参考になります。CSで描く、という方法には驚きました。ちなみに、題材として使っている論文がNature誌に採択されたものなので、さらに説得力があります。