簡便な分子力場(MM)ポテンシャルエネルギー関数を用いて、系のエネルギーと力を計算する。方程式に従って、原子の時間発展を計算する。シミュレーションでの統計平均カノニカルアンサンブル分布をどのように計算するか?温度一定アンサンブル、あるいは注目している系の周りの熱浴とみなせる系が十分大きいとき、注目している系の振る舞いはカノニカルアンサンブルで与えられる(と期待される)。非常に多くの独立の系をシミュレーションしてその間で平均をとる、、、が普通の系ですでに計算上ムリ。的なクーロン相互作用で行う。熱平衡の仮定により反応分割面での流束を求める際の確率密度がエネルギー論で求まる。再交差禁止の仮定により流束が遷移状態においてのみの情報で求まる(全配置空間は見なくて良い)。