本症の定型的な病型は髄膜脳炎型であるが、脊髄炎症状が顕著な脊髄炎型の症例もある。小児では腹痛、下痢を伴うことも多い。麻痺は上肢で起こることが多い。脊髄障害や球麻痺症状も報告されている。痙攣は小児では多いが、成人では10%以下である。検査所見では、末梢血白血球の軽度の上昇がみられる。圧は上昇し、髄液細胞数は初期には多核球優位、その後リンパ球優位となり10〜500程度に上昇することが多い。1,000以上になることは稀である。程度の軽度の上昇がみられる。生存者の45〜70%に残り、小児では特に重度の障害を残すことが多い。日本脳炎ワクチン未接種者や不完全接種者で夏期に発生した脳炎患者の場合には、必ず日本脳炎を考慮する必要がある。日本脳炎が疑われた場合は、血清の抗体価を調べる。法、中和試験などがある。HI、CF抗体で確定診断する場合、単一血清ではそれぞれ1:640,1:32以上の抗体価であることが必要である。期のペア血清で抗体価が4倍以上上昇していれば、感染はほぼ確実となる。抗体が陽性であれば、ほぼ確実といえる。交叉反応が低く特異性の高い方法として中和試験があるが、検査に日数を要する。検出により、確実な診断となる。血液や髄液からのウイルスの検出は非常に難しい。特異的な治療法はなく、対症療法が中心となる。高熱と痙攣の管理が重要である。改善することはないと言われている。果的な薬剤が開発されたとしても、一度破壊された脳細胞の修復は困難であろう。年前と比較しても、死亡例は減少したが全治例は約3分の1とほとんど変化していないことから、治療の難しさが明らかである。予防の中心は蚊の対策と予防接種である。実際、近年の日本脳炎確定患者の解析より、ほとんどの日本脳炎患者は予防接種を受けていなかったことが判明している。期として14〜15歳にそれぞれ1回追加接種を受けることとされている。全数報告対象(4類感染症)であり、診断した医師は直ちに最寄りの保健所に届け出なければならない。