一部敵兵の巡回ルートが変化する。NORMAL以下より短くなる。一部ボスのライフやスタミナ、攻撃力が高い。EXTREME(最高難易度)条件を達成すると選べるようになる最高難易度。ライフゲージがスタミナゲージの約32%(NORMAL・HARDの約2/3)。自然回復力が非常に遅くなる。武器や装備品の最大所持数がさらに少なくなり、アイテムボックス1つから入手できる弾もさらに少なくなる。敵の位置を感知するアイテムが存在しない。スタミナゲージがかなり減りやすい。敵兵の視界・聴力が非常に鋭い。敵兵の数がかなり多くなる。敵兵およびボスのライフやスタミナ、攻撃力が非常に高い。HARDよりさらに短くなる。ホールドアップしても銃を構えていないと時間経過ですぐに解除される(伏せホールドアップは例外)。セーブすると聞けるパラメディックの映画講座の映画の数が増えている。EXTREME(海外版最高難易度)『サブシスタンス』で追加された難易度で、特定の条件を達成する必要がある。敵兵に発見されると即ゲームオーバーになる。それ以外のシステムはEXTREMEと変わらない。サブシスタンス』が発売された。完全版」、MSX2版『メタルギア』『メタルギア2』、シークレットシアターなどがディスク2枚にわたるボリュームで収録され、初回生産版にはポリゴンデモを再編集したストーリー観賞用ディスクも付属する。リアルタイムデモが変更されている場面があるなど、細かな部分で改良が加えられている。これまでの完全版と銘打った作品は全て音声が英語だったが、今作では日本語音声となった。通常版で問題となった、無線などのロード時間の遅延もこの『サブシスタンス』で修正されている。『メタルギア2』は、このディスクに収録されるまでアメリカでは発売されていなかった。『サブシスタンス』に同梱されている、オンライン対戦ゲーム。費用は無料で、最大8人が同時対戦できる。キーボードでのチャットやボイスチャットにも対応している。オンラインサービスは2006年12月25日で終了した。終了日の1時間のみ、兵士全員の声が小島秀夫になるというサービスを行った。本編と同様にCQCが導入されており、オセロットはおろか一般の兵士ですら、スネークとほぼ同様のCQCを扱うことが出来る。スネークのものと比べて威力が格段に低い上、使用後バランスを崩してよろけるため、拘束も行なえないという仕様となっていた。PRICE』が発売された。ディスクは2枚組で、1枚目には『サブシスタンス』の本編が、2枚目には『メタルギア』『メタルギア2』がそれぞれ収録されている。コナミ殿堂コレクション[編集]メタルギア20周年記念版の廉価版。