餅製造において、原料米ではカビが主要な汚染微生物となるが、洗米・浸漬・蒸し・搗き・包装工程での汚染は細菌汚染が中心となる。菌種としてはErwiniaやPseudomonasが多い。搗き場での細菌汚染は床からの汚染であり、初期の餅の菌叢と床の菌叢はほぼ一致する。従って、搗き場の床管理が重要となる。床の濡れ具合がひどくなるほど菌数が多くなる。餅の密封時の餅温度が細菌による汚染度を左右する。餅を挟む樹脂板に10^(6)/m^(2)の菌(Erwinia)を塗布し、圧延密封した後に菌数測定したところ、餅温度60度で密封したとき餅菌数は1480になるが、餅温度69°Cでは餅菌数0になる。