以上のようにオプションを表示させるはずだ。使ってマッピングを進める。しまっても良いかもしれない。入れておくと、bwaと打っただけで動くようになる。デックス化から始まる。リにいるので、コマンドは以下のようになる。0.5.9を使っていることに注意して欲しい。リファレンスファイルの指定に新しい表現を使っている。パスを全て書いても構わない。ンデックス化が終わった。後でマージするようになっている。これも私の環境では2時間半かかった。同じだけ時間がかかる。2つのマッピング結果をマージして結果ファイルを得る。一時間半ほどで完了する。結果ファイルを見てみよう。