文明を崩壊させた「火の7日間」という最終戦争から1000年、激しく汚染された大地に異形の生態系(巨大な菌類の森「腐海」や、腐海を守る「蟲」と呼ばれる巨大昆虫たち)が出現し、日々範囲拡大する腐海の放つ瘴気毒に人々が怯える荒廃した世界が描かれている。この世界に存在する、トルメキアと土鬼(ドルク)という敵対する二大列強国と、その辺境地にあるトルメキアの同盟国「風の谷」および、工業都市ペジテ市が主な舞台となっている。風の谷の族長であるジルは腐海の毒に侵されて病床にあり、父の代理で国を治める16才の娘「ナウシカ」が主人公である。ある日ペジテ避難民を乗せた輸送機が風の谷に墜落し、ペジテ王女ラステルが瀕死の際、救援にかけつけたナウシカに兄に渡してほしいと石を託す。それは終末戦争で使われた生物兵器巨神兵を起動させる鍵となる「秘石」であった。その翌日、トルメキア王女クシャナが、捜索のため風の谷に複数爆撃機を伴い強襲、現地を武力制圧したが、ナウシカの師匠でもある旅の戦士ユパの状況介入で停戦発効となる。トルメキアと土鬼の間に戦争が勃発し、同盟条約によってナウシカは族長代理としてトルメキア従軍を強いられ、辺境諸国の部隊と共にクシャナ隊に合流する[3]。風の谷から土鬼の地へ向けて南下するトルメキアの空中艦隊をラステルの兄「アスベル」の戦闘機が単独で奇襲し、多大な損害を与えるがトルメキア軍に撃ち落される。奇襲攻撃で損害を受けた風の谷の部隊は戦列を離れて腐海に不時着し、ナウシカは同じく腐海に墜落して蟲に追われるアスべルを救出したものの、蟲との接触事故を起こしてマスクが外れたまま腐海の下層部に迷い込み、そこでは呼吸していても死ななかったことで、自身が城の地下で地下水だけで栽培している無害な腐海植物のと共通点を見出し、腐海は汚染された世界を浄化する目的で存在しているという機序に気づく[4]。劣勢の土鬼軍は、腐海の植物を生物実験する過程で突然変異により生まれた強力な粘菌を生物兵器として使用することで、トルメキア軍を撃退することに成功したが、突然その粘菌が暴走しはじめ、それを察知した蟲達による大海嘯と呼ばれる暴走に発展し、土鬼の地もほとんど滅亡してしまうことになる。ナウシカは秘石により、土鬼軍がトルメキア軍から奪還していた巨神兵を正常起動させてオーマと名づける[5]。ナウシカが土鬼の地を探索するうちに、『森の人』と呼ばれる種族に出会う。彼らは、巨神兵や腐海の植物や蟲たちが「シュワの墓所」と呼ばれる旧世界の遺跡で開発された人工生命であること、その遺跡は腐海システムによって世界を完全に浄化したあと、火の七日間によって絶滅に瀕した動植物や、闘争本能を去勢改造した冬眠中の旧文明人類を、地上に再繁栄させることを目的とした環境再生装置であり、現在の人類はナウシカも含め全員が腐海環境下で生存できるよう旧文明人類を改造した人工種であって、浄化の完了した清浄すぎる世界では吐血し生きていけない、といった情報をナウシカに教える。それを聞いたナウシカは遺跡を封印するために乗り込んでいく。遺跡はそれ自体が意識生命体でもあり、その人格である「墓の主」は、浄化が終わった後の戦争のない理想郷について語り、ナウシカ達改造種も長年の再調整プロセスによって生存し続ける計画になっていると告げるが、ナウシカはその清浄のみを追求し一切の汚濁を認めぬ旧文明側の計画内容に反発、否定し、オーマに遺跡を破壊させ冬眠中の旧文明人類たちも皆殺しにした。それは遠い未来に腐海が浄化を完了した時、自分たちが滅亡することであるとナウシカは自覚しつつも、隠し通してゆく決意を胸にした[6]。(出典:wikipedia)。