はじめ日用品から先端材料に至るまで、多種多様な有機物質が現代文明社会を支えている。すべての観点から満足すべき真に有効な方法論が確立されなければならない。プログラムはその分野を国際的に圧倒的に先導してきた。本プログラムの最終年度も、分子触媒研究では、これまで以上に、新触媒反応系の確立に邁進した。無作為探索型や経験指導型のアプローチにできる限り論理性を与えるべく、触媒設計のための指導原理の確立を目指した。高い物質変換効率や興味深い有機化学現象を示す触媒反応はそのための基礎情報の宝庫であり、あらゆる方法を駆使して、これまでに発見した新反応・新現象に対する理解を深めた。系統的に変化させ、構造と反応性・選択性との相関を調査した。核磁気共鳴分光をはじめとする種々の分子スペクトル、物質の束一的性質を利用した分子量測定、結晶から得られるX線回折データなどの物理化学的情報を基に、触媒前駆体や反応基質の固相・液相での静的あるいは動的な構造を知り、触媒サイクルを構成する化学種あるいはその関連体を単離・構造解析した。構造化学的知見に加え、厳密な速度論実験や同位体効果測定を行い触媒サイクルの全貌を追及した。得るためのいくつかの重要な指導原理を得ることができた。関連分野から化学合成法の開拓が強く要請されている物質群に焦点を置いて、それらの効果的供給法の確立をとおしてこれまでの基礎科学研究成果を社会に還元することもできた。ヒドロゲナーゼ活性部位の人工的構築等に成功した。有する化合物群について、独自の分光法を基盤に、有機電子デバイスの基礎をなす有機/金属界面、有機/有機界面の電子構造を徹底的に解析することにより、有機電界発光(EL)素子開拓のための新モデルを提唱することができた。従来の常識を覆すモデルであり、有機電子デバイス分野に大きなインパクトを与えている。発見、キラル分子の繊維状集合体の構造解明等の成果も得ることができた。生物機能研究では、生体における機能性分子や細胞内装置の分子レベルでの理解を深めた。おける弱い相互作用の重要性の提唱、葉緑体内に原核生物型タンパク質輸送装置の発見、膜透過装置のタンパク質複合体の立体構造の決定等、多くの成果を得た。物性・機能の評価、また生物機能性分子の生理活性や種々の現象の発現機構に関する研究を全COE構成員が密接に連携して推進することにより、分子性物質に機能を賦与するためのいくつかの柔軟かつ一般的な原理を確立することができた。物質創製に関する統一的な化学概念の構築に着実に向かっている。