Abstract電気泳動と質量分析のインターフェイスを考案するための基礎研究として、ヒト血漿タンパク質中の微量タンパク質を対象とし、現在広く用いられている電気泳動ゲルからのタンパク質/ペプチド抽出法と、引き続く質量分析法の最適化を行った。電気泳動法としては、研究代表者らが開発した非変性条件および変性条件のミクロ2次元ゲル電気泳動を用いた。MALDI-TOFMSによるペプチドマスフィンガープリント法およびエレクトロスプレーイオン化タンデム質量分析計(ESI-MS/MS)による部分アミノ酸配列決定法)を行うまでに多くの手操作のステップがあり、これらをできるだけ高能率化するために以下の研究を実施した。(1)2次元電気泳動条件の組み合わせによって検出されたヒト血漿微量タンパク質群の構造解析、(2)2次元電気泳動ゲル上のタンパク質のアルカリ溶液による直接抽出と質量測定、(3)2次元電気泳動ゲルからタンパク質をアルカリ抽出する際のペプチド結合切断部位の解明、(4)ヒト血漿を直接MALDI-TOFMSにかけるだけで、アポC、アポA-IIなどいくつかの血漿タンパク質がイオン化され高能率に同定可能であることの発見。これらの成果は、順次国際誌に掲載されるか、発表予定である。