良い魔女グリンダが、緑色の肌の西の悪い魔女エルファバの死をオズの国民に告げます。時はさかのぼります:マンチキンランド知事の娘達、若きエルファバと車椅子生活をするネッサローズがシズ大学に到着します。学長のマダム・モリブルの魔法の授業に招かれたエルファバと、招かれなかったグリンダはすぐに対立するようになります。エルファバは自分に魔法の才能があるのかもしれないと気付くと、驚き、喜び、魔法使いに会う日を思い描きます。ルームメイトのエルファバとグリンダはお互いを嫌がります。グリンダと他の学生達は、歴史の教授で言葉を話すヤギのディラモンド博士の話にあまり集中していません。エルファバだけが、オズでは動物達の話す能力が失われつつあるという警告を知らされ、そわそわしています。なにか悪いこと)ウィンキーの王子フィエロはシズに入学すると、さっそくグリンダをダンスに誘います。彼にネッサローズをエスコートする様にと説得します。それに感謝したエルファバがグリンダを魔法の授業に招くと、グリンダはエルファバのイメージチェンジを手伝うことに決めます。(“ポピュラー”人気者)ディラモンド博士が逮捕され追放されると、エルファバは取り乱します。檻に入れられた子ライオンを使った実験をしている役人を目撃すると、エルファバの怒りが魔力を放ち、部屋中みんなを凍らせてしまいます。エルファバとフィエロがその怯えたライオンを森に放した時、エルファバはフィエロに惹かれていることに気付き、驚きます。その子は私じゃない)マダム・モリブルはエルファバに、彼女がエメラルドシティに招待され、魔法使いに会いに行くのだと伝えます。つかの間の一日)エルファバはグリンダも一緒にと誘います。魔法使いは、魔術の腕前を試す振りをしてエルファバをだまし、魔法でスパイ団を作らせます。エルファバは魔法使いが政治的援護を強める為に、動物排斥の感情をあおろうとしていることを知りショックを受けます。マダム・モリブルが、エルファバは“悪い魔女“だと訴えると、エルファバは魔法使いの不公正に対して戦うと誓います。グラビティ”重力に逆らって)第二幕グリンダとマダム・モリブルは今や魔法使い陣営の一部になっています。エルファバ捜索を仕切るフィエロとグリンダとの婚約が発表されます。ありがたい)グリンダは幸せそうですが、成功の代償は払っていました。マンチキンランドでは、ネッサローズが知事になっています。エルファバは援助と隠れ家を探してネッサローズのもとにやって来ますが、2人はけんか別れしてしまいます。エルファバはエメラルドシティに戻ると、魔法使いから一緒にオズを支配しようと説得を受けます。エルファバは迷いながらも断ります。素晴らしい)エメラルドシティで出逢ったエルファバとフィエロは恋に落ち、一緒に生きて行くことを考えます。エルファバは空を飛ぶ家という気がかりな光景を目にし、マンチキンランドに急ぎますが、ネッサローズが下敷きになったと知らされます。グリンダとエルファバは向かい合います。フィエロが仲裁に入ろうとしますが、怒った群衆に阻まれてしまいます。自分の正しい意図は苦しみをもたらすだけど悟り、エルファバは真の悪になろうと誓います。善行はすべて)同時に、オズ国民は彼女を殺そうと試みます。魔女狩りのマーチ”)エルファバは群衆から逃げきると、キアモ・コのフィエロの城で慰めを見つけます。グリンダはそこでエルファバを見つけますが、エルファバは群衆がすぐに追って来ることを知っています。エルファバは友情の証にと、グリンダに魔力の本グリマリーを委ねます。2人はお互いに友情が2人を変えたのだと認識します。(“只要你是我的”)。