#!/bin/sh
#$ -S /bin/sh
#$ -cwd
#$ -o output.error
#$ -e output.error
#$ -j y
#####$ -l cpu600
#$ -l i386=true
#$ -l scratch=1G
#$ -r y
#$ -N loop
#$ -p -4
#$ -t 1-iteration
#####node limitation
#####$ -l modloop

input="${SGE_TASK_ID}.py"

# Create local scratch directory
tmpdir="/scratch/modloop/$JOB_ID/$SGE_TASK_ID"
mkdir -p $tmpdir
cd $tmpdir

# Get input files
cp DIR/$input DIR/pdb*AF*pdb .

/diva1/home/modeller/mod9v1 $input

# Copy back outputs
cp *.B* *.log DIR

rm -rf $tmpdir

#!/bin/sh
#$ -S /bin/sh
#$ -cwd
#$ -o output.error
#$ -e output.error
#$ -j y
#####$ -l cpu600
#$ -l i386=true
#$ -l scratch=1G
#$ -r y
#$ -N loop
#$ -p -10
#$ -t 1-iteration
#####node limitation
#####$ -l modloop

input="${SGE_TASK_ID}.py"

# Create local scratch directory
tmpdir="/scratch/modloop/$JOB_ID/$SGE_TASK_ID"
mkdir -p $tmpdir
cd $tmpdir

# Get input files
cp DIR/$input DIR/pdb*AF*pdb .

/diva1/home/modeller/mod9v1 $input

# Copy back outputs
cp *.B* *.log DIR

rm -rf $tmpdir

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@@ -9,7 +9,7 @@
 #$ -l scratch=1G
 #$ -r y
 #$ -N loop
-#$ -p -10
+#$ -p -4
 #$ -t 1-iteration
 #####node limitation
 #####$ -l modloop
Increase priority to -4, so that we're not continually pushed out of the queue
by other "low priority" stuff (e.g. DBAli updates).

