M. Philippe Kemel appelle l'attention de M. le ministre du redressement productif sur l'évolution du statut de jeune entreprise innovante (JEI). Ce dispositif prévoit notamment que les entreprises nouvelles se lançant dans des travaux de recherche jugés innovants, bénéficient de conditions fiscales et sociales avantageuses. En échange d'un engagement de dépense de 15 % de leurs charges, dans leurs travaux, les JEI sont, par exemple, non imposables sur leurs trois premières années d'exercice. Face à la crise et pour inciter les JEI à investir dans la recherche publique, la loi prévoit également que les dépenses de recherche confiées à une université où à un laboratoire public de recherche soient retenues pour le double de leur montant. Durant des années, les administrations en charge de la mise en œuvre de la politique de l'innovation (la direction générale pour la recherche et l'innovation, la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services ou encore Oséo innovation) ont fait la promotion de ce dispositif, incitant les JEI à collaborer avec la recherche publique. Or la direction de la législation fiscale à remis en cause dès septembre 2011 ce dispositif entraînant le redressement des JEI ayant bénéficié "du doublement des montants" investis dans la recherche publique. Aujourd'hui, certaines JEI sont prises dans les filets de ce changement de doctrine administrative, leurs travaux sont arrêtés et même perdus. Selon le rapport de la Cour des comptes d'octobre 2011, sur les aides aux entreprises, 2 000 entreprises françaises parmi lesquelles des centaines de JEI, déclaraient au titre du crédit impôt recherche, des investissements dans la recherche publique. Il lui demande quelles sont les mesures que compte prendre le Gouvernement pour venir en aide aux jeunes entreprises innovantes travaillant avec la recherche publique et s'il compte reconsidérer la rédaction de l'instruction du 16 septembre 2011 et ses conséquences désastreuses pour l'innovation en France.