M. Marc Le Fur attire l'attention de M. le secrétaire d'État, auprès de la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, chargé des transports, de la mer et de la pêche sur les inquiétudes exprimées par la Commission européenne concernant le financement des TER. Dans un courrier daté du 9 juillet 2014, révélé dans la presse le mercredi 15 octobre 2014, la direction générale de la concurrence de la Commission européenne a demandé au Gouvernement un certain nombre de données afin de s'assurer que « les compensations de service public octroyées à la SNCF pour ses missions de service public sont compatibles avec les règles en matière d'aides d'État ». Dans le détail, Bruxelles veut connaître non seulement les montants octroyés par les régions pour l'exploitation et l'achat de trains, mais aussi « la description des flux de financement reçus des régions dans la comptabilité de la SNCF. De même, les fonctionnaires de Bruxelles demandent d'« indiquer si les actifs financés par les subventions reçues des régions sont exclusivement affectées aux services de transport définis dans les conventions signées par la SNCF avec les régions. Donc, la Commission européenne veut savoir si les régions financent exclusivement dans le cadre des conventions les services régionaux de la compagnie ferroviaire nationale, et non pas également ses autres activités, notamment sur les marchés concurrentiels. Parallèlement, l'Association des Régions de France (ARF) exprime aussi cette inquiétude depuis plusieurs années. Elle constate en effet que les coûts d'exploitation des trains express régionaux (TER) ont progressé de 90 % en 10 ans, alors qu'« une faible part de cette hausse s'expliquerait par l'évolution de l'offre TER (+ 24 % d'offre sur la même période) ». Au regard notamment des sanctions potentielles, il souhaiterait connaître les éléments de réponse qui seront apportés à la Commission européenne afin de lui garantir que les sommes versées par les régions à la SNCF pour l'exploitation des TER ne sont pas des aides d'État dissimulées.