Mme Pascale Got attire l'attention de M. le ministre du redressement productif sur l'évolution du statut des jeunes entreprises innovantes (JEI). Ce statut, mis en place en 2004, prévoit entre autres que les entreprises nouvelles qui se lancent dans des travaux de recherche jugés innovants bénéficient de conditions fiscales et sociales avantageuses. En échange d'un engagement de dépense de 15 % de leurs charges, dans leurs travaux, les JEI sont par exemple non imposables sur leurs trois premières années d'exercice. Face à la crise et pour inciter les JEI à investir dans la recherche publique, la loi prévoit également que les dépenses de recherche confiées à une université ou à un laboratoire public de recherche soient retenues pour le double de leur montant. Durant des années, la direction générale pour la recherche et l'innovation, la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services ou encore Oséo ont fait la promotion de ce dispositif, incitant les JEI à collaborer avec la recherche publique, toujours diffusée sur les sites officiels des ministères concernés. Or le ministère du budget, via la direction de la législation fiscale, a remis en cause en septembre 2011 ce dispositif, entraînant le redressement des JEI ayant bénéficié « du doublement des montants » investis dans la recherche publique. Aujourd'hui, certaines JEI sont victimes de ce changement de doctrine administrative, leurs travaux sont arrêtés et souvent perdus. Suivant le rapport de la Cour des comptes d'octobre 2011, 2 000 entreprises françaises, parmi lesquelles des centaines de JEI, déclaraient, au titre du crédit d'impôt recherche, des investissements dans la recherche publique. Elle souhaite donc connaître les mesures que compte prendre le Gouvernement pour venir en aide aux jeunes entreprises innovantes travaillant avec la recherche publique, et s'il compte user de son autorité pour dénoncer la rédaction de l'instruction du 16 septembre 2011 et mettre fin au détournement de l'esprit du législateur et aux conséquences désastreuses pour l'innovation en France.