ทางการอินโดนีเซียยอมรับว่า จะใช้ตำรวจแก้ปัญหาการก่อการร้ายเพียงอย่างเดียวไม่ได้
แม้การเสียชีวิตของนาย Noordin Top หัวหน้าคนสำคัญของกลุ่มย่อยในพวก Jemaah Islamiyah ในสัปดาห์ที่แล้ว เป็นชัยชนะครั้งสำคัญ ของการทำสงคราม
ตามความเห็นของบุคคลสองคน ที่ทำงานต่อต้านการก่อการร้ายการเสียชีวิตของ Noordin Top ทำให้ข่ายงานการก่อการร้ายในอินโดนีเซียอ่อนตัวลงเป็นอย่างมาก Noor Huda Ismail แห่งสถาบันการสร้างสันติภาพระหว่างประเทศในกรุงจาการ์ต้าให้ความเห็นว่า Noordin Top เป็นผู้ที่มีความสามารถ ในการจัดการในเรื่องการหาสมัครพรรคพวกร่วมอุดมการณ์ที่จะสังหารคนอเมริกันและพันธมิตรของสหรัฐ และว่าที่เขาทำได้เช่นนั้นก็เพราะเป็นคนที่มีบุคคลิกน่าเลื่อมใส และทำงานยุยงผู้ที่ฝักใฝ่ความรุนแรง ในอินโดนีเซียอย่างได้ผล Nasir Abbas อดีตสมาชิก JemaahIslamiyah หรือ J.I. ซึ่งเวลานี้หันมาช่วยตำรวจทำงานเพื่อพยายามเปลี่ยนแปลงความคิดของผู้ก่อการร้าย ที่ถูกตัดสินแล้วว่ามีความผิดเขาให้ความเห็นว่า แม้การเสียชีวิตของ Noordin Top อาจจะทำให้อินโดนีเซียมีความปลอดภัยมากขึ้นแต่ภัยคุกคามจากการก่อการร้ายยังไม่หมดไป เพราะตัว Noordin Top มิใช่รากเหง้าของปัญหา อดีตสมาชิก J.I. คนนี้บอกว่า อุดมการณ์ที่มุ่งสังหารพลเรือน เป็นรากเหง้าของปัญหาไม่ใช่การทำสงครามเพื่อศาสนาอิสลาม หรือ jihad และว่าการตีความ jihadผิดโดยผู้นำที่มีความคิดสุดโต่ง หรือผู้มีความรู้ทางศาสนานำไปสู่การยอมรับการใช้ความรุนแรงต่อประชาชนพลเรือน นักวิเคราะห์ Noor Huda Ismail เห็นด้วย และว่า การทำสงครามต่อต้านการก่อการร้ายเป็นสงครามทางความคิดและกลุ่มย่อยในพวก J.I. ประสบความสำเร็จในการเผยแพร่ความคิดของพวกตนโดยอาศัยใช้โรงเรียน และอินเทอร์เน็ตเป็นเครื่องมือ นักวิเคราะห์ผู้นี้กล่าวไว้ด้วยว่าปัญหาไม่ได้อยู่ที่จำนวนคนที่ทำงาน เผยแพร่อุดมการณ์ดังกล่าวแต่อยู่ที่ระดับของความมุ่งมั่น และความสามารถในการตีความหมายของศาสนาอิสลาม ให้เป็นที่เชื่อถือและเป็นประโยชน์ต่ออุดมการณ์ของพวกตน และว่าวิธีที่จะต่อต้านอุดมการณ์สุดโต่งนี้ให้ได้ผลก็คือ ชาวมุสลิมที่นิยมทางสายกลาง ซึ่งเป็นประชาชนส่วนใหญ่ของประเทศจะต้องออกมาแสดงความคิดเห็น คัดค้านผู้ที่เกี่ยวข้องกับการก่อการร้าย Noor Huda Ismail แห่งสถาบันการสร้างสันติภาพระหว่างประเทศในกรุงจาการ์ต้ากล่าวไว้ในที่สุดว่า การก่อการร้ายมักจะพ่ายแพ้ เพราะประชาชนกล้ารายงานสิ่งผิดปกติที่พบเห็นต่อทางการเจ้าหน้าที่ ไม่ใช่จากฝีมือการทำงานของรัฐบาล และในขณะที่ยอมรับว่าจะไม่มีทางกำจัดภัยจากการก่อการร้ายได้ทั้งหมด แต่ยุทธวิธีที่กำจัดตัวหัวหน้าและการกล้าเผชิญหน้ากับอุดมการณ์ของการก่อการร้ายจะสามารถจำกัดประสิทธิผลของการก่อการร้ายได้ในอนาคต