การก่อการร้ายในอินโดนีเซีย มีอัตราลดลงในช่วง 4-5 ปีที่ผ่านมา
ขณะที่การก่อการร้ายที่เกี่ยวโยงกับลัทธิเคร่งศาสนา ดูเหมือนจะมีมากขึ้นในหลายส่วนของโลก แต่ในอินโดนีเซียซึ่งผู้เชี่ยวชาญหวั่นเกรงกันว่า จ
การก่อการร้ายด้วยการวางระเบิดที่มีคนเสียชีวิต9 คนและบาดเจ็บมากกว่า 50 คน กลางกรุงจาการ์ตาในเดือนกรกฏาคม2552 เป็นสิ่งเตือนว่า ภัยจากการก่อการร้ายที่เกี่ยวโยงกับกลุ่ม JemaahIslamiyah ที่ทำงานร่วมกับข่าย Al-Qaida ยังคงมีอยู่ อย่างไรก็ตาม เมื่อดูโดยรวมแล้วการก่อการร้ายในอินโดนีเซียลดลงอย่างมาก นักวิเคราะห์ด้านการต่อต้านการก่อการร้ายกล่าวว่า ตอนนี้มีพลพรรค Jemaah Islamiyah อยู่ในอินโดนีเซียราว 2,000คน ในจำนวนประชากร 250 ล้านคน สภาพการณ์ด้านสังคมและการเมืองที่ดีขึ้นทำให้เป็นเรื่องยากขึ้น ที่ผู้ก่อการร้ายจะหาคนมาเป็นสมัครพรรคพวก Sidney Jones นักวิเคราะห์ด้านการต่อต้านการก่อการร้ายกล่าวว่าอินโดนีเซียไม่มีรัฐบาลที่กดขี่ ไม่อยู่ใต้การยึดครองไม่มีชนกลุ่มน้อยที่ถูกแบ่งแยก ไม่มีเพื่อนบ้านที่มุ่งร้ายเป็นปฏิปักษ์ก่อกวนให้เกิดปัญหา ในช่วงปลายคริสต์ทศวรรษ1990 มีการก่อการร้ายมากขึ้น ในอินโดนีเซีย และต่อมาในปี 2544 ทันทีหลังจากการก่อการร้ายในสหรัฐและการที่กำลังพันธมิตร ที่สหรัฐเป็นแกนนำเข้าไปปฏิบัติการขับไล่ปราบปรามระบอบทาลีบานในอัฟกานิสถานนั้น เป็นที่วิตกกันว่า ผู้ก่อการร้ายได้รับความสนับสนุน ขณะที่มีความรู้สึกต่อต้านอเมริกามากขึ้นทั่วโลกมุสลิม การวางระเบิดที่เกาะบาหลีซึ่งมีคนเสียชีวิต 202 คน และบาดเจ็บเป็นจำนวนมาก รวมทั้งชาวต่างประเทศในปี 2545 นั้นทำให้โลกให้ความสนใจปัญหาการก่อการร้ายในอินโดนีเซีย อย่างไรก็ตามแทนที่จะตอบโต้ด้วยกำลังทางทหาร รัฐบาลอินโดนีเซียใช้มาตรการไม้อ่อนดำเนินการกับผู้ก่อการร้ายแบบเดียวกับอาชญากร ไม่ใช่ข้าศึกศัตรูที่จับได้จากสนามรบ อาจารย์วิชาประวัติศาสตร์ที่มหาวิทยาลัยอิสลามในกรุงจาการ์ตา อัสยุมมาดี อัสรา กล่าวว่า ด้วยการดำเนินคดีในศาลเปืดรัฐบาลสามารถทำให้ประชาชนและองค์กรมุสลิมต่างๆ ที่เคลือบแคลงสงสัย มีความแน่ใจว่าการก่อการร้ายเหล่านั้น เป็นการก่ออาชญากรรมของชาวมุสลิม ต่อชาวมุสลิมด้วยกันเองไม่ใช่แผนการของชาติตะวันตก อาจารย์อัสยุมมาดีอัสรา กล่าวว่า หลังจากที่นำตัวผู้ทำผิดกฏหมาย ในการวางระเบิดที่เกาะบาหลีมาพิจารณาโทษก็เป็นที่แจ้งชัดว่าคนเหล่านั้นพยายามก่อการด้วยตนเองไม่ใช่ถูกจัดแจงโดยอำนาจภายนอกและว่านี่เป็นเหตุผลหนึ่ง ของการที่บรรดาองค์กรมุสลิมแนวสายกลางเปลี่ยนท่าที ส่วนนักวิเคราะห์Sidney Jones กล่าวว่ามีเสียงวิพากษ์ตำหนิจากภายนอกอินโดนีเซียว่าการพิพากษาลงโทษผู้ก่อการร้ายบางรายในอินโดนีเซียนั้น โอนอ่อนผ่อนปรนมากเกินไปอย่างรายนักบวช Abu Bakar Bashir ผู้นำคนหนึ่งของ กลุ่ม JemaahIslamiyah ถูกพิพากษาลงโทษจำคุกเพียง 30 เดือนฐานสมรู้ร่วมคิดก่อการวางระเบิดนั้น และหลังจากต้องโทษเพียงปีกว่า เขาก็เป็นอิสระ นักวิเคราะห์ผู้นี้กล่าวว่า แม้ระบบตุลาการของอินโดนีเซียจะไม่สมบูรณ์เพรียบพร้อม แต่กระบวนการที่โปร่งใส ช่วยสร้างความเชื่อมั่น และความสนับสนุนของประชาชนได้ Sidney Jones กล่าวว่ามีการเสริมสร้างความเข้มแข็ง ของตัวบทกฏหมายให้สอดคล้องกับวิธีการดำเนินการกับคดีก่อการร้าย ส่วนอาจารย์อัสยุมมาดีอัสรา กล่าวว่า บรรดากลุ่มมุสลิมต่างๆก็มีบทบาทสำคัญในการส่งเสริมความรู้สึกของความเป็นวัฒนธรรมหลากหลายและความอดทนยอมรับผู้อื่น และป้องกันไม่ให้กลุ่มเคร่งศาสนานอกประเทศ อย่างกลุ่ม Wahabi กับ Salafi เข้ามาตั้งหลักในอินโดนีเซียได้อาจารย์อัสวากล่าวว่า ใน 2 - 3 ปีมานี้ บรรดาองค์กรมุสลิมแนวสายกลางอย่างกลุ่ม Nahdlatul กับMuhammadiyah หันมาตระหนักว่า พวกตนควรมีความระมัดระวังยิ่งขึ้นและควรให้ความสนใจมากขึ้นแก่การแทรกซึมของกลุ่มมุสลิม ที่โอนเอียงไปในทางกลุ่ม Wahabiกับ Salafi อย่างไรก็ตามความเกี่ยวข้องของประเทศตะวันตกอย่าง สหรัฐ ยังคงมีอยู่เบื้องหลัง ซึ่งส่วนใหญ่เป็นการแลกเปลี่ยนข่าวกรองและปรับปรุงการฝึกทางทหารในการต่อต้านการก่อการร้าย ขณะเดียวกันภาพลักษณ์ของสหรัฐในอินโดนีเซียดีขึ้นหลังจากที่อินโดนีเซียได้รับความช่วยเหลือจากรัฐบาลสหรัฐและหน่วยงานบรรเทาทุกข์ต่างๆของสหรัฐเป็นมูลค่าหลายล้านดอลล่าร์หลังภัยสึนามิในปี 2547 และการเลือกตั้งประธานาธิบดีบารัคโอบามา ซึ่งเมื่อตอนเป็นเด็กเคยอาศัยอยู่ในอินโดนีเซียนั้น ก็เป็นที่ถูกใจชาวอินโดนีเซียจำนวนมากแม้ว่าภัยการก่อการร้ายจะยังคงมีอยู่แต่อินโดนีเซียควบคุมปัญหานี้ โดยการไม่ประกาศสงครามกับการก่อการร้าย