Afganistanski i pakistanski talibani imaju zajedničku ideologiju no ne nužno i ciljeve
Analitičari tvrde da su se afganistanski talibani malo distancirali od al-Qaide jer ostavljaju otvorenom mogućnost za pregovore s Kabul
Nekada je postojao samo jedan talibanski pokret koji je, u očima mnogih, bio isto što i al-Qaida, poglavito nakon terorističkih napada na Sjedinjene Države 2001. godine. Danas, pakistanski i afganistanski talibani možda nose isto ime, ali imaju različite ciljeve. Al-Qaida, koja je nekoć bila „gost“ talibanske vlade u Afganistanu sada je pronašla utočište u pakistanskim plemenskim područjima. No mišljenja se razilaze oko toga koliko su dvije talibanske organizacije povezane s al-Qaidom. Jedan američki dužnosnik za protuterorizam, koji je želio ostati anoniman, vjeruje da još uvijek postoji bliska suradnja između tih skupina. On tvrdi da al-Qaida aktivno podržava talibanske napore u Afganistanu kao i u Pakistanu. Bruce Riedel iz washingtonskog Instituta Brookings - koji je bio na čelu radne skupine Bijele kuće za analizu strategije u Afganistanu - kaže da su ove skupine zapravo sve bliskije, iako ima razlika. Richard Barrett prati aktivnosti al-Qaide i talibana za Ujedinjene narode. On kaže da su veze pakistanskih talibana i al-Qaide još uvijek prilično snažne, no situacija s afganistanskim talibanima je drugačija. Mula Baradar, poznat i kao Abdul Ghani, bio je vodeći operativni zapovjednik afganistanskih talibana prije nego je uhvaćen u Karachiju. Barrett i neki drugi analitičari kažu da afganistanski talibani žele imati političku ulogu u budućnosti Afganistana - čak i ako to javno negiraju - a veze s al-Qaidom slabe takve izglede. Prema nekim izvješćima Mula Baradar favorizirao je neku vrstu pomirenja sa sadašnjim vlastima u Kabulu. Analitičari ističu da su ciljevi afganistanskih talibana više lokalni, dok su ciljevi al-Qaide globalni, a njeni operativci dolaze sa svih strana svijeta. Brian Fishman iz Zaklade Nova Amerika kaže da se afganistanski talibani žele prikazati kao nacionalistička organizacija što je dovelo do kritika na Internet sajtovima koji su povezani s al-Qaidom. On dodaje da afganistanski talibani paze da ne antagoniziraju Pakistan. Protuteroristički napori Islamabada usmjereni su pretežito na pakistanske talibane. Zapadni analitičari donekle su zbunjeni motivima Pakistana kada je riječ o nedavnom hvatanju Mule Baradara. Oni tvrde da je preuranjeno govoriti o mogućoj promjeni odnosa Pakistana prema afganistanskim talibanima.