جرثومة المعدة هي نوع من البكتيريا تُسمى هيليكوباكتر بيلوري (Helicobacter pylori)، وهي مسؤولة عن التسبب في العديد من المشاكل الهضمية مثل قرحة المعدة والتهاب المعدة. هذه البكتيريا يمكن أن تتواجد في بطانة المعدة بشكل دائم إذا لم يتم علاجها.