A medida não vale para inquéritos e procedimentos investigatórios do Ministério Público, nem para casos sem réu preso. O Plenário afirmou ainda que o juiz, na instância de origem, pode determinar a produção de provas consideradas urgentes enquanto o processo estiver parado.
Os ministros Edson Fachin e Marco Aurélio foram os únicos a divergir. Fachin entendeu que impor barreiras ao fluxo do prazo prescricional legalmente estabelecido significa ampliar o poder punitivo estatal, o que só pode ocorrer, segundo o ministro, por edição de lei.
Já Marco Aurélio defendeu que a possibilidade de suspender a jurisdição no território brasileiro mediante ato individual de ministro é conflitante com o inciso XXXV do artigo 5º da Constituição, pois inviabiliza o processo e sua tramitação. Ainda segundo seu entendimento, o artigo 1.035, parágrafo 5º, do CPC não pode ser aplicado ao processo penal, sendo tido por inconstitucional.