Em junho seguinte, apresentou à CAE projeto de lei complementar regulamentando o artigo 192 da Constituição referente ao Sistema Financeiro Nacional. Segundo a proposta de Fogaça, o Banco Central (BC) deixaria de ser vinculado ao Ministério da Fazenda e passaria a ser subordinado diretamente ao presidente da República, a quem caberia a indicação dos membros do Conselho Deliberativo da instituição para aprovação pelo Senado. Se aprovada a regulamentação, o Programa de Estímulo à Reestruturação e ao Fortalecimento do Sistema Financeiro Nacional (Proer) seria extinto e substituído por um fundo privado, ficando o Banco Central proibido de repassar dinheiro público para instituições financeiras em dificuldades.
O projeto de Fogaça, que concorria com outro apresentado pelo ex-deputado e ministro do Planejamento, Antônio Kandir, também previa a extinção do Conselho Monetário Nacional (CMN) e acabava na prática com a limitação dos juros a 12% ao ano instituída pela Constituição de 1988, pois transferia para o Banco Central a responsabilidade de fixar os juros reais. Para ele, uma maior independência do BC era condição necessária para que o banco cumprisse sua função de órgão fiscalizador do setor financeiro.
Embora alinhado com os governistas, em novembro de 1996 Fogaça apoiou na CAE o projeto do senador José Eduardo Dutra, do Partido dos Trabalhadores (PT) de Sergipe, que previa o direito de o Senado vetar a inclusão da Companhia Vale do Rio Doce no programa de privatização do governo federal. A proposta foi, no entanto, rejeitada pela maioria da Comissão e, em maio de 1997, a estatal acabou sendo vendida.
Durante o ano de 1996, Fogaça ocupou ainda a vice-presidência da comissão especial do Senado encarregada de elaborar os projetos de regulamentação das reformas econômicas votadas pelo Congresso Nacional no ano anterior.
Em maio do ano seguinte, o Senado aprovou em segundo turno uma emenda constitucional de autoria de Fogaça instituindo limites à edição de medidas provisórias pelo Executivo federal. Após longas negociações entre o governo e o Legislativo, o senador peemedebista apresentou uma proposta conciliadora, aumentando o prazo de vigência das MPs de 30 para 90 dias, mas proibindo a reedição das medidas durante a mesma sessão legislativa.
Em agosto de 1997, Fogaça votou favoravelmente à emenda que instituiu a possibilidade de reeleição para os ocupantes de cargos executivos — presidente da República, prefeitos e governadores; e em março do ano seguinte, também apoiou o destaque à reforma administrativa do governo Fernando Henrique Cardoso que instituiu o fim da estabilidade no serviço público por insuficiência de desempenho ou por excesso de gastos com pessoal.
Em 1999, foi relator do Projeto de Emenda Constitucional de número 22 criando, na esfera da Justiça Federal, os juizados especiais, conhecidos por juizados de pequenas causas. O texto foi aprovado pelo Senado em março daquele ano.
Em 2000, assumiu a relatoria do novo Código Civil brasileiro e, no ano seguinte, a do Projeto de Emenda Constitucional número 32, que previa a limitação da edição de Medidas Provisórias pelo Poder Executivo. A emenda foi aprovada pelo Senado em setembro de 2001. No mesmo mês, manifestou publicamente sua intenção de concorrer à indicação do PMDB como candidato à presidência do Senado, tornada vaga após a renúncia de Jader Barbalho. Este renunciou ainda em setembro ao cargo de presidente do Senado por força dos desdobramentos de crise em que fora acusado de mentir ao Senado sobre seu suposto envolvimento em desvios de verbas do Banco do Estado do Pará (Banpará) e de impedir a tramitação de um requerimento solicitando o envio de relatórios elaborados pelo Banco Central sobre o assunto. Após a renúncia de Jader Barbalho, o PMDB apoiou para substituí-lo o nome do ex-ministro da Integração Nacional do governo de Fernando Henrique Cardoso, o senador Ramez Tebet, também do PMDB, e que terminou sendo eleito. Alegando divergências internas, José Fogaça deixou o partido em outubro do mesmo ano, acompanhando o ex-governador Antônio Brito, e migrou para o Partido Popular Socialista (PPS).
Em janeiro de 2002, foi estabelecido por lei o novo Código Civil Brasileiro. Em outubro daquele mesmo ano, José Fogaça candidatou-se à reeleição ao Senado pela legenda do PPS, mas ficou em quarto lugar.
Após a conclusão do mandato de senador, atuou como assessor da Federação das Indústrias do Estado do Rio Grande do Sul (Fiergs).