O morábito de São João é o mais desconhecido dos três morábitos da vila de Alvor que chegaram até nós. A sua construção deve ser contemporânea dos restantes, assemelhando-se em planta e estrutura, o que levou Ana Figueiredo a considerar serem todos obras de um mesmo arquitecto islâmico (FIGUEIREDO, 2000, p.25). Na actualidade, inserido na densa malha urbanística de Alvor, o monumento passa praticamente despercebido, mas, na origem, a posição sobranceira em relação à ria deve ter-lhe conferido certa monumentalidade, própria de uma marca construtiva na paisagem dominante do monte de Alvor.
Na fachada principal, uma inscrição prova a cristianização do edifício: "ego sum vox clamantis in deserto", epígrafe claramente posterior à construção do templo.
Em termos estruturais e decorativos, o morábito de São João repete o figurino ensaiado nos outros dois (de São Pedro e anexo à igreja Matriz do Divino Salvador): planta quadrangular, cupulada, com fachadas igualmente quadrangulares e encimadas por pináculos sobre os cunhais.