Para o Enem 2017, o MEC convocou uma consulta pública para que a população pudesse opinar sobre a estrutura do exame. Com essas informações, novas modificações foram anunciadas para aplicação das provas.
A grande novidade foi nos dias de provas, que antes eram em dias consecutivos, passaram a ser com uma semana de diferença, em dois domingos seguidos. A ordem de aplicação das provas também foi invertida. Veja como ficou:
Entre as edições de 2009 e 2016 do Enem, os participantes puderam usar suas notas para conseguir certificado de conclusão do ensino médio. A partir do Enem 2017, com as mudanças aplicadas, isso deixou de ser possível. Desde então, esse tipo de certificado só pode ser obtido por meio do Exame Nacional para Certificação de Competências de Jovens e Adultos (Encceja).
Em 2016, mais de 400 locais de provas estavam ocupados por manifestantes, impedindo que mais de 270 mil estudantes realizassem as provas na data prevista. Diante dessa situação, o MEC realizou uma segunda aplicação do Enem no início de dezembro daquele ano.
No ano em que completa duas décadas de existência, novas modificações no Enem foram anunciadas. Uma delas envolve o processo de isenção da taxa, que passou a ser anterior ao prazo de inscrição. Além dos pedidos de isenção, os candidatos isentos e ausentes na edição anterior tiveram que justificar a falta para solicitar novo benefício.