A EEM é constituída por uma vasto conjunto de instalações que se estendem em rede, por toda a Ilha da Madeira e Porto Santo.
A sede da empresa fica localizada no centro do Funchal, mais precisamente na zona este da cidade, junto à orla marítima. Construído em 1956, com projeto da autoria do arquiteto Chorão Ramalho, o edifício está estabelecido no mesmo quarteirão onde, outrora, funcionou a primeira Central Térmica da Madeira.
Atualmente, concentram-se no edifício-sede a Subestação do Funchal, o Museu de Eletricidade, os serviços de apoio administrativo, os serviços de apoio ao consumidor, alguns serviços de apoio técnico às zonas de distribuição e os gabinetes técnicos.
Em 1997, foi acrescentado à nave principal do edifício-sede um novo piso, onde, atualmente está instalada os escritórios da administração da empresa.
Além do edifício-sede, a rede organizacional da EEM é complementada por um conjunto de lojas e infraestruturas de carácter técnico distribuídas por todo o arquipélago e que, conjuntamente, garantem a estabilidade dos processos de produção, transporte, distribuição e comercialização de energia.