Dois anos após a Quarta Guerra Mundial Shinobi, Naruto fica mais alto novamente e deixa o seu cabelo mais curto, e troca a parte de metal de seu protetor de testa por uma bandana elástico preta simples. Ele usa uma jaqueta preta de estilo uniforme com um zíper laranja que possui vários botões na cintura e mangas, o que lhe permite dobrar a manga esquerda e as abas traseiras, dando-lhe acesso fácil para as bolsas na parte de trás de seu cinto. Ele veste uma fita vermelha com um símbolo Uzumaki em seu braço esquerdo e seu braço direito é substituído por um artificial, criado a partir das células de Hashirama Senju por Tsunade, que fica completamente coberto por ataduras. Enquanto fora de serviço, ele usa um moletom com capuz laranja e calção preto e laranja com sandálias. Inicialmente, ele veste uma camisa com um cachecol azul luz listrado que foi tricotado por sua mãe, mas depois ele passa a usar um longo cachecol de malha vermelho feito por Hinata Hyūga. O último cachecol é destruído em sua batalha contra Toneri Ōtsutsuki.
Depois de se tornar Hokage, Naruto deixa de usar um protetor de testa definitivamente. Ele agora usa uma camiseta laranja com listras pretas, juntamente com calças pretas e sandálias. Junto com o chapéu Hokage tradicional, ele também veste uma capa branca decorada com chamas vermelhas nas bordas e escrita: Sétimo Hokage, (七代目火影, Nanadaime Hokage; Literalmente significa "Sétima Sombra do Fogo") na vertical, sendo ela mantida junta por uma corda vermelha, semelhante ao usado por seu pai.
Naruto nasceu como o filho do Quarto Hokage, Minato Namikaze e da segunda jinchūriki de Kurama, Kushina Uzumaki, além de ser o primeiro das reencarnações de Asura a nascer em uma era de relativa paz. Os pais de Naruto o nomearam com o nome do personagem principal do primeiro livro de Jiraiya, tornando o Sannin seu padrinho.[38] Antes do nascimento de Naruto, seus pais e o Terceiro Hokage Hiruzen Sarutobi temiam que seu nascimento iria quebrar o selo que mantinha Kurama em Kushina. O plano para garantir que isso não ocorresse foi levar Kushina para um local secreto fora da aldeia com Biwako Sarutobi e Taji como suas parteiras, além de alguns Anbu como segurança, e Minato para manter o selo no lugar. No entanto, a notícia sobre o momento de Kushina dar à luz chega até um ninja mascarado que pretende levar a raposa para seus próprios fins malignos. Matando as parteiras e os Anbu, o homem mascarado leva o recém-nascido Naruto como refém para manter Minato longe de Kushina para que o selo possa ser destruído.[39]
Embora Minato consiga salvar Naruto e o levar para um local seguro, o ninja mascarado consegue libertar Kurama e a usa para devastar Konoha. Salvando Kushina, Minato deixa Naruto com ela enquanto ele sai para salvar sua aldeia.[39] Depois de romper o controle do ninja mascarado sobre o Bijū, Minato percebe que a única maneira de parar Kurama era selá-la dentro de Naruto, acreditando que seu filho iria algum dia precisar da energia da raposa para derrotar o ninja mascarado quando ele voltasse.[40] No entanto, devido ao chakra do Nove-Caudas ser demasiado imenso para o selo suprimi-lo em uma criança tão pequena, Minato foi forçado a sacrificar a sua alma, a fim de primeiro enfraquecer a raposa, dividindo seu chakra Yin e Yang entre ele e seu filho antes de sucumbir à suas feridas ao lado de Kushina, depois de levarem um golpe fatal que a raposa tinha direcionado contra o seu filho. De repente órfão, Naruto foi deixado para crescer sem saber nada sobre seus pais, recebendo apenas o sobrenome de sua mãe — como Hiruzen acreditava que era melhor que ninguém soubesse que ele tinha alguma relação com o Quarto Hokage.[41]
Apesar do desejo final de Minato para que seu filho fosse visto como um herói, apenas o Terceiro Hokage e um pequeno número de moradores conseguiram deixar a sua dor da perda de lado e honrar este pedido. A maioria dos moradores de Konoha, consumidos com a amargura sobre as vidas perdidas e a destruição após o ataque do Nove-Caudas, se ressentiam com Naruto — não conseguindo distinguir a besta do menino — e com alguns até mesmo vendo-o como a própria raposa. No interesse de proteger Naruto e na esperança de que as novas gerações não iriam imitar esse comportamento, Hiruzen aprovou um decreto de segredo que proibia estritamente que os adultos divulgassem o status de Naruto como um jinchūriki. Esta política não foi totalmente eficaz, pois mesmo sem saber porquê, muitos dos colegas de Naruto seguiam o exemplo de seus pais e se afastavam dele.[42]
Devido ao isolamento social, Naruto vivia afastado de outras pessoas e era constantemente ignorado, o que lhe obrigou a fazer praticamente tudo por conta própria. Certo dia, após um intenso treinamento, Naruto pesca para obter seu próprio alimento. Enquanto come seus peixes sozinho, Hiruzen aparece e se apresenta como um simples idoso que estava andando pelo local. Ao ver que ele estava com fome, Naruto lhe oferece um dos seus peixes e eles comem juntos, enquanto Hiruzen conta histórias sobre o mundo.[43]
Em uma noite de neve, Naruto encontra Hinata desolada na rua após presenciar o velório de Hizashi, então ele a acompanha até sua casa. Ao chegar lá, Naruto lhe questiona porque ela chora, mesmo morando em um lugar tão exuberante. Com isso, ele se despede e vai embora.[43] Um tempo depois, no dia da sua inscrição na Academia Ninja de Konoha[44] - Naruto se reencontra com Hinata Hyūga, que estava sendo atormentada por três valentões. Naruto imediatamente vem em sua defesa, mas, como ele estava em desvantagem, ele acaba ficando inconsciente, além dos valentões danificarem o cachecol vermelho que ele estava usando. Quando ele recupera a consciência, Hinata lhe agradece por ajudá-la e lhe devolve o cachecol, mas ele a deixa ficar com ele. Ele não percebe que foi a partir deste momento que as afeições da jovem Hyūga por ele começaram.[45]