O Eco-Código corresponde a um dos elementos do programa: o 7º passo da metodologia proposta. O Eco-Estudante deverá conseguir identificar um conjunto de atitudes e comportamentos conducentes à melhoria do ambiente na escola, em casa e na sua região.
O Eco-Código deverá expressar uma declaração de objetivos, traduzidos por ações concretas, que todos os membros da comunidade deverão seguir, constituindo assim o código de conduta ambiental da escola. Todas as escolas candidatas à Bandeira Verde devem ter o seu Eco-Código divulgado na escola, preferencialmente no Regulamento interno.