Piora ainda mais em 2000-01: a equipe contrata o artilheiro da Liga na temporada anterior, Salva,[8] mas ainda assim termina a Segunda Divisão em quarto, perdendo o acesso no saldo de gols para o modesto Tenerife, com quem iguala em pontos.
A Segunda Divisão é finalmente conquistada na temporada seguinte, com um time mais barato e com a intervenção judicial em razão das enormes dívidas.[8] Todavia, o Real consegue na mesma temporada o título espanhol e o nono na Liga dos Campeões.
O retorno à elite marca também o debute profissional de Fernando Torres. A boa relação com jogadores brasileiros não é renovada com Rodrigo Fabri, que fora pouco aproveitado pelo treinador e fica apenas para a temporada 2003-04, marcada pelo centenário do time e pela morte do presidente Gil.
O contínuo discurso de equipe grande não se coaduna com os resultados de então.[11] O distanciamento de títulos para Real Madrid e Barcelona aumenta.