Como o corpo tende a eliminar toxinas com o uso do vinagre de maçã, e estas podem ser eliminadas através da pele, é possível que haja reações alérgicas cutâneas durante o uso.
Especialmente para quem não é acostumado a consumir substâncias ácidas, consumir vinagre, sob qualquer forma, pode ser prejudicial para o estômago. O mais indicado é nunca tomá-lo puro ou com o estômago vazio.
Outros efeitos colaterais do vinagre de maçã devido ao processo de desintoxicação são possíveis dores de cabeça e enxaquecas. Isto se dá porque o cérebro também pode liberar toxinas, o que pode desidratá-lo e levar a sentir muitas dores.