Naquele tempo, qualquer escravo que cometesse infrações era severamente punido, pois era marcado a ferro quente, Onésimo, apavorado, fugiu para Roma, e lá acabou sendo preso.
Na prisão, encontrou São Paulo, imediatamente nasceu uma grande amizade, e Onésimo passou a seguir São Paulo e todos os seus ensinamentos sobre a vida e os milagres de Jesus.
São Paulo, temendo a ira de Filêmon, intercedeu por ele, através de uma carta, onde relatou toda a transformação de Onésimo através da evangelização em nome de Jesus.
Filêmon aceitou as súplicas de São Paulo, pois ele próprio já havia se convertido, justamente pelas mensagens de devoção e carisma que São Paulo havia lhe ensinado sobre Jesus.
Sua palavra e seu exemplo foram ouvidos muito além da cidade, despertando assim a ira humana e a perseguição dos judeus, que interferiram para que Onésimo e São Paulo tivessem dias difíceis.
Foi então que Onésimo foi capturado, levado à Roma para ser julgado, e como era costume naquela época, para quem desrespeitasse as ordens, foi morto por apedrejamento.
Este é o maior ensinamento que São Onésimo deixou ao mundo, “o perdão”, incondicional. Pois a partir do momento que São Paulo escreveu a linda carta e se propôs a ficar no lugar de Onésimo, caso Filêmon desejasse prendê-lo, é o maior exemplo de misericórdia e amor que alguém poderia mostrar ao mundo.