Foucault também trabalhou como psicólogo patologista em diversos hospitais psiquiátricos e presídios, o que forneceu elementos empíricos para a constituição de algumas de suas obras, como Vigiar e punir e História da loucura.
A publicação de As palavras e as coisas, em 1966, abriu portas para que o jovem professor de Filosofia e Psicologia se tornasse conhecido no cenário intelectual mundial. Ele ministrou cursos, palestras e conferências, participou de debates e desenvolveu uma vasta obra filosófica. Em 1968, Foucault, assim como Deleuze, Marcuse, Sartre e tantos outros professores universitários ilustres, envolveu-se com a luta estudantil deflagrada no mês de maio daquele ano na França, a qual atingiu setores educacionais no mundo todo. Na época, Foucault lecionava na Tunísia.
Logo após, em 1969, o pensador publicou A arqueologia do saber, livro que restaurou e encerrou a sua primeira fase de pensamento. Já em 1970, Foucault foi aceito em processo seletivo para ocupar a cátedra de Jean Hyppolite, no Collège de France, com a aula inaugural A ordem do discurso, publicada no mesmo ano.
Em 1975, ele publicou Vigiar e Punir - a história da violência nas prisões. No ano seguinte, publicou o primeiro volume da coletânea História da Sexualidade, intitulado A vontade de saber. Em 1984, publicou os dois últimos volumes da série, que deveria conter seis volumes, intitulados O uso dos Prazeres e Cuidado de Si. O motivo da interrupção do trabalho foi a morte do pensador aos 57 anos de idade. A sua morte decorreu de complicações causadas pela aids.
Amado por uns e odiado por outros, por conta de seus escritos, de sua visibilidade nos anos 70 e de sua atuação política, sempre voltada para a esquerda (mas sempre recebendo, também, duras críticas de pensadores e ativistas da esquerda), Foucault foi um dos filósofos mais aclamados do século XX.
No âmbito acadêmico, alguns classificaram Foucault como pós-estruturalista, título que ele mesmo recusava. É fato que sua obra, assim como a de tantos outros, como a de seu amigo Deleuze, de Sartre, de Beauvoir e, como início de tudo, a de Nietzsche, rompeu com as estruturas tradicionais da Filosofia feita até o século XIX, essencial e dogmaticamente voltada para a análise estruturada da racionalidade e de suas formas.
Como foi dito, a obra foucaultiana pode ser dividida em três períodos: o Foucault arqueológico, o Foucault genealógico e o último Foucault. Os períodos apresentam ideias e temas diferentes sobre os quais o filósofo debruçou-se.
Ficou marcado por uma busca de estabelecer um estudo utilizando o que ele chamou de método "arqueológico" das estruturas das ciências humanas, em especial da História e das Ciências Sociais. Também foram examinadas à exaustão, nesse período, a Filosofia, a Linguística e a Literatura. As principais obras do período arqueológico são As palavras e as coisas e Arqueologia do saber.
Esse período foi marcado, essencialmente, pela publicação das obras A verdade e as formas jurídicas, Vigiar e punir e Vontade de saber (esse último como o primeiro volume de História da Sexualidade). Nesse momento, o filósofo francês passou a se preocupar com as formas de poder e subjetivação na sociedade.
Profundamente influenciado por seus anos de clínica psicológica em manicômios e prisões e pelo método genealógico de Nietzsche (ferramenta intelectual adaptada e aprimorada por Foucault para o seu trabalho), o filósofo passou a tentar estudar, por meio de uma complexa reconstrução histórica e cultural de cenários complexos, a formação do que ele denominou de sociedade disciplinar.
Segundo o filósofo, a humanidade seria organizada em formas diferentes e em momentos diferentes mediante o modo que ela lida politicamente com elementos relacionados à vida (biopolítica). Entre esses modos de organização, o filósofo encontrou, entre as sociedades modernas e a sociedade contemporânea, uma diferença crucial, em especial o modo de domínio político nas antigas monarquias e nos sistemas políticos recentes. O pensador caracterizou essas diferenças como relações microfísicas e macrofísicas, descritas a seguir:
Macrofísica do poder: o poder existia e era exercido em grande escala (macro) por meio do monarca, que era o único responsável por aplicar, pelo medo, a atividade necessária para controlar as vontades díspares mediante sua própria vontade.
Microfísica do poder: relacionada ao poder exercido pelo que ele chamou de sociedade disciplinar, era uma rede de poderes pequenos, exercidos em pequenos núcleos sociais por meio da aplicação de técnicas disciplinares que docilizariam os corpos das pessoas, treinando-os para as atividades diversas. A escola, a igreja, o quartel, a fábrica, a cadeia e o hospital seriam instituições disciplinares que aplicam a disciplinarização dos corpos, enquanto os líderes de pequenos núcleos de poder, como os pais na família patriarcal, exercem algum tipo de poder microfísico em cima das pessoas subjugadas a ele.
Nietzsche aparece mais uma vez na teoria foucaultiana, dessa vez com mais força. O filósofo francês utilizou as teorias de seu influenciador alemão, sobretudo nas análises dele sobre os gregos antigos, para imergir na cultura grega em O uso dos prazeres e desvendar o modo como a sociedade grega encarava a sexualidade.
Nesse último período, uma nova maneira ética também apareceu e deu nome, “Cuidado de si”, ao seu último escrito publicado. Os dois últimos volumes de História da Sexualidade, além de artigos acadêmicos, compõem a totalidade da obra publicada no último Foucault.