Das várias descrições conhecidas do brasão de armas de Penamacor prevalece a que consta no manuscrito “Arte de Armaria, Brasões de Cidades e Vilas de Portugal”, que também é a mais antiga que se conhece.
O escudo de Penamacor resume a sua condição de posto avançado na defesa da integridade do território pátrio: o crescente alude à sua conquista aos mouros, a espada à sua condição de praça de armas, e a chave lembra a sua função de guardiã da fronteira. Estas duas peças unidas por um cordão sugerem união e intransigência na defesa da nação. O campo azul significa zelo e lealdade.