O Paço Real de Enxobregas, fundado em 1509 pela rainha D. Leonor, esteve instalado nos terrenos onde actualmente se encontra o Asilo D. Maria Pia, o Mosteiro da Madre de Deus e o Palácio dos Marqueses de Niza. O edifício, de uma só correnteza, começava na Rua da Madre de Deus (porta principal da Casa Pia) e estendia-se até ao largo Marquês de Niza.
Vale a pena falar um pouco da personalidade da rainha D. Leonor, viúva do Rei D. João II, que fundou também as Misericórdias e outras obras de caridade. A Rainha era uma mulher infeliz. O irmão, o duque de Viseu, fora morto à punhalada pelo seu marido, El-Rei de Portugal, que mandara também matar, em Évora, o seu cunhado, o duque de Bragança. Seu filho e herdeiro do trono, o príncipe D. Afonso, morreu em Santarém, vítima de um acidente de cavalo. A rainha suportou ainda as infidelidades do marido mas, depois de ter ficado viúva, aos 37 anos, pensou em encerrar-se numa clausura onde pudesse terminar os seus dias, longe da Corte.
Depois da morte do Rei D. João II, D. Leonor adquiriu umas casas em Enxobregas, que pertenciam a D. Inês da Cunha, para ali edificar um Paço onde se pudesse entregar às devoções religiosas. As casas de D. Inês da Cunha, assim como os terrenos que as circundavam, eram conhecidas por “Conchas”, designação que se pensa ter tido origem no facto de ficarem à beira-rio.
A rainha D. Leonor mostrara sempre especial predileção pelo sítio de Xabregas, devido à proximidade do rio e à calma que naqueles locais havia e, por isso, ali mandou então construir um convento de freiras franciscanas, sob a égide de Nossa Senhora. As primeiras sete freiras, oriundas de Setúbal, entraram no mosteiro em junho de 1508 e, no mês seguinte, D. Martinho da Costa, Arcebispo de Lisboa, benzia a Igreja.
Para a escolha do nome que iria ter o convento, conta a tradição – descrita por Alberto Pimentel, em “Portugal Pittoresco Illustrado”, 1908 – que “entraram um dia no Paço de Lisboa dois moços, flamengos no traje, que pretendiam vender à Rainha uma linda imagem de Nossa Senhora, à qual, porventura, chamariam pelo seu mais belo e sublime título: Madre de Deus. Não podendo entender-se quanto ao preço, deixaram os flamengos a imagem em poder de D. Leonor, dizendo-lhe que em outro dia voltariam. Não voltaram mais. A Rainha, espantada do caso, que não podia explicar-se em pessoas que vinham a fazer negócio, e em tanto o estimavam, pôs a imagem na Capela Real e em suas mãos depositou as chaves do novo convento, cuja invocação estava descoberta desde essa hora: seria da Madre de Deus”. Um ano depois da fundação, a rainha D. Leonor colocava o mosteiro da Madre de Deus sob obediência da Ordem de S. Francisco.
O Paço, composto por um conjunto de vários edifícios, incluindo uma dependência conhecida como a “Casa da Rainha”, começava na Rua da Madre de Deus e prolongava-se até ao Largo do Marquês de Niza, estando integrado naquele conjunto o Mosteiro da Madre de Deus.
Em épocas posteriores, o Paço foi aumentado e calcula-se que no reinado de D. João III estivesse em obras de ampliação. Tal suposição, baseada em relatos históricos, assenta no facto do monarca ter vindo morar para Xabregas, nas casas de D. Francisco d’Eça, para fugir à peste que, entretanto, assolara Lisboa. A tese é defendida por Alberto Pimentel, mas o historiador Júlio de Castilho afirma desconhecer quais seriam as casas de D. Francisco d’Eça, em S. Bartolomeu.
Também se pensa que o Cardeal D. Henrique, em 1579, para fugir à mesma doença, se retirou para Enxobregas, de onde seguiu para Vila Franca e Salvaterra, passando por Almeirim.
Este Paço foi residência de Verão de D. João III e ali residiram, também, D. Catarina de Áustria e D. Sebastião.
Em 1640, na data da Restauração da Independência, o Paço serviu de prisão de Estado à duquesa de Mântua, Margarida de Sabóia, que chegara a Lisboa em 1635 como Vice-Rainha.
João IV, por desejo expresso da rainha D. Luísa de Gusmão, doou este Paço ou Palácio, à camareira-mor do Reino, a Condessa de Unhão – fidalgos que antecederam os Marqueses de Niza e mandaram reconstruir o palácio, onde fica a Casa Pia, no século XVIII.
Depois da morte de D. João Xavier de Teles de Menezes e Castro, V Conde de Unhão, casado com D. Maria José da Gama, Marquesa de Niza, a casa de Unhão ficou ligada à de Niza. D. Domingos da Gama, fidalgo boémio e de mãos largas, o último Marquês de Niza, caído em pobreza foi obrigado a vender a casa a um particular, em 1862.
Este particular, cujo nome não se tem conseguido apurar, teria em 1867 vendido a casa ao estado. E, por iniciativa da rainha D. Maria I, os imóveis foram adaptados, sendo ali instalado o Asilo D. Maria Pia, destinado a recolhimento e casa de correção de menores. Pouco tempo depois de entrar em funcionamento, supõe-se que em julho de 1867, um enorme incêndio destruiu praticamente todo o asilo, ficando apenas intacta a capela, de invocação de Nossa Senhora da Conceição.
Quando, em 1869, morreu a última freira clarista que habitava o Mosteiro da Madre de Deus, o edifício passou a integrar os imóveis do Asilo D. Maria Pia. Em 1928 o Asilo passou a chamar-se Escola Profissional D. Maria Pia, também conhecida por Casa Pia de Lisboa.
Acrescente-se que, no conjunto dos edifícios do Paço, designadamente em parte do que foi o Palácio dos Marqueses de Niza, esteve instalada a Escola Industrial Afonso Domingues, entre 1884 e 1956. A mais antiga escola industrial portuguesa foi, posteriormente, transferida para o local onde hoje se encontra, junto à Estrada de Marvila e em frente à Calçada do Duque de Lafões.
Alberto Pimentel defende ter sido no Paço de Xabregas que Gil Vicente representou o Auto da Sybilla Cassandra (1513), perante a infanta D. Beatriz, mãe de el-rei D. Manuel.
Hoje nada resta deste Paço Real que foi, originalmente, o primeiro prédio da Rua da Madre de Deus. No interior da atual Casa Pia de Lisboa encontram-se apenas alguns vestígios de arte, essencialmente azulejos que, contudo, não são anteriores ao século XVIII. Do mosteiro, que devido à traça modesta se julga ter sido de construção rápida, apenas existe a Igreja da Madre de Deus.