Iniciativa de caráter continuado e permanente, a FPI tem o objetivo de buscar a preservação e recuperação do São Francisco, diagnosticando danos ambientais, autuando infratores e prestando orientações que, em seu conjunto, possam não só salvaguardar o ecossistema da bacia, mas a própria saúde e segurança social das populações ribeirinhas e dos patrimônios natural e cultural dos municípios.