Os primeiros conflitos começaram após a recepção mista de Batman vs Superman, em 2016. Preocupado com a reação polarizada do público, o então chefe da Warner Kevin Tsujihara exigiu que o chefe criativo da DC Entertainment Geoff Johns, ou o chefe de produções do estúdio Jon Berg deveriam acompanhar as filmagens no set.
Ainda que a dupla estivesse lá “de babá”, segundo as palavras do Snyder, o diretor disse que essa vigilância não o incomodou muito. “Eles não eram ameaçadores. Simplesmente senti que as ideias que eles tinham, em que estavam tentando adicionar humor e coisas assim, não eram nada muito afrontoso”. Berg, por sua vez, afirmou que não amou esse período, mas que foi respeitoso com o diretor enquanto buscava um meio-termo. “Meu trabalho era tentar mediar um criador, cuja visão é instintivamente sombria, e um estúdio que achava, de forma certa ou errada, que os fãs queriam algo mais leve”.
Os problemas se agravaram em janeiro de 2017, quando Snyder mostrou seu primeiro corte para Kevin Tsujihara. O executivo citou alguns dos problemas da versão, sendo um deles a duração do filme, que deveria ter no máximo duas horas. Além de cortar muitas das partes leves do filme, essa ordem impactou diretamente o ritmo planejado pelo diretor. “Como eu conseguiria apresentar seis personagem e um alienígena com potencial para dominação mundial em duas horas? Quer dizer, eu posso fazer, pode ser feito. Claramente foi feito, mas eu não via como”.
De acordo com a reportagem, foi nesse momento em que Joss Whedon foi adicionado ao projeto. Diretor e roteirista de Os Vingadores, o cineasta foi contratado inicialmente para reescrever trechos de Liga da Justiça na época em que ainda trabalhava no já cancelado filme da Batgirl. Aos poucos, Whedon foi recebendo mais poder, chegando a regravar algumas cenas antes mesmo de Snyder se afastar do projeto.