Anos após do episódio em Canossa, a Igreja e um novo imperador do Sacro Império Romano, Henrique V, firmaram um acordo na cidade de Worms, na Alemanha. De acordo com o Édito de Worms, Henrique abriu mão de seu direito de nomear bispos. A partir daí, somente a Igreja poderia nomear bispos. Em troca, Henrique V manteve o direito de conceder terras e direitos políticos aos bispos.
O Édito de Worms confirmava a autoridade absoluta da Igreja em assuntos espirituais. Mas o acordo não determinou quem teria supremacia política. Durante muitos anos, os papas proclamavam que reis e imperadores deviam submeter-se ao seu poder. Os imperadores do Sacro Império Romano rejeitaram a exigência e tentaram controlar as prósperas cidades-estados no norte da Itália.
Nos anos 1154-1186, o Sacro Imperador Romano, Frederico I da Germânia, também conhecido como Frederico Barbarossa ("Barba Ruiva"), realizou seis expedições militares na Itália. Mas as cidades-estados italianas, que contavam com o apoio do Papa, foram capazes de resistir aos ataques, conseguindo, assim, enfraquecer o poder do imperador.
O poder do papado chegou ao ápice sob a liderança do Papa Inocêncio III (1198-1216). Ele proclamou que o Papa estava acima de todos os homens, tinha o direito de julgar todos eles, sem jamais poder ser julgado por outras pessoas. O Papa Inocêncio estabeleceu o papado como o centro da vida política europeia, intervindo nos assuntos de estado de qualquer reino.
A Igreja, liderada pelo Papa, lutou contra o que denominava de "heresia" - qualquer crença considerada "errada" pela Igreja. A heresia foi considerada o maior crime durante a Idade Média. A Igreja tentava convencer os "hereges" a desistirem de suas opiniões. Caso recusassem, seriam excomungados: expulsos da Igreja, abandonados pelos amigos e supostamente condenados eternamente.