A nova lei só foi entrar plenamente em vigor um ano após a sua promulgação, em 14 de maio de 1996, o que resultou no depósito de pedidos pipeline, que são aqueles destinados a garantir a concessão imediata de patentes brasileiras com a mesma vigência das patentes correspondentes no exterior, ainda em vigor, que reivindicavam invenções previamente não patenteáveis e ainda não exploradas no Brasil. De outra forma, tais invenções só seriam patenteáveis um ano mais tarde, com a entrada em pleno vigor da lei nova, desde que ainda preenchessem os requisitos básicos de novidade e atividade inventiva. As invenções em questão incluíam todos os produtos químicos, farmacêuticos e alimentícios e ainda seus respectivos processos de preparação. Foi exigida uma alta taxa oficial para tais depósitos. Embora a interpretação e a aplicação das disposições pipeline tenha resultado em diversos questionamentos na justiça, é fato que muitas patentes -a maioria no campo farmacêutico-foram concedidas a partir de pedidos que não tinham sido previamente depositados no Brasil, em razão das proibições contidas na legislação anterior.