A segunda fase da Reforma prevê o redimensionamento dos efetivos e a consolidação de um Sistema de Forças.
Durante a sua exposição ao Curso de Promoção a Oficial General, dedicada à atual política de Defesa Nacional, José Pedro Aguiar-Branco referiu que a segunda fase da reforma estrutural 2020, iniciada em maio, implicará "o redimensionamento dos efetivos, pressupondo a sua adequação a um esforço padrão, em termos de carreiras" e a "consolidação dos ganhos obtidos, através de um Sistema de Forças cuja operação encontre sustentabilidade em percentagens definidas".
O ministro da Defesa Nacional adiantou ainda que "já na próxima semana, serão apresentados em Conselho Superior de Defesa Nacional os projetos finais dos documentos estruturantes do planeamento estratégico". Também em breve, serão apresentados, pelas Chefias Militares, "o plano de redução do dispositivo territorial e o programa calendarizado da evolução do efetivo".
Relativamente à revisão da Lei da Defesa Nacional e da Lei Orgânica de Bases da Organização das Forças Armadas, atualmente "em processo de aprovação na Assembleia da República", o titular da pasta da Defesa Nacional considera que as mesmas são essenciais "para o êxito das restantes tarefas, designadamente, a racionalização das estruturas" (Ministério da Defesa Nacional, Estado-Maior General das Forças Armadas – EMGFA e Ramos), tendo ainda um impacto muito "positivo" na "capacidade de resposta militar".
O "reforço das competências do CEMGFA" (CEMGFA - Chefe do Estado-Maior General das Forças Armadas) são algumas das medidas previstas, enquanto "responsável pelo planeamento e implementação da estratégia militar operacional, tendo na sua dependência hierárquica os Chefes do Estado-Maior dos Ramos para as questões que envolvem a prontidão, o emprego e a sustentação das forças e meios". Este reforço de competências traduzir-se-á, ainda, na atribuição da responsabilidade sobre o "ensino superior" e o "sistema de saúde" militares. Estão também previstos, nos respetivos projetos de Lei, "a adaptação e a simplificação da estrutura do EMGFA" e o "realinhamento dos mecanismos de articulação e coordenação entre o EMGFA, Ramos e Serviços Centrais do Ministério".