Debaixo de seu comando na Funai estão três diretorias – Diretoria de Administração e Gestão, Diretoria de Promoção ao Desenvolvimento Sustentável e Diretoria de Proteção Territorial -, as quais respondem, cada uma delas, por cinco coordenações de áreas.
Essas diretorias também passaram por mudanças recentes. Em agosto, a Diretoria de Proteção Territorial foi assumida pela advogada Silmara Veiga de Souza, que já atuou em caso de contestação de demarcação de terra indígena. No fim do ano passado, Silmara atuou como advogada de clientes que contestam o procedimento administrativo de identificação e delimitação da terra indígena Ka’aguy Hovy, localizada no município de Iguape, no litoral sul de São Paulo. Pouco antes de assumir a Funai, ela deixou de atuar como advogada da causa.
Segundo uma fonte ouvida pela reportagem, as demissões no órgão estão sendo comunicadas sem nenhum tipo de diálogo com a presidência. Questionada sobre o assunto, a Funai declarou que “a exoneração de cargo em comissão e a dispensa de função de confiança é um ato discricionário da autoridade competente”. “É algo natural quando há renovação da presidência dentro de órgãos públicos, e, muitas das vezes necessário para que novas diretrizes de gestão sejam implementadas”, informou.