Não vejo nenhum tipo de problemas em realizar backups por exemplo no horário de almoço ou a cada 2 ou 3 horas, o SQL Server é uma ferramenta muito prático e inteligente para realização de backups.
Em relação ao desempenho não muito problemas, você poderia fazer um análise para dimensionar quais bases de dados poderiam ser backupeadas durante o expediente ou somente no horário de almoço.
Outra coisa, as vezes não é necessário realizar o backup de toda a base talvez de alguma parte, isso vai depender em muito da forma que você estruturou a sua base de dados.
Considere implementar backups de Log na sua política. Eles vão permitir que você volte em pontos específicos (mesmo que não haja um backup feito exatamente naquele momento).
Sinto que necessitarei da visita de um consultor um pouco mais experinente para realizar todos esse procedimentos e analises
Você poderia me indicar alguém, que cobre um preço justo, somos uma pequena empresa e não disposmos de grandes recursos.
Desculpe não sei se é antietico pedir isso no forum, mas o SQL é o coração da empresa e eu não posso "brincar" com esse cara.