O horto ainda oferece cursos/oficinas de jardinagem, paisagismo, arranjos com flores, cosmética com ervas medicinais, apicultura e piscicultura ornamental, entre outros, além de palestras, exposições, apresentações musicais e teatrais, lançamentos literários e uma feira de produtos orgânicos uma vez por semana.
No interior do horto há o Palácio Euclides da Cunha, sede do antigo sítio, abrigou a Escola Superior de Agricultura e Veterinária da União até a sua transferência para a praia Vermelha, no Rio de Janeiro e, depois, para Seropédica, já como Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Atualmente, além da Secretaria de Agricultura, abriga diversos órgãos e entidades estaduais, como a Empresa de Assistência Técnica e Extensão Rural - Emater, a Empresa de Pesquisa Agropecuária - Pesagro, a Empresa de Serviços de Insumos Básicos para a Agropecuária – Siagro e a Cooperativa Apícola - Coapi, bem como laboratórios de análise e de biologia animal.
As terras do atual Horto Botânico de Niterói faziam parte inicialmente da sesmaria concedida ao índio Araribóia datada em 1568. Posteriormente, passados aproximadamente cem anos, foram vendidas pelos jesuítas a particulares. Seu tamanho chegou a ser medido em 1891, alcançando uma área total de 387 mil metros quadrados. Tornou-se em 1905, patrimônio estadual por decisão judicial a partir da iniciativa do então Governador do Estado Nilo Peçanha.