A primeira manifestação clinicamente constatável pode ocorrer nos primeiros meses de vida, entretanto é mais comumente observada entre 10 e 20 anos de idade.
UAR menor: é a forma mais comum (85%). Aparece como ulceração única ou múltipla, superficial, de contorno arredondado, com diâmetro variável entre 2 e 10 mm (geralmente uma a quatro lesões), situando-se sempre na mucosa de revestimento ( áreas que estão sujeitas a movimentos como: ventre da língua, face interna dos lábios e bochechas, soalho da boca, vestíbulo). A reparação tecidual inicia-se entre quatro e sete dias a partir do aparecimento clínico da lesão e, em geral, completa-se entre 10 e 14 dias sem evidências de cicatrização.
UAR maior (Sutton): considerada como uma forma clínica mais agressiva da afta menor. Persiste de 3 a 8 semanas, evoluindo para a cicatrização e, em alguns casos, evidencia-se notável fibrose da mucosa bucal. Tem predileção para a mucosa móvel e o paciente sente dificuldades para comer, cicatrização é em torno de 6 semanas. É dolorosa e maior que 1 cm, possui um halo eritematoso.
UAR herptiforme: mais raras (5% dos casos), são ulcerações rasas, múltiplas, de pequeno diâmetro, cerca de 1 a 3 mm de diâmetro.