Dentre as desvantagens podemos citar que o sistema JIT não deve ser inserido em indústrias com pouca previsibilidade em demanda e que sofra com oscilações de mercado.
Sabemos que há empresas que precisam ter estoques maiores e que não podem trabalhar com o “estoque mínimo” ou “zero estoque”. Dessa forma, o conceito de Just in Time não é indicado às necessidades desse tipo de negócio que precisa de alto nível de suprimento.