Porém, é preciso destacar que, de acordo com vale-transporte CLT, o empregador não poderá descontar do salário do colaborador os 6% previsto na legislação mencionada anteriormente. Isso acontece porque a legislação não permite a substituição do vale-transporte por pagamento em dinheiro ou por outro benefício de qualquer espécie, mesmo que a verba seja utilizada no vale-combustível.
O pagamento das passagens em dinheiro é permitido somente quando acontecer falta de passagem da parte das empresas de ônibus do transporte público. Nesse caso específico, o funcionário paga pela passagem e deve ser reembolsado imediatamente na folha de pagamento.
Porém, nos casos previstos em acordo ou convenção coletiva de trabalho, o valor do benefício pode ser pago em dinheiro, como situação de exceção. Além disso, precisa constar nos lançamentos mensais da folha de pagamento. Assim, os respectivos valores não tem natureza salarial, nem se incorporam à remuneração para quaisquer efeitos.