O Diretor Pedagógico do Externato é nomeado pelo Patriarca de Lisboa e exerce, simultaneamente, as funções de gestor administrativo. O Diretor Pedagógico dirige a ação educativa e pastoral do Externato e é responsável pelas mesmas perante a Igreja Católica, o Ministério da Educação e Ciência e os demais organismos civis.
O Diretor Pedagógico, institui, como órgão consultivo e coadjuvante da sua ação, um Conselho de Direção. Compete a este conselho assessorar o Diretor nas suas funções, particularmente no que diz respeito: às atividades educativas curriculares e de desenvolvimento curricular; à aplicação das normas do Ministério da Educação; à definição e apreciação dos objetivos do Externato e, em geral, ao controlo permanente da qualidade do ensino.
O Diretor Pedagógico constitui a única instância de decisão e é da sua exclusiva competência a nomeação dos elementos do Conselho de Direção: o Diretor Pedagógico Adjunto, o Coordenador do Departamento de Psicologia e Educação Especial, o Coordenador do Ensino Profissionalizante e os Diretores de Ciclo.
Compete aos Diretores de Ciclo coordenar, animar, monitorizar e acompanhar as atividades educativas do ciclo de ensino que têm à sua responsabilidade.