A discussão sobre a autorização da agência para a realização das obras diretamente pela concessionária, em vez de incluí-las no leilão, também chegou ao Tribunal de Contas da União (TCU). Depois de pedir explicações para a agência sobre a decisão, a Corte de Contas analisa um pedido para retirar lotes do leilão. Juntos, os projetos somam investimentos de R$ 2,5 bilhões.