A cogestão das áreas protegidas concretiza o princípio de participação dos órgãos municipais na respetiva gestão, envolvendo também as instituições de ensino superior e outras entidades relevantes para a promoção do desenvolvimento sustentável das mesmas. As competências dos órgãos municipais são exercidas pelos municípios, podendo também sê-lo pelos órgãos competentes das entidades intermunicipais ou das associações de municípios com atribuições em territórios abrangidos por áreas protegidas.
No Algarve, os municípios com territórios integrados na Reserva Natural do Sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António e no Parque Natural da Ria Formosa delegaram na AMAL estas funções, competindo aos presidentes das autarquias a presidência das comissões.
Com este modelo pretende-se imprimir uma dinâmica de gestão de proximidade, em que diferentes entidades colocam ao serviço das áreas protegidas o que de melhor têm para oferecer no quadro das suas competências e atribuições, pondo em prática uma gestão participativa, colaborativa e articulada, especificamente nos domínios da promoção, sensibilização e comunicação dos valores naturais territoriais presentes.