O funcionamento e gestão do Fundo Azul são assegurados pelo:
Conselho de Gestão, é constituído pelo Diretor Geral de Política do Mar, que preside, e dois vogais designados pela Ministra do Mar, competindo-lhe a práticas de atos de administração e gestão do fundo.
Conselho Consultivo, é constituído por todas as entidades que financiam o Fundo e, por entidades públicas e privadas que atuem, de forma relevante, nas áreas de atuação do Fundo, e é a estrutura de consulta do Fundo Azul.
O controlo da legalidade e da regularidade da gestão do Fundo Azul são assegurados por um fiscal único, nomeado por despacho do Ministro das Finanças e da Ministra do Mar.
O apoio técnico e administrativo ao Fundo Azul é prestado por trabalhadores em regime de cedência de interesse público, e o apoio logístico é prestado pela DGPM.
A condução estratégica do Fundo Azul incumbe aos membros do Governo responsáveis pelas áreas das Finanças e do Mar, e concretiza-se através de orientações, gerais ou específicas, em qualquer domínio de intervenção do Fundo, sendo estas orientações vinculativas da atuação no quadro do respetivo Regulamento de Gestão do Fundo.
O plano anual de atividades é o instrumento de planeamento de afetação dos recursos do Fundo, que é elaborado pelo Conselho de Gestão, em articulação com o Conselho Consultivo, e remetido para aprovação pelos membros do Governo responsáveis pelas áreas das Finanças e do Mar.
O plano anual de atividades, após aprovação, é divulgado neste site, nos termos do n.º 2 do artigo 12.º do Regulamento de Gestão do Fundo Azul, aprovado pela Portaria n.º 344/2016, de 30 de dezembro.