A Igreja de Nossa Senhora da Piedade, que se liga ao hospital com o mesmo nome, pertence atualmente à Santa Casa da Misericórdia. Designa-se como Hospital da Santa Casa da Misericórdia de Beja, ou de Nossa Senhora da Piedade.
É atribuída a construção deste hospital a D. Manuel, com o início das obras a realizarem-se em 1490. No entanto na verdade a origem deu-se ainda no reinado de seu pai D. Fernando, Duque de Beja. Este determinou em 1469 a constituição de um edifício para poder receber os doentes e peregrinos, conhecido segundo indicações como Hospital da Trindade.
Entretanto, com a morte de D. Fernando as obras foram interrompidas e só no final do século é que o projeto da construção seria retomado por D. Manuel, prolongando-se até às duas primeiras décadas do século XVI.
A este edifício já resta muito pouco do gótico e do manuelino, limitando-se ao gótico os claustros, os melhores exemplos da arquitetura nacional de arcos quebrados apesar de uma reformulação que se deu no século XVIII na ala norte, em que foi acrescentado um segundo piso.
Quanto ao manuelino, limita-se à portaria em que integra uma abóbada de dois tramos e o escudo com a esfera armilar e a Cruz da Ordem de Cristo. A enfermaria apresenta-se com a sua dupla nave com seis tramos.
Em 1554, ano em que o edifício foi transferido para a alçada da Misericórdia de Beja, viria a sofrer sucessivas obras de reformas e atualizações do edifício.
Mas a atual imagem foi graças à Rainha D. Maria I que, nos finais do século XVIII, empreendeu uma grande reforma ao edifício, nomeadamente na fachada principal do hospital e no piso superior.