Sabendo que o 49ers planejava cortá-lo, Kaepernick optou por cancelar seu contrato com o clube, no segundo trimestre de 2017. Quando nenhum outro clube o contratou, os principais executivos de marketing da Nike perceberam que não tinham ideia do que fazer com ele: Kaepernick não tinha clube, e por isso a empresa não podia vender uniformes e equipamento esportivo de times contendo o nome dele.
Em outubro, Kaepernick abriu um processo contra a NFL, acusando os proprietários de clubes da liga de conluio para mantê-lo afastado do esporte. Os executivos da equipe de marketing esportivo da Nike não entendiam a situação, e decidiram encerrar o contrato da empresa com ele, de acordo com um ex-empregado da Nike, que pediu que seu nome não fosse mencionado porque assinou um acordo de confidencialidade.
Mas Nigel Powell, o veterano vice-presidente de comunicações da Nike, “ficou furioso” ao saber da decisão, disse o ex-funcionário.
Powell argumentou que a Nike enfrentaria reações adversas na mídia e dos consumidores, se terminasse vista como alinhada à NFL e não a Kaepernick. E a Nike, como a maioria dos fabricantes de roupas e material esportivo, busca desesperadamente atrair o público urbano jovem, que parecia admirar Kaepernick cada vez mais. Os torcedores mais velhos da NFL, majoritariamente brancos e irritados com a liga por conta dos protestos, não são prioridade para essas empresas, de acordo com analistas.
Wilkins, o porta-voz da Nike, se recusou a descrever quem apoiou que lado, no debate sobre Kaepernick entre os executivos da empresa, afirmando apenas que o protocolo da companhia envolve discussões, compartilhamento de opiniões e depois decisão coletiva.
Powell saiu vitorioso, e Kaepernick ficou na Nike, com um contrato que expiraria no começo de 2019. Mas a imagem dele continuou a não ser usada na publicidade da empresa, e seu nome não estava em qualquer peça produzida pela companhia, mesmo que a estatura dele no campo dos direitos civis estivesse crescendo. A revista GQ escolheu Kaepernick como seu Cidadão do Ano, e organizações como a Anistia Internacional e a União Americana pelas Liberdades Civis o homenagearam.
Embora Wilkins tenha afirmado que os contratos de patrocínio não garantem presença do atleta em campanhas ou produtos, os advogados de Kaepernick discordaram. Encorajaram a empresa a começar a cumprir suas obrigações contratuais para com o atleta. A equipe dele também pediu que a renovação do contrato de Kaepernick começasse a ser negociada.
Os contratos de Kaepernick para o livro e programa de TV mostravam que ainda existia mercado para ele. O presidente da divisão norte-americana da Adidas declarou em abril que poderia estar interessado em contratar o ex-quarterback.