A reação ao seu desmascaramento foi diversificada. Entre os com reação negativa estava Jameson (o qual desmaiou ao assistir a transmissão, e começou a "repudiar" Peter, tendo visto ele como um filho ao longo dos anos) e Liz Allan (a qual culpou Peter por causar tanto sofrimento em suas vidas).[141]
No entanto, a luta contra os heróis fugitivos, a existência do Clone de Thor e uma prisão para os heróis não registrados na Zona Negativa criada pelo Homem de Ferro deixou Peter com um mau pressentimento, e ele até mesmo descobriu que o Homem de Ferro estava o rastreando a Armadura Aranha de Ferro. Isso fez com que ele tirasse a Tia May e MJ para fora da Torre e as escondesse.[142][143] Ele confrontou Stark, o qual rapidamente sobrepôs o comando da sua armadura, mas Peter então sobrepôs o comando de Star e escapou.[144] Em retaliação, Maria Hill enviou o Thunderbolts pró-registro, um grupo de vilões registrados, atrás dele.[145] Durante a perseguição através dos esgotos, ele é atacado pelo Polichinelo e Halloween. Eles espancaram o Homem-Aranha, mas antes que eles pudessem capturá-lo, o Justiceiro os matou e levou Peter para o esconderijo dos Vingadores Secretos.[146] Depois de ingressar na equipe e se reunir com sua esposa e tia, o Homem-Aranha interrompeu um noticiário, anunciando o seu erro de ter se registrado, dando sua fidelidade aos anti-registro e dando uma descrição da prisão na Zona Negativa. O Homem-Aranha foi um dos poucos heróis que não aceitaram a amnistia geral após a prisão e morte do Capitão América, continuando a trabalhar com os Novos Vingadores no subterrâneo.[147][148]
Peter ficou muito afetado pela morte do Capitão América, até mesmo se culpando pela morte dele, apesar de não estar presente no momento do disparo. Depois de um encontro com Rino e receber as condolências do Wolverine, o Homem-Aranha assistiu o funeral do Capitão na TV com os Novos Vingadores. Quando a equipe discutiu por que eles não foram no enterro, o Homem-Aranha disse que eles não podiam arriscar ser presos por Tony Stark no local.[149]
A identidade agora pública de Peter permitiu que o Rei do Crime colocasse um assassino atrás da família de Parker. Seu atirador disparou contra ele em seu apartamento. Peter salvou Mary Jane, mas a bala acabou atingindo a Tia May.[150] Ele levou sua tia para um hospital, onde ela entrou em coma. Rastreando a arma do atirador até um armazém cheio de traficantes de armas, ele violentamente espancou todos e obteve os nomes dos negociantes que traficaram essas armas. Peter vestiu uma versão de pano do seu traje preto para encontrar os responsáveis ​​por ferir sua família. Obtendo o nome do atirador com os vendedores de armas, ele o localizou e o espancou, mas o atirador acabou sendo morto por outro assassino. Ele encontrou o assassino falando com Fisk no celular. Peter o leva até uma tubulação de esgoto, o espanca e diz a ele para falar a todos para ficarem longe de sua família. Ele chega na Ilha Ryker durante um motim liderado pelo Rei do Crime confrontá-lo. O Homem-Aranha espanca selvagemente o chefão do crime e zomba dele por sua falta de poderes reais. Ele diz a Fisk que depois de sua tia morrer, ele irá matá-lo e ameaça os outros detentos, dizendo que ele irá matá-los todos lenta e dolorosamente, se eles chegarem a ferir a sua família, antes de sair.[151]
O Homem-Aranha também confrontou Ero, a qual estava se passando pela enfermeira "Senhorita Arrow" em Midtown High e havia capturado Flash Thompson, planejando usá-lo para chocar seus ovos. Eles começaram a lutar usando seus ferrões, mas Ero conseguiu lhe acertar no ombro, paralisando-o. Ela decide colocar seus ovos dentro de Peter, em vez de Flash. O Homem-Aranha acabou sendo salvo por Betty Brant, a qual atirou no saco de ovos com uma espingarda. Ero tentou fugir, mas o Homem-Aranha a atraiu para um aviário, onde ela foi devorada por centenas de aves. O Homem-Aranha então pisou na última aranha restante.[138]