Na passagem do século XVIII para o século XIX, a Santa Casa da Misericórdia de Vila Real tinha duas realidades patrimoniais bem definidas: a sua Igreja, com a Casa do Despacho, e o Hospital da Divina Providência, sobre o qual falaremos mais adiante.
Também ao longo do século XIX, o conjunto constituído pela Igreja e Casa do Despacho, estruturado como vimos nos séculos anteriores, não sofreu grandes obras, excepto aquelas que foram necessárias para a sua conservação ou algum melhoramento. As notícias que nos chegaram permitem apenas conhecer as peças que foram adquiridas ou consertadas no mesmo período.
O primeiro documento mais importante de Oitocentos é um inventário, datado de 1806, que dá conta do património móvel que existia na igreja e casa do despacho. Este inventário, devido ao ano em que foi feito, dá-nos a imagem não só do que existia no ano da sua execução, mas também do património herdado das centúrias anteriores, sendo principalmente relevante para o conhecimento do que existiria no século XVIII, já que pouco ou nada se alterou, desde os finais de Setecentos até ao ano da sua feitura, em 1806.
Da sua leitura queremos realçar algumas peças. Em primeiro lugar, as imagens num total de onze, das quais três eram de vestir, os seis crucifixos, e as pratas, que não sendo em grande número, representavam um conjunto importante para uma instituição como a Santa Casa da Misericórdia. Dos ornamentos inventariados, o mais rico era um de seda roxa, e temos ainda conhecimento da existência de quatro bandeiras (a da Irmandade, da segunda Ordem, a do enterro dos pobres e a da insígnia da Confraria), e de sete painéis dos Passos. Entre o mobiliário civil, queremos salientar: a mesa grande redonda da casa do despacho, forrada de pano verde, como era costume; os quatro bancos de encosto com as armas reais; os quatro mochos de moscóvia e os dois de couro. O inventário permite também sabermos que no interior da igreja, em 1806 existiam três confessionários.
A Santa Casa da Misericórdia, tendo como a grande obra, ao longo de todo o século XIX, o Hospital da Divina Providência, não vai fazer, como já referimos, grandes alterações na Igreja / Casa do Despacho.
No século XX, a grande obra no edifício da Santa Casa da Misericórdia vai ser feita nos finais da centúria, numa intervenção que alterou a sua fachada (eliminação das duas janelas) e principalmente o seu interior. Destas obras lembramos: a supressão do coro e de parte da escada que lhe dava acesso; a retirada de alguns retábulos; e a nova cobertura de madeira do corpo da igreja, em substituição da anterior "em abóbada revestida a estuque". Além das intervenções referidas outras foram feitas, entre as quais, a colocação do altar-mor em madeira de castanho e de um guarda-vento de castanho.