Foi mencionado pelos primeiros padres da Igreja Católica (como Justino em 160 d.C.) como um líder espiritual do primeiro século da nossa era: “Se Deus é Construtor e Mestre da Criação, como os objetos consagrados de Apolônio têm poder nas ordens da Criação? Pois, como podemos ver, controlam a fúria das ondas e o poder dos ventos, os meandros dos vermes e os ataques de animais selvagens”. São Jerônimo (331-420) chegou a contar uma longa história sobre uma certa luta, travada entre Apolônio e São João, que foi uma verdadeira competição de milagres. Ele descreve minuciosamente a “derrota” de Apolônio.
O primeiro historiador da Igreja Cristã, Eusébio de Cesaréia (263-339), em carta a Hiérocles, admitiu que Apolônio era um homem sábio e virtuoso, mas que não havia provas suficientes de seus feitos (veja Contra Hieroclem) e que, se verdadeiros, não fossem obra do “demônio”. A partir de então a Igreja Cristã passou, com algumas exceções, a associar a sua imagem a um anticristo pagão. Surgiu uma “luta” de Jesus contra Apolônio, na qual Apolônio teria que ser massacrado e esquecido, pois a nova crença não era compatível com dois líderes espirituais similares.
Assim a circulação de suas biografias (inúmeras) foi evitada. Após o Concílio de Nicéia (325 d.C.), em que foram designados quais os escritos eram canônicos, começou a perseguição de todos os escritos que a partir de então foram considerados apócrifos. A sua famosa biografia, feita a mando da mãe do Imperador Caracalla por Flavius Filostratus (Filostrato) em 216 d.C., é raríssima. Ela, Domina Julia, reuniu inúmeros manuscritos sobre Apolônio e, junto com o diário de seu discípulo Damis, deu-os a Filostrato. Preservada secretamente pelos árabes, após a queima da Biblioteca de Alexandria, a obra de Filostrato foi por eles liberada ao mundo ocidental através de sua tradução ao latim, em 1.501. Os dois primeiros manuscritos de Filostrato, publicados em inglês (1.680), foram rapidamente condenados pela Igreja que se prontificou a queimar tantas cópias quantas aparecessem. A única tradução completa para o inglês, feita por E. Berwick em 1.809, foi queimada e perseguida pela Igreja Cristã.