O Programa de Pós-graduação Stricto sensu em Biologia Computacional e Sistemas do Instituto Oswaldo Cruz (PGBCS/IOC/Fiocruz), por intermédio de seu corpo docente, possui convênios formais ou informais com diversas instituições de ensino e pesquisa do país e do exterior, sendo Estados Unidos, França, Alemanha e Inglaterra os países com colaborações mais frequentes. Essas parceiras são traduzidas em visitas, cursos, seminários, co-orientação de pós-graduandos e estágios em seus laboratórios no exterior. A PGBCS compartilha disciplinas oferecidas para os diferentes cursos de Pós-graduação do IOC e de outras instituições, como o Instituto Luiz Alerto Coimbra de Pós-graduação em Engenharia (COPPE/UFRJ).
Em âmbito nacional, o Programa contribui ativamente nas atividades do Polo de Biologia Computacional e de Sistemas da Fiocruz. Além disso, estabeleceu uma parceria, iniciada em 2011, com o Programa de Pós-graduação Stricto sensu em Bioinformática da Universidade Federal Minas Geral (UFMG), conceito 6 junto à Capes, através do Programa Nacional de Cooperação Acadêmica (Casadinho/Procad) da Capes, por meio do projeto 'Rede colaborativa em biologia computacional e sistemas para estudos em genômica funcional, métodos quantitativos e bioinformática estrutural', que entrou em funcionamento em 2012.
Neste mesmo ano, foi firmado um convênio entre o IOC e o Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Acre (IFAC), com o objetivo de promover a formação e capacitação de servidores do Instituto. Cabe, ainda, citar as diversas participações de discentes e docentes em eventos e cursos nacionais e internacionais.
O Programa cada vez mais está se inserido no contexto internacional através do estabelecimento de parcerias, do recebimento de pesquisadores visitantes por intermédio do Programa Professor Visitante do Exterior da Capes e do envio de alunos ao exterior, através do Programa Ciência sem Fronteiras do CNPq.
Em 2013, uma importante iniciativa de cooperação internacional foi firmada entre a Fiocruz e a Universidade Drexel, na Filadélfia, Estados Unidos. Essa cooperação nasceu do interesse mútuo entre o Programa de Pós-graduação da Escola de Engenharia Biomédica e Ciência e Sistemas da Saúde da Universidade Drexel e o PGBCS em estabelecer um curso de doutorado coordenado por ambos os Programas, através da realização de disciplinas e pesquisa nas duas instituições. O objetivo é obter o título de doutorado de cada instituição através do cumprimento de requisitos e satisfação dos padrões de qualidade dos dois Programas.
Atualmente, o programa está inserido no Convênio CAPES-FIOCRUZ Brasil Sem Miséria, com o projeto associado intitulado "Sequenciamento genômico de isolados de Mycobacterium tuberculosis por tecnologia de nova geração e suas aplicações no potencial controle da tuberculose associado à superação da pobreza no Brasil. Adicionalmente, egressos do Programa desenvolvem projetos focados na erradicação da oncocercose na Amazônia, envolvendo a colaboração com o Centro Leônidas e Maria Deane FIOCRUZ, Manaus, AM.
Em uma perspectiva de diálogo e de aproximação com a sociedade, o projeto "IOC de Portas Abertas" começou a ser estruturado. A proposta é aproximar estudantes do Ensino Fundamental e do Ensino Médio das atividades científicas do Instituto.
O evento Fiocruz Para você, que acontece com periodicidade anual, abre a Campanha Nacional de Vacinação contra a Poliomielite para a população em geral. Além da vacinação, os programas de pós-graduação se envolvem em mais de 70 atividades gratuitas de divulgação científica e promoção da saúde, como oficinas, exposições, feira de ciências, música, dança e brincadeiras.
Em mais uma perspectiva aproximação e difusão do conhecimento para a sociedade, o curso "Saúde Comunitária: Uma Construção de Todos" chegou à 6ª edição em 2015, realizado no campus da Fiocruz em Manguinhos e contou com a participação de 70 alunos. A iniciativa, promovida gratuitamente pelo Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), buscou oferecer aos moradores, agentes de saúde e professores dos bairros vizinhos ao campus da Fiocruz, em Manguinhos e em Jacarepaguá, a oportunidade de aprender sobre temas de relevância como habitação, nutrição, água, lixo, dengue e doenças sexualmente transmissíveis. Em geral, foram abordados conhecimentos teóricos adequados à realidade dos participantes, com temas construídos a partir do levantamento das características sociais, históricas e epidemiológicas dos territórios. Durante o curso, os alunos desenvolveram miniprojetos em suas comunidades sobre temas específicos e ao término dele apresentaram os resultados de suas ações perante um grupo avaliador de docentes do IOC selecionados pela equipe organizadora.