A história de Nossa Senhora da Conceição Aparecida tem seu início pelos meados de 1717, quando chegou a notícia de que o Conde de Assumar, D.Pedro de Almeida e Portugal , Governador da Província de São Paulo e Minas Gerais, iria passar pela Vila de Guaratinguetá, a caminho de Vila Rica, hoje cidade de Ouro Preto – MG. Convocado pela Câmara de Guaratinguetá, os pescadores Domingos Garcia, Filipe Pedroso e João Alves saíram a procura de peixes no Rio Paraíba. Desceram o rio e nada conseguiram. Depois de muitas tentativas sem sucesso, chegaram ao Porto Itaguaçu.
João Alves lançou a rede nas águas e apanhou o corpo de uma imagem de Nossa Senhora da Conceição sem a cabeça. Lançou novamente a rede e apanhou a cabeça da mesma imagem. Daí em diante os peixes chegaram em abundância para os três humildes pescadores. Durante 15 anos seguidos, a imagem ficou com a família de Felipe Pedroso, que a levou para casa, onde as pessoas da vizinhança se reuniam para rezar.
A devoção foi crescendo no meio do povo e muitas graças foram alcançadas por aqueles que rezavam diante a imagem. A família construiu um oratório, que logo tornou-se pequeno. Por volta de 1734, o Vigário de Guaratinguetá construiu uma Capela no alto do Morro dos Coqueiros, aberta à visitação pública. Em 1834 foi iniciada a construção de uma igreja maior (atual Basílica Velha).
A Imagem de Nossa Senhora da Conceição Aparecida, pescada no rio Paraíba na segunda quinzena de outubro de 1717, feita de argila, que depois de modelada, é cozida em forno apropriado, medindo 40 centímetros de altura. A cor acanelada com que, hoje, é conhecida , deve-se ao fato de ter sido exposta, durante anos, ao picumã das chamas das velas e dos candeeiros. Com o passar do tempo, a devoção a Nossa Senhora da Conceição Aparecida foi crescendo e o número de romeiros foi aumentando cada vez mais. A primeira Basílica tornou-se pequena.
Era necessário a construção de outro templo, bem maior, que pudesse acomodar tantos romeiros. Por iniciativa dos missionários Redentoristas e dos Senhores Bispos, teve início em 11 de Novembro de 1955 a construção de uma outra igreja, atual Basílica Nova, o ‘maior Santuário Mariano do mundo’. Em 1980, ainda em construção, foi consagrada pelo Papa João Paulo II e recebeu o título de Basílica Menor. Em 1984, a Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB) declarou oficialmente a Basílica de Aparecida Santuário Nacional.