Começou, então, um período de dois árduos anos de luta para conquistar a permissão paterna de abandonar tudo e seguir a Cristo. Foi a mais dura – e talvez a mais gloriosa – fase de sua vida. Essa luta encerrou-se com um episódio comovedor: certo dia o marquês, olhando pelo buraco da fechadura do quarto de seu filho, viu-o ajoelhado e se flagelando. Só então dobrou-se e lhe deu a tão almejada autorização.
“Que alegria quando me vieram dizer: vamos subir à casa do Senhor!” (Sl 121, 1). Chancelada pelo imperador a renúncia pública a seus direitos de filho primogênito, entrou Luís no noviciado da Companhia de Jesus, em Roma. Em todos os lugares por onde passou, o nobre religioso deixou atrás de si o suave aroma de suas virtudes. Despojou-se de tudo quanto podia lembrar sua antiga condição, buscando para si as humilhações e o último lugar. Chegava a enrubescer de vergonha ao ouvir elogios à nobreza de sua família.
Os noviços disputavam lugar a seu lado nas horas de recreação, pelo prazer de participar de suas elevadas conversas. E consideravam seus objetos pessoais como verdadeiras relíquias. No estudo de Filosofia e Teologia, mostrou-se tão sábio que defendeu, com aplausos, uma tese diante de três Cardeais e outras autoridades. Vendo seus superiores o valor da joia que tinham em mãos e, ao mesmo tempo, a fragilidade de sua saúde, multiplicaram os desvelos por ele. Recorreram em vão a uma mudança de ares, na esperança de que lhe faria bem. À vista do insucesso dessa terapêutica, o Padre Reitor deu-lhe ordem de, por um determinado período, não se deter em pensamentos elevados, pois talvez estes o estivessem prejudicando…
Permitiu a Providência esse equívoco para fazer brilhar mais ainda as qualidades de alma daquele “anjo”. Dessa vez a obediência, por ele tão amada, custou-lhe grandes esforços: sair de seu constante estado de oração – confessou a um de seus companheiros – era um enorme tormento, pois, mal se distraía, seu pensamento voava para a consideração dos mistérios divinos.