O CEAAI visa fomentar uma maior articulação e sinergia entre as instituições de ensino e investigação envolvidas e as empresas por forma a responder às necessidades e oportunidades concretas assinaladas pelo tecido empresarial dos sectores agrícola e agro-industrial. Pretende-se assim criar uma estrutura que permita aumentar a capacidade de resposta do sistema de I&D&I às necessidades dos sectores alvo, enquanto catalisa o trabalho em rede entre os principais actores das fileiras agrícola e agro-industrial, visando sempre a melhoria contínua das acções de transferência de conhecimento e a promoção da inovação.
Apoiar a produção e a agro-indústria, respondendo aos desafios emergentes que as empresas enfrentam, quer ao nível do desenvolvimento de novos produtos quer de implementação de novas tecnologias e processos de produção;
Apoiar a formação técnico-profissional, universitária e pós-graduada, em estreita colaboração com as entidades do SCTN e do sector empresarial;
Estimular as relações institucionais entre empresas e entidades do SCT nacionais e internacionais para a criação de parcerias em projectos I&DT e para a promoção da capacidade de endogeneização do conhecimento e de incorporação das novas tecnologias geradas.