Mico leão cara preta, Muriquis, Jaguatirica (extinção), Bugio, Tatu peludo, Gato do mato, Mico leão dourado (extinção), Tatu canastra (extinção), Sagui da serra, Ouriço preto, Lontra, Macaco prego, Rato do mato e o Veado campeiro.
Das mais de 300 espécies de répteis do local, aproximadamente 95 são endêmicas. Cerca de metade das quase 20 espécies de serpentes do gênero Bothrops presentes são endêmicas.
Cinco das espécies de tartarugas marinhas do mundo são conhecidas das águas brasileiras. A tartaruga-vulnerável ( Caretta caretta ), a verde ameaçada ( Chelonia mydas ), a pêra criticamente ameaçada ( Eretmochelys imbricata ), a pele vulnerável ( Dermochelys coriacea ) e o olival vulnerável ( Lepidochelys olivacea ).
Os recifes de Abrolhos, na costa do sul da Bahia, são importantes áreas de alimentação para os três primeiros.
Répteis da Mata Atlântica estão o Jacaré (do papo amarelo), Jabuti, Iguana, teiú, Calango e entre as cobras estão a Cobra coral verdadeira, cobra coral, jibóia, jararaca.
A diversidade de anfíbios é muito alta na Mata Atlântica. Com mais de 450 espécies registradas, das quais mais da metade são endêmicas.
Quinze gêneros e uma família inteira – os Brachycephalidae , com seis espécies do gênero Brachycephalus – são endêmicos.