O Soviete não havia conquistado pleno poder na cidade. Era ainda desafiado pela Duma da cidade e os socialistas moderados convocavam o retorno a um governo de coalizão de todas as classes.
Não havendo grupo nenhum no controle da cidade e com a desintegração do governo por todo o país, uma sensação de crise caiu sobre Baku. Os soldados começaram a bater em retirada, fugindo do front caucasiano e abrindo caminho para a invasão otomana.
As eleições nacionais nos últimos meses de 1917 demonstravam o crescente poder da identificação étnica. Os Mencheviques georgianos venceram de maneira esmagadora nas províncias da Geórgia, enquanto o principal partido muçulmano, o Musavat, bem como os Dashnaks, dos armênios, venceram com folga em Baku e nos arredores. A revolução no sul do Cáucaso estava se transformando de um embate de classes em um conflito étnico e religioso.
Não havendo qualquer Exército russo entre elas e o império otomano, as comunidades armênias, georgianas e muçulmanas de Baku começaram a formar suas próprias milícias. Com atraso, o Soviete formou sua Guarda Vermelha multinacional.
Os muçulmanos desarmaram soldados desertores e, num confronto singularmente trágico em Shamkhor, em janeiro de 1918, eles mataram milhares de russos. Esse evento demonstrou que os muçulmanos detinham a força militar mais efetiva da região, enquanto os otomanos, seus aliados em potencial, começaram a se deslocar para a fronteira de antes da guerra. Apesar do esforço de Shahumian para organizar uma revolução pacífica, eram os homens em armas que em breve decidiriam quem governaria Baku.
Dentro dos limites da cidade, as forças armênias e os muçulmanos haviam superado a Guarda Vermelha. As forças do Soviete formaram uma aliança tática com os Dashnaks contra os muçulmanos, que para muitos pareciam uma ameaça contrarrevolucionária.
Shahumian estava agora diante do conflito armado em três frentes: contra as forças anti-soviete dentro de Baku; em Tiflis, onde os Mencheviques haviam declarado a independência do Cáucaso sul da Rússia Bolchevique; e em Elizavetpol, uma cidade essencialmente muçulmana onde o confronto armado impedia a chegada de comida a Baku.
Quando, no final de março, um barco aportou com a Divisão de Ataque Muçulmana a bordo, a cidade explodiu em guerra. O Soviete e as forças armênias enfrentam a população muçulmana na cidade, e a Guarda Vermelha volta sua artilharia para o bairro muçulmano. O que havia começado como um conflito muçulmanos-Soviete se transformou em um massacre anti-muçulmano indiscriminado.
Ao final da batalha, os muçulmanos fugiram da cidade e os armênios protestaram afirmando que o Soviete havia tratado os muçulmanos com muita clemência. Os Bolcheviques sofreram com essas consequências, mas podiam exaltar que a cidade agora estava em suas mãos. “Nossa influência, a dos Bolcheviques, foi grande antes, mas agora nós somos os chefes da situação no sentido mais amplo do termo”, era o informe de Shahumian a Moscou.
Embora o poder do Soviete dependesse dos Dashnaks armados, os Bolcheviques de Baku formaram um novo governo composto apenas por seus membros e por SRs que os apoiavam, excluindo os SRs de direita, Mencheviques e Dashnaks. A Comuna Baku, com seu próprio Conselho de Comissários do Povo (Sovnarkom) e Comissariado de Assuntos Externos, estava agora em posição para transformar radicalmente a vida em Baku.