Ao todo, 3.327 cursos de 95 universidades e institutos públicos usarão o sistema para ingresso. São 42 universidades federais, 13 instituições estaduais e 39 institutos federais de educação profissional, além da Escola Nacional de Ciências Estatísticas, administrada pelo Instituto Brasileiro de Geografia e Estatísticas (IBGE).
As regiões com mais oportunidades são o Nordeste e Sudeste, que oferecem respectivamente 34,66% e 33,09% das vagas. Menos de 5% das vagas estão no Norte; 12,88%, no Centro-Oeste e 14,5%, no Sul. Minas Gerais e Rio de Janeiro são os Estados com o maior número de instituições participantes: 15 em cada. Nenhuma instituição do Distrito Federal aderiu a esta edição do Sisu.
Os estudantes interessados em concorrer às vagas deverão acessar o sistema entre 7 e 12 deste mês, se cadastrar informando o número de inscrição e senha do Enem 2011 e escolher duas opções de curso, indicando a sua prioridade. Diariamente, o sistema divulgará a nota de corte preliminar de cada curso com base na nota do Enem dos candidatos que pleiteiam as vagas. Durante esse período, o participante pode alterar essas opções se achar que tem mais chances de ser aprovado em outro curso ou instituição. Porém, experiências anteriores, mostram que a nota de corte da primeira chamada tende a cair significativamente.
Haverá duas etapas conforme quadro abaixo. Após as duas etapas, caso ainda haja vagas disponíveis, o sistema gera uma lista de espera que será disponibilizadas para as instituições de ensino preencherem as vagas remanescentes. O candidato interessado em participar dessa lista deverá pedir a inclusão entre 26 de janeiro e 1° de fevereiro.
Somente os estudantes que participaram da última edição do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem) podem se candidatar às vagas pelo sistema.