A chave "HKLM\SECURITY" geralmente aparece vazia para a maioria dos usuários (a menos que seja concedido acesso por usuários com privilégios administrativos) e está vinculada ao banco de dados de segurança do domínio no qual o usuário atual está conectado (se o usuário estiver conectado no domínio do sistema local, essa chave será vinculada à seção de registro armazenada pela máquina local e gerenciada pelos administradores do sistema local ou pela conta interna "Sistema" e por instaladores do Windows). O kernel irá acessá-lo para ler e aplicar a política de segurança aplicável ao usuário atual e a todos os aplicativos ou operações executados por esse usuário. Ele também contém uma sub-chave "SAM" que é dinamicamente vinculada ao banco de dados SAM do domínio no qual o usuário atual está logado.
A chave "HKLM\SYSTEM" normalmente só pode ser gravada por usuários com privilégios administrativos no sistema local. Ele contém informações sobre a configuração do sistema Windows, dados do gerador de número aleatório (random number generator - RNG) seguro, a lista de dispositivos montados atualmente contendo um sistema de arquivos, vários "HKLM\SYSTEM\Control Sets" numerados contendo configurações alternativas para drivers de hardware do sistema e serviços em execução no sistema local (incluindo o usado atualmente e um backup), uma sub-chave "HKLM\SYSTEM\Select" contendo o estado desses Conjuntos de Controle (Control Sets) e um "HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet" que é dinamicamente vinculado no momento da inicialização ao Conjunto de Controle atualmente usado no sistema local. Cada Conjunto de Controles configurado contém:
uma sub-chave "Enum" enumerando todos os dispositivos Plug-and-Play conhecidos e associando-os a drivers de sistema instalados (e armazenando as configurações específicas de dispositivo desses drivers),
uma sub-chave "Services" listando todos os drivers de sistema instalados (com configuração não específica do dispositivo e a enumeração de dispositivos para os quais são instanciados) e todos os programas em execução como serviços (como e quando podem ser iniciados automaticamente),
uma sub-chave "Control" que organiza os vários drivers de hardware e programas em execução como serviços e toda a configuração de todo o sistema,
uma sub-chave "Hardware Profiles" que enumera os vários perfis que foram ajustados (cada um com as configurações "System" ou "Software" usadas para modificar o perfil padrão, nos drivers e serviços do sistema ou nos aplicativos), bem como a sub-chave "Hardware Profiles\Current" que é dinamicamente vinculada a um desses perfis.
A sub-chave "HKLM\SOFTWARE" contém o software e as configurações do Windows (no perfil de hardware padrão). Ela é modificada principalmente por instaladores de aplicativos e sistemas. Ela é organizada pelo fornecedor do software (com uma sub-chave para cada um), mas também contém uma sub-chave "Windows" para algumas configurações da interface do usuário do Windows, uma sub-chave "Classes" contendo todas as associações registradas de extensões de arquivo, tipos MIME, IDs de Classes de Objetos e ID de interfaces (para OLE, COM / DCOM e ActiveX), para os aplicativos instalados ou DLLs que podem estar manipulando esses tipos na máquina local (no entanto, essas associações são configuráveis para cada usuário, veja abaixo) e uma sub-chave "Policies" (também organizada pelo fornecedor) para impor políticas de uso geral em aplicativos e serviços do sistema (incluindo o armazenamento central de certificados usado para autenticar, autorizar ou desaprovar sistemas remotos ou serviços em execução fora do domínio de rede local).
HKEY_CURRENT_CONFIG, ou abreviadamente HKCC, contém informações reunidas no tempo de execução. As informações armazenadas nessa chave não são armazenadas permanentemente no disco, mas sim geradas novamente no momento da inicialização. É um identificador para a chave "HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Hardware Profiles\Current", que é inicialmente vazia, mas preenchida no momento da inicialização, carregando uma das outras sub-chaves armazenadas em "HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Hardware Profiles".
HKEY_CLASSES_ROOT, ou abreviadamente HKCR, contém informações sobre aplicativos registrados, como associações de arquivo e IDs de Classe de Objeto OLE, vinculando-os aos aplicativos usados para manipular esses itens. No Windows 2000 e superior, o HKCR é uma compilação de HKCU\Software\Classes e HKLM\Software\Classes baseados em máquina. Se um determinado valor existir em ambas as sub-chaves acima, o em HKCU\Software\Classes terá precedência.[9] O design permite o registro específico de máquina ou usuário de objetos COM.
HKEY_USERS, ou abreviadamente HKU, contém sub-chaves correspondentes às chaves HKEY_CURRENT_USER para cada perfil de usuário carregado ativamente na máquina, embora as seções de usuário geralmente sejam carregadas apenas para usuários conectados no momento.
HKEY_CURRENT_USER, ou abreviadamente HKCU, armazena configurações específicas do usuário atualmente logado.[10] A chave HKEY_CURRENT_USER é uma ligação para a sub-chave de HKEY_USERS que corresponde ao usuário. A mesma informação é acessível em ambos os locais. A sub-chave específica referenciada é "(HKU)\(SID)\..." onde (SID) corresponde ao Windows SID. Se a chave "(HKCU)" tiver o seguinte sufixo "(HKCU)\Software\Classes\...", então ela corresponderá a "(HKU)\(SID)_CLASSES\...", ou seja, o sufixo que possui a cadeia de caracteres "_CLASSES " é anexada ao (SID).