As investigações apontaram que, sob a administração da Apmica, ocorreram falhas graves na administração do HRJ, que vão desde a falta de medicamentos básicos e atrasos salariais recorrentes até a ausência de equipamentos de proteção individual.
Ainda segundo as apurações, suposto esquema criminoso vem ocorrendo mediante desvio de recursos públicos, fraude em licitação e apropriação indébita previdenciária implementado por grupo que atuava no âmbito da administração do hospital. Há indícios de que um único grupo empresarial tenha dominado a gestão de inúmeras unidades da rede estadual de saúde sob gestão indireta, por intermédio de diferentes organizações sociais de saúde.
A atuação dos MPs na esfera cível ocorre paralelamente à criminal – no dia 19, foi deflagrada a Operação Metástase, que apura irregularidades no uso de verbas públicas destinadas à gestão do HRJ. Com a deflagração, os principais gestores do hospital foram presos preventivamente, bem como alguns coordenadores e servidores afastados. Em novembro, o MPF expediu recomendação para que a Secretaria de Saúde do Estado da Bahia designasse, de imediato, servidores estaduais que pudessem ocupar a direção e coordenação de enfermagem, bem como outras atividades que julgasse convenientes, do HRJ.
O HRJ integra a Rede Interestadual de Atenção à Saúde do Vale do Médio São Francisco (Rede Peba), sendo a única referência para alguns serviços na região, não podendo parar nem reduzir suas atividades. Criada em 2009, a Rede Peba reúne 53 municípios pernambucanos e baianos, integrando serviços da área de saúde e buscando otimizar os atendimentos de alta complexidade da região do Vale do Médio São Francisco.