O Centro de Estudos Migratórios (CEM) surgiu em 1969 e integra a Federação dos Centros de Estudos Migratórios Scalabrinos, que reuni os demais Centros de Estudos da Congregação, presentes em vários países (São Paulo, Nova York, Paris, Roma, Basileia, Buenos Aires, Manila, Cidade do Cabo). ​O CEM também conta com uma biblioteca especializada em​ migrações e, desde 1988, publica a Revista TRAVESSIA.
Dentre as atividades realizadas pelo CEM estão:
Coletar informações capazes de orientar sobre as características do fenômeno migratório;
Conhecer melhor as condições em que efetivamente os migrantes vivem (irregularidade, trabalho, violência, preconceito, organização familiar, práticas religiosas e culturais, etc.);
Conhecer melhor as práticas de acolhida e integração das populações migrantes;
Assessorar o acompanhamento social, cultural e religioso prestado aos migrantes;
Prestar um serviço de formação aos agentes que trabalham diretamente com os migrantes;
Atender à demanda de informações por parte de estudantes, professores, pesquisadores e agentes sociais.
O Centro de Estudos, a partir do seu envolvimento com a Casa do Migrante e o Centro Pastoral e de Mediação dos Migrantes da Missão Paz, percebeu a necessidade de organizar e preservar os registros dos atendimentos dispensados aos mesmos bem como a documentação institucional gerada.
Paralelamente, o CEM dispõe de um acervo documental referente à sua própria história (décadas de 1970 e 1980), quando esteve diretamente envolvido com os movimentos sociais e o país era marcado por um dos maiores processos de mobilização de sua população interna já vistos e a palavra imigrante nos reportava apenas ao passado.
Desde de janeiro de 1998, o CEM organiza um banco de dados referente ao público atendido pela Casa do Migrante. Em 2011 foi montado um programa integrando todos os atendimentos da Missão Paz, ou seja, da Casa do Migrante e do CPMM.