O livro conta algumas das histórias mais assustadoras do Vaticano. Uma delas é o Sínodo do Cadáver, em que o bondoso, e falecido, papa Formoso foi desenterrado, julgado por seu sucessor Estevão VII e jogado no Rio Tibre. Outro pontífice foi particularmente vergonhoso para a Igreja Católica: João XII castrou um de seus cardeais, cegou outro e chegou a brindar ao demônio em um de seus bacanais.
A História Secreta dos Papas também conta com detalhes como funcionou a sanguinária Inquisição e conta a história de algumas das suas mais célebres vítimas, como Galileu Galilei, que só escapou da morte porque foi obrigado a negar publicamente seus ideais. Mesmo assim, o cientista viveu em prisão domiciliar e morreu melancolicamente.