O componente primário do ácido gástrico é o ácido clorídrico. Íons de hidrogênio e cloreto liberados por células parieta que revestem o estômago reagem na cavidade estomacal para formar ácido clorídrico. As células parietal são acopladas a sistemas de feedback que aumentam e diminuem a produção de ácido conforme necessário. Para evitar que o ambiente ácido danifique as células que revestem o estômago, outras células do estômago produzem muco, que lubrifica o revestimento estomacal e contém bicarbonato que neutraliza o ácido.
Pacientes imunocomprometidos têm um risco elevado para desenvolver infecção por Clostridium difficile (CDI). O CDI, alarmantemente, aumentou para proporções epidêmicas na América do Norte na última década. Tem-se aumentado o interesse em entender o papel do microbioma intestinal humano para combater essa epidemia. Uma terapia em potencial é o transplante de microbiota fecal (FMT), ou transplante de fezes. A FMT é o processo em que bactérias fecais de um indivíduo com um microbioma intestinal saudável são transferidas para um receptor para aumentar sua diversidade microbiana. Alguns estudos têm demonstrado que a FMT é um tratamento eficaz para pacientes com CDI. A FMT também tem sido usada experimentalmente no tratamento de outras doenças gastrointestinais, como a doença inflamatória intestinal.