Depois de encontrar o esconderijo dos Carrascos na Ilha Muir, Ciclope despacha a X-Force e Bishop para ir lá e recuperar o bebê. Durante a batalha final, Ciclope envia a Novos X-Men contra os Carrascos. Os estudantes estão lá para provar seu valor na equipe. Ciclope então confronta Cable exigindo o bebê. Cable, com uma arma apontada para seu pai, implora à Ciclope para deixá-lo escapar para o futuro com o bebê, no entanto Cable dá a criança a Ciclope, após Xavier ressaltar que o futuro de todos mutantes está em jogo. Ciclope segura o bebê e, percebendo que a criança merece a chance de fazer seu próprio destino, dá-lhe de volta ao Cable. Cable se teleporta para o futuro com o Bishop tentando dar um tiro na criança. O tiro erra e acerta na cabeça de Xavier. Ciclope ataca o Bishop com uma explosão de energia óptica e Bishop declara para Ciclope que saiu dos X-men.
Durante um período transitório, Ciclope sai de férias com Emma para a Terra Selvagem. Lá, eles são contactados por ,Arcanjo pedindo-lhes para obter ajuda em São Francisco. Scott e Emma são bem sucedidos em resgatar Warrem e os outros x-men, mas também no resgate da prefeita de São Francisco e os moradores. Como resultado, a prefeita da cidade oferece ajuda aos X-Men para se restabelecer na cidade. Depois de construir uma nova sede, Ciclope envia uma palavra a todos os mutantes restantes do mundo que São Francisco, que acolheu os X-Men braços abertos, é agora um refúgio seguro para a raça mutante e que todos são bem-vindos para se juntar a eles. A presença dos X-Men é amplamente aprovado por São Francisco, incluindo a polícia, que agora contrata a equipe para ajudar-los em casos que possam estar fora de sua área.
Ciclope despacha Wolverine para rastrear Mística e revive a X-Force, como um time de uniforme escuros, clandestino, cuja missão é derrubar ameaças aos mutantes que os X-Men não podem lidar. Ciclope coloca Wolverine no comando da equipe e inflexivelmente mantém secreta a existência da X-Force dos outros X-Men, incluindo Emma Frost (que se manifesta como uma "caixa preta" psíquica em sua mente que Emma é incapaz de abrir), também exigindo que a X-Force permaneçam desconhecidos para o público. No entanto, Ciclope utiliza outros X-Men para partes específicas das missões do grupo. A equipe às vezes é menos cuidadosa, deixando roupa manchada de sangue ao redor, despertando suspeitas de Emma. A controvérsia das decisões de Ciclope "como líder dos X-Men" tem ainda mais destaque durante a invasão Skrull de São Francisco , quando ele prontamente utiliza uma bomba biológica contra o Skrulls para conscientemente infectá-los com uma versão adaptada do Vírus Mutante Legado criado por Fera sem primeiro determinar se havia também uma cura.