Outro ponto que chama a atenção no relatório refere-se às mortes, em 1976, do ex-presidente Juscelino Kubitschek e do motorista Geraldo Ribeiro. Segundo o texto, "é plausível, provável e possível que as mortes tenham ocorrido devido a um atentado político". Os dois morreram após acidente na via Dutra, em viagem do Rio de Janeiro para São Paulo. A Comissão Nacional da Verdade não teve essa conclusão, enquanto a comissão da Câmara Municipal paulistana afirma que a morte não foi acidental.
O coordenador da Comissão, Robson Sávio Reis Souza, diz no início do documento que "a falta de punição aos perpetradores da tortura, das graves violações de direitos humanos e do arbítrio fizeram com que esta prática se institucionalizasse em muitos setores, transformando-se em políticas de Estado que ainda persistem nos dias atuais".