Os medicamentos mais comuns indicados no tratamento são os inibidores da bomba de prótons, cujos mais conhecidos são o omeprazol, pantoprazol e lansoprazol. Esses medicamentos atuam bloqueando a produção de ácido pelo estômago, aliviamento os sintomas relacionados ao refluxo desse ácido para o esôfago.
A cirurgia pode ser indicada em alguns casos, principalmente quando a associação de uma hérnia de hiato favorece o refluxo e dificulta que o paciente obtenha bons resultados com o tratamento clínico. A hérnia de hiato ocorre quando o esfíncter esofagiano inferior está deslocado para dentro do tórax, diminuindo sua pressão e favorecendo a ocorrência do refluxo.
O tratamento cirúrgico é também conhecido como fundoplicatura e a técnica mais comum recebe o nome de técnica de Nissen. A cirurgia é habitualmente realizada por videolaparoscopia. Após anestesia geral, é colcoada uma câmera na região próxima ao umbigo e outros instrumentos cirúrgicos são introduzidos por pequenos orifícios. O cirurgião recoloca o esfíncter esofágico inferior no interior do abdômen e cria com o estômago, uma válvula ao redor da parte inferior do esôfago, restabelecendo a pressão do esfíncter.