Miguel Borja, ou simplesmente conhecido no Brasil como Borja, iniciou sua carreira profissional atuando pelo Deportivo Cali.
Com o passar dos anos, chegou a acumular passagens por outros clubes, entre eles alguns da Colômbia como o Cortuluá, além do La Equidad. Até que em meados de 2013, teve uma oportunidade de experiência na Europa, jogando pelo Livorno, da Itália.
No entanto, não passou muito tempo no velho continente, já que acabou retornando para a América do Sul e, ainda como jogador do Livorno, chegou a ser emprestado para equipes como Olimpo e Independiente Santa Fé.
Até que em 2016, finalmente se estabilizou no Cortuluá. Conseguindo um bom destaque, chegou a transferir-se para o Atlético Nacional onde teve sua maior projeção no futebol sul-americano.
Com bons jogos pelo time de Medellín, foi destaque na campanha do título da CONMEBOL Libertadores. Marcando gols decisivos, foi aparecendo na mídia como um dos principais goleadores do continente.
Sendo assim, já em 2017, o Atlético anunciou a venda de Borja ao Palmeiras. Chegando ao clube da capital paulista, os valores chamaram a atenção já que foi uma das mais caras do futebol brasileiro.
Já no Alviverde, vestindo a camisa 12, o atleta já deu seu cartão de boas vindas em sua estreia. Pelo Campeonato Paulista na época, foi o autor de um dos gols na goleada sobre a Ferroviária, deixando a torcida animada.
Com o passar do tempo, o colombiano ainda seguiu sendo uma das referências no ataque do Verdão. Além das artilharias no Campeonato Paulista de 2018, além da CONMEBOL Libertadores do mesmo ano, ainda comemorou o título do Campeonato Brasileiro em 2018.
No entanto, já em 2019, Miguel acabou passando por uma fase de instabilidade. Sem marcar gols, além de ficar na reserva em alguns jogos perdendo espaço no ataque da equipe.
Com isso, ao final da temporada, chegou a ser negociado por empréstimo com o Junior Barranquilla, clube de coração do atleta. Já em 2020, até então já completou 7 jogos pelo time, além de ter marcado 3 gols.