Em 1503, tendo em vista dar resposta às crescentes disputas e conflitos no Índico, D. Manuel I procedeu à divisão dos agrupamentos de navios em função da finalidade a que se destinavam. Para a guerra, passaram a ser usadas armadas, compostas por navios ligeiros, rápidos e bem artilhados, de forma a obter o melhor desempenho nos combates navais. Para o comércio, foram construídas frotas, compostas por navios maiores, que privilegiavam a capacidade de carga em detrimento da velocidade, da manobrabilidade e do armamento. Para descobrir continuaram a ser utilizados navios de pequena dimensão e reduzido calado, alguns dos quais combinavam a propulsão a remos com a vela.