Depois que a aeronave pousou em Kandahar, as autoridades do Taleban se ofereceram para mediar entre a Índia e os sequestradores, que a Índia acreditou inicialmente. Como a Índia não reconheceu o regime do Taleban, despachou um funcionário de seu Alto Comissariado em Islamabad para Kandahar. A falta de contato prévio da Índia com o regime do Taleban complicou o processo de negociação.
No entanto, a intenção do Taleban ficou em dúvida depois que seus combatentes armados cercaram a aeronave. O Taleban afirmou que as forças foram implantadas em uma tentativa de dissuadir os sequestradores de matar ou ferir os reféns, mas alguns analistas acreditam que foi feito para evitar uma operação militar indiana contra os sequestradores.
O chefe do IB, Ajit Doval, afirmou que os sequestradores estavam obtendo apoio ativo do ISI em Kandahar e que o ISI havia removido toda a pressão que os índios tentavam exercer sobre os sequestradores, o que significa que sua saída segura estava garantida e eles tinham não há necessidade de negociar uma rota de fuga. Doval também mencionou que se os sequestradores não estivessem obtendo apoio ativo do ISI em Kandahar, a Índia poderia ter resolvido o sequestro.
Em 25 e 26 de dezembro, a Índia discutiu sua abordagem para as negociações internamente, enquanto os passageiros a bordo do voo IC 814 aguardavam uma decisão. Os passageiros afirmaram mais tarde que receberam refeições irregulares e tiveram acesso limitado a água potável e instalações sanitárias, e que os sequestradores utilizaram o sistema de anúncio público a bordo do avião para fazer proselitismo aos passageiros.
Em 25 de dezembro, a Indian Airlines forneceu um avião especial de socorro, que transportou 27 passageiros que haviam sido libertados, bem como o corpo de Rupin Katyal, morto enquanto o avião estava em Dubai, e Satnam Singh, que havia sido atacado pelos sequestradores em Amritsar e sofreu ferimentos de faca no pescoço.
O ministro do Interior, LK Advani, se opôs à troca dos reféns pela libertação dos sequestradores, pois isso afetaria a opinião pública do governo, enquanto o ministro das Relações Exteriores, Jaswant Singh, defendeu a negociação com o Talibã.
Em 27 de dezembro, o governo indiano enviou uma equipe de negociadores liderada por Vivek Katju, secretário adjunto do Ministério de Assuntos Internos, juntamente com o funcionário do Ministério do Interior, Ajit Doval, e SD Sahay do Secretariado do Gabinete.
As negociações não progrediram, uma vez que os oficiais do Taleban inicialmente se recusaram a permitir que as forças especiais indianas tentassem uma operação secreta e também a permitir que suas próprias forças especiais o fizessem.
Para evitar qualquer ação militar, oficiais do Taleban cercaram a aeronave com tanques e, em 27 de dezembro, um oficial do Taleban falando a um jornal local afirmou que os sequestradores deveriam deixar o Afeganistão ou largar as armas.
As autoridades indianas interpretaram esta declaração como um entendimento de que os funcionários do Taleban prenderiam os sequestradores se eles se rendessem e começaram a negociar com eles sobre suas demandas. Essas demandas incluíam a libertação de 36 prisioneiros, mas foram reduzidas durante as negociações para três prisioneiros: