A Igreja Presbiteriana da Aliança resultou da união de duas congregações: Congregação Presbiteriana “Jardim das Oliveiras” e Congregação Presbiteriana do “Jardim Vetorasso”.
O início do trabalho tem uma história comovente, bonita e edificante. Tudo começou com uma irmã humilde, mas exemplo de vida compromissada com Deus. A irmã Yolanda Camarini trabalhou durante 28 anos como empregada doméstica em uma só casa, morando no seu local de trabalho. Entretanto, ela orava constantemente ao Senhor pedindo que lhe concedesse uma casa própria. Dessa casa sairia uma igreja.
Com a ajuda de sua ex-patroa e da igreja ela construiu uma casa com quatro cômodos e um banheiro. Dona Yolanda solicitou às irmãs da Igreja Central que lhe fornecesse um gravador e fitas com pregações. Ela ia de casa em casa em sua rua e pedia às famílias que ouvissem a gravação de uma pregação. Terminada a gravação, ela orava pela família e convidava seus membros para se reunirem em sua casa nas quartas-feiras à noite. Para pregar, ela convidou o Presb. Paulo de Carvalho. Nos domingos à tarde, ela reunia as crianças em sua casa, oferecendo pipoca e suco e mulheres da Central contavam histórias bíblicas para as crianças.
Foi assim que no ano de 1992, por proposta do Presb. Paulo de Carvalho, o Conselho da IPB Rio Preto aprovou a criação de um ponto de pregação no Solo Sagrado, que funcionava na residência da irmã Yolanda.
No ano seguinte, com a criação da Frente Missionária Presbiteriana de São José do Rio Preto (FREMISPRE), que reunia todas as IPBs locais, o trabalho passou a ser liderado pela FREMISPRE, a pedido da mesma ao Conselho da IPB Rio Preto, que aprovou em 27/12/1993.
No dia 05/10/1996, a FREMISPRE realizou um culto de ações de graças pelo aniversário da irmã Yolanda e também para a consagração do novo salão de cultos. Em 03/02/1997, o Conselho da IPB Rio Preto apresentou para a FREMISPRE um novo plano de trabalho para o trabalho naquele bairro e, como consequência, a FREMISPRE passou o trabalho novamente para a igreja. Entretanto, a FREMISPRE emprestou a Missionária Rosa Maria Madeira para trabalhar nesse ponto de pregação por um ano, durante 1998. Ali a missionária Rosa passou a administrar os cursos de formação profissional no salão de cultos, usando esse tipo de trabalho como oportunidade para evangelizar.
Ainda, no ano de 1998, o Missionário Maurílio Lira Teixeira passou a colaborar no trabalho do Solo Sagrado, colaborando com o Rev. Nelson do Nascimento. Os primeiros batismos e profissão de fé foram realizados nesse ano, sendo recebidos 11 adultos e duas crianças.
Em sua reunião de 16/10/1998 (Ata 961), o Conselho da Igreja Presbiteriana de São José do Rio Preto aprovou a transformação do Ponto de Pregação do Solo Sagrado em congregação, que passou a se chamar Congregação Presbiteriana do Jardim das Oliveiras.
No ano seguinte, o missionário Maurílio passou a ser o responsável pelo trabalho na nova congregação e nesse ano, 1999, foram eleitos os primeiros oficiais da congregação, os diáconos Mario Antonio de Freitas e Paulo Roberto Justino Galvão.
Em 2002, foi organizada a Sociedade Auxiliadora Feminina (SAF) na Congregação e no dia 06/07/2003, em Assembleia, foi eleito o primeiro presbítero da congregação, o saudoso irmão Américo Marchesini Neto. Nessa mesma Assembleia, foram eleitos também os diáconos Lucas Cordeiro Marchesini e Fábio Cipelli Barbosa.
Em 2005 o missionário Maurílio foi ordenado pastor da |Igreja Presbiteriana do Brasil e passou a ser o pastor da Congregação, após 6 anos trabalhando como auxiliar.
Em Assembleia realizada 27/02/2005, é eleito diácono o irmão Orlando de Souza Junior e reeleito o diácono Paulo Roberto Justino Galvão.
A partir de janeiro de 2006, passa a ser pastor da Congregação o Rev. Adriel José de Carvalho Moura e o Rev. Maurílio é relocado para a Congregação Presbiteriana do Jardim Vetorasso.
A assembleia da Igreja aprova, em 28/05/2006, a compra do terreno anexo aos fundos do prédio onde funciona o salão de cultos, visando a ampliação do salão e a construção de salas de aula, que foi iniciada no ano de 2007.
Em nova assembleia de 22/06/2008, são eleitos para o diaconato, os irmãos Francisco de Paula Barbosa e Jesuíno Martins de Souza.