Reprimida a rebelião, as prisões sucederam-se e o movimento foi desarticulado. Foram presas 49 pessoas, das quais três eram mulheres, nove escravizados e outros homens livres que exerciam profissões como alfaiates, barbeiros, soldados, bordadores e pequenos comerciantes.
Os principais envolvidos foram julgados e condenados à morte. No dia 8 de novembro de 1799, um ano e dois meses depois dos acontecimentos, os acusados foram declarados culpados por traição.
Desta maneira, receberam a pena de morte por enforcamento e depois esquartejados: Luís Gonzaga das Virgens, Lucas Dantas, João de Deus e Manuel Faustino dos Santos Lira. Os corpos foram expostos em diversos locais da cidade de Salvador para servir de exemplo a possíveis subversivos.
Os intelectuais e membros da maçonaria que participaram da conjuração receberam penas mais brandas ou foram absolvidos.
Apesar de seu terrível desfecho, a Conjuração Baiana influenciou outros movimentos como a independência (1822), a Revolta do Malês (1835) e a abolição da escravatura (1888).

Terceiro dia dos JIMI: emoção e árbitro internacional no vôlei - Toque de Bola - Portal de Notícias de Esportes - Juiz de Fora e região
Vôlei feminino: Comissão Técnica de JF reúne e reanima a equipe para jogo-extra desta sexta-feira contra Barbacena