O processo é parecido com o de uma composteira (veja mais na matéria "O que é compostagem e como ela funciona? Entenda melhor os diversos benefícios"), mas sem a liberação de nenhum gás para a atmosfera e com o benefício de aceitar qualquer resíduo orgânico, inclusive dejetos de animais e humanos.
A compostagem doméstica também é outro destino interessante para os resíduos orgânicos, mas o CH4 e o CO², apesar de em menor quantidade que em lixões ou aterros, são liberados na atmosfera. Essa ainda é uma forma mais ecológica para destinar os resíduos orgânicos em pequena quantidade (saiba mais na matéria "Composteira doméstica: saiba como resolver o problema do lixo orgânico em sua casa de forma sustentável). No entanto, em um escala muito maior, ao se tratar de resíduos de milhões de pessoas, a biodigestão é um processo muito melhor para o meio ambiente e também para a economia.