O popular PFC teve seu registro junto a Federação Paulista de Futebol em 17 de dezembro de 2004 e, de 2005 a 2007, disputou apenas campeonatos de categoria de base organizados pela entidade.
O time tem como cores o azul e amarelo e como sua mascote o Dino Paulista, por isso é chamado carinhosamente de Dinão. Tem como maior rival o Sumaré Atlético Clube.
O Paulínia entrou para o cenário do futebol profissional em 2008 em disputa do Campeonato Paulista da Quarta Divisão. Dois anos depois, em 2010, o PFC conquistou acesso a Série A-3 (Terceira Divisão) do Campeonato Paulista.
Em 2011, na sua primeira participação na Série A-3, o PFC teve bom início, vencendo adversários tradicionais como Juventus e Inter de Limeira, entretanto, a equipe caiu de rendimento e acabou sendo rebaixada de volta à Quarta Divisão, que disputa atualmente e garantiu classificação para a segunda fase.