O Patrulha Ecológica foi criado com a proposta de propiciar inclusão social, ambiental e pedagógica para um grupo de crianças da comunidade de Caravelas, extremo sul da Bahia, onde o IBJ mantém sua base. Brincadeiras e técnicas de ensino, a partir das principais necessidades apontadas pela comunidade, servem de base para o trabalho com os participantes. Inicialmente, as atividades foram concentradas nas praias, durante o verão, e contavam com a participação de diferentes grupos de crianças a cada ano. Com o crescimento e o reconhecimento do trabalho, o Projeto Baleia Jubarte experimentou a formação de um grupo regular para desenvolver as ações.
A missão é sensibilizar, divulgar, mobilizar e organizar a comunidade para o alcance do bem-estar físico, mental e social, baseado nos princípios fundamentais da cidadania. O Patrulha Ecológica atua também no desenvolvimento e no planejamento de ações para a resolução de conflitos sociais, trabalhando para a melhoria da qualidade de vida das comunidades e criando alternativas sustentáveis, incentivo profissional e integração social dos "patrulheiros". Desde sua criação, em 1993, já foram mais de 250 crianças e adolescentes contemplados, sendo que alguns deles se tornaram colaboradores do Projeto neste percurso.
A iniciativa contribuiu significativamente para o retorno de muitos meninos e meninas à escola. Isso sem dizer da importante participação na reabilitação em usuários de drogas e praticantes de pequenos furtos, em parceria com a Pastoral da Juventude. Para sensibilizar a garotada, são realizados cursos e oficinas, estimulando a participação na organização de eventos, na execução de atividades realizadas pela equipe de educação ambiental do Instituto Baleia Jubarte e, atualmente, no Programa de Monitoramento e Sensibilização em Áreas Naturais (pesquisa, educação ambiental, visitação e ecoturismo).