A primeira escola da APAE Porto Alegre foi fundada no salão da Igreja Sagrada Família, no bairro Cidade Baixa em 10 de março de 1966, denominada, na época, de Instituto Educacional Nazareth. Atualmente está localizada no bairro Glória e se chama Escola de Educação Especial Nazareth. Em 23 de agosto de 1975 foi fundada a segunda escola da Apae, chamada Centro de Atendimento e Desenvolvimento do Excepcional - CADE. A terceira escola foi fundada em 12 de setembro de 1984, denominada Escola de 1º Grau Incompleto Dr. João Alfredo de Azevedo, atualmente chamada de Escola Especial Dr. João Alfredo de Azevedo, localizada no bairro Vila Nova. Foi criada a fim de facilitar o atendimento de pessoas deficientes nos bairros mais distantes na Zona Sul da cidade. No ano de 2010, a fim de qualificar os serviços oferecidos aos usuários da APAE, os alunos do CADE foram distribuídos entre as outras duas escolas da APAE: escola E.E.E. Nazareth e na E.E. Dr. João Alfredo de Azevedo, pois estas contavam com mais recursos, com melhor acessibilidade e com espaço físico mais amplo. Desta maneira os alunos e usuários puderam usufruir de melhores condições de atendimento. Em 30 de março de 2016, a APAE Porto Alegre reinaugura as novas instalações da Escola Especial Dr. João Alfredo de Azevedo, contando com dois prédios em alvenaria e amplo pátio interno coberto, amplas salas de aula, salas de apoio e banheiros adaptados para deficientes, tudo com ótima acessibilidade.
Além destas duas Escolas, a APAE Porto Alegre mantém ainda, localizadas no centro da cidade, a Sede Administrativa Geral e o Programa de Passe Livre, este em parceria com a EPTC cadastra as pessoas com deficiência, e seus acompanhantes. Este serviço é realizado não somente aos alunos e/usuários da APAE Porto Alegre, mas se destina a todas as pessoas com deficiência intelectual e múltipla, para o uso gratuito do transporte coletivo no município de Porto Alegre e na região metropolitana conforme previsto em Lei.