Em 1584, Bacon foi eleito para a Câmara dos Comuns, como representante de um pequeno distrito. Nessa época escreve a Carta de Conselhos à rainha Elizabeth I, que advoga várias medidas de tolerância religiosa e de supremacia estatal em relação à Igreja.
Pretendendo se ligar aos serviços da coroa, fez uso das influências do tesoureiro real Lord Burghley, seu tio materno, e do Conde de Essex até tornar-se seu conselheiro particular. Mas não conseguiu, sob o reinado de Elizabeth I, ser nomeado procurador geral, como ambicionava.
Sob o reinado de Jaime I, foi sucessivamente nomeado procurador-geral (1607), fiscal-geral (1613), Lorde Conselheiro (1616), Lorde Guardião (1617) e finalmente Lorde Chanceler (1618). Ainda em 1618 foi nomeado Barão de Verullan e, em 1621, Visconde de St. Albans.
Em 1621, Francis Bacon, o Grande Chanceler do rei, foi acusado de suborno e corrução pela Câmara dos Comuns, e condenado pela Câmara dos Lordes ao pagamento de enorme multa e à prisão na Torre de Londres.
Embora perdoado pelo rei, não pode mais retornar às atividades públicas, porém, havia conquistado fama de orador e escritor. O resto da vida foi dedicado inteiramente à filosofia científica e ao ensaio político. E sua obra literária teve muito mais importância que toda sua carreira de estadista.
Paralelamente à atividade política, Bacon elaborou uma importante obra filosófica reunida em textos como Novum Organum (1620, Novo Método) e De Dignitate et Augmentis Scientiarum (1623, Sobre a Dignificação e Progresso da Ciência).