Matt Damon não queria aparecer neste filme, então não há Jason Bourne neste filme, mas eles fazem referências a ele durante todo o filme. A história de The Bourne Legacy ocorre em torno do mesmo tempo que o filme Bourne Ultimatum, então você verá certas coisas do filme que está sendo mencionado neste filme.
Aaron Cross é um agente para o programa de operações do preto do Departamento de Defesa conhecido como Operação Resultado. Membros da Operação Resultado recebem pílulas experimentais chamadas “chems” que aumentam suas habilidades físicas e mentais e as transforma em super soldados.