O problema não terminou por aí, alias, absorver as idéias contrarias a teologia dominante, foi apenas o início. Exercendo o ofício pastoral (1588-1603), e nas atividades de professor em Leydem, a partir de 1603, suas questões começaram a ser publicamente divulgadas. Nas publicações de suas idéias e no conseqüente choque com a ala reformada mais radical, principalmente na figura de Franciscus Gomarus, que fora seu professor, que antojou o antiarminianismo, começou na vida de Armínio, uma intensa e enfadonha perseguição teológica e intelectual.