A direção do museu ainda calcula os estragos. Ainda há dúvidas sobre a situação do esqueleto de Luzia, mas já se sabe que provavelmente se perderam o dinossauro Maxakalisaurus topai, quase a totalidade das áreas de arqueologia, paleontologia, antropologia e invertebrados (com cerca de 5 milhões de insetos) e os laboratórios e salas de aula.
Itens relevantes, porém, podem ter sobrevivido, como peças de arqueologia e paleontologia que estavam depositadas em armários compactadores —​que não foram atingidas pelo fogo, mas podem ter sido deformadas pelo calor.
Ficaram incólumes, por estarem em um prédio anexo, as coleções de vertebrados e de botânica. Minérios e meteoritos também teriam resistido ao fogo, entre eles o Bendegó. Outros itens foram salvos por um grupo de funcionários que entrou no museu antes que o fogo se espalhasse, como uma coleção de malacologia (moluscos) e alguns répteis. ​
A Defesa Civil avalia que não há risco de o prédio desabar por completo, mas pequenos desabamentos na parte interna não estão descartados.