A Rainha de Sangue e das trevas, Nimue ( Milla Jovovivh), foi ressuscitada e está com sede de vingança, ela quer criar um novo “Eden” onde todos as criaturas das trevas vão ressurgir e viver livremente assim trazendo uma grande praga e acabando com a humanidade.
Hellboy recebe a missão de acabar com ela mas, isso não irá ser fácil, porém, ele contará com ajuda de Alice uma vidente altamente poderosa que ele a conheceu quando ainda era um bebê e Daimio, um agente que esconde uma coisa muito importante...