A história é definida na escola primária celestial, uma escola primária que foi derrubada após os assassinatos e desaparecimentos de vários de sua equipe e estudantes.
No início da história, outra escola chamada Kisaragi Academy foi construída sobre o site do ensino fundamental.
Uma noite, um grupo de estudantes de Kisaragi está contando histórias de fantasmas quando um terremoto repentino os transporta para outra dimensão onde o hospedeiro celestial ainda existe e é assombrado pelos fantasmas das crianças assassinadas da escola.
Os alunos da Academia de Kisaragi tentam encontrar o caminho para casa e sobreviver às outras forças misteriosas que assombram a escola.