A qualificação médica é fator preponderante na eficiência da saúde e fundamental na sustentabilidade do sistema como um todo. A autonomia do médico é um dos preceitos da ética biomédica, o Código de Ética Médica estabelece que "é direito do médico: indicar o procedimento adequado ao paciente, observadas as práticas cientificamente reconhecidas e respeitada a legislação vigente." Nesse sentido, as Diretrizes societárias devem ser a referência de práticas cientificamente reconhecidas.
As Diretrizes, elaboradas tradicionalmente pelas sociedades de especialidade, norteiam a atividade profissional do médico e são úteis para respaldar políticas públicas que podem resultar em melhores indicadores de saúde para o Brasil. O rigor na avaliação da qualidade da evidência científica deve nortear a elaboração de qualquer Diretriz, por vezes, nos deparamos com conflitos de interesse decorrente da relação com a indústria dedicada à saúde. Assim, benefícios limítrofes verificados em Ensaios Clínicos Randomizados (ECR), muitas vezes financiados pela indústria, não podem servir para ensejar recomendações fortes em Diretrizes de uma sociedade científica.
Como a maior parte da população é atendida pelo Sistema Único de Saúde, as Diretrizes devem levar em consideração além da evidência científica a sustentabilidade econômica das recomendações. Por força de uma legislação (Lei Orgânica da Saúde número 8.080/90), a competência de elaborar Protocolos Clínicos e Diretrizes Terapêuticas, no âmbito do SUS, é do Ministério da Saúde, especificamente da Comissão Nacional de Incorporação de Tecnologia no SUS (Conitec). Embora a Diretriz de uma sociedade científica obedeça a uma lógica distinta de uma Diretriz governamental, não se pode, simplesmente, desconsiderar os conceitos utilizados no Ministério da Saúde para elaboração dos documentos. Até para se criticar e sugerir alterações à Conitec, se for necessário.