Equipes que forem consideradas ótimas na avaliação terão aporte mensal adicional de R$ 11 mil. As que tiverem bom desempenho receberão R$ 6,6 mil. Se a avaliação for regular, o recurso mensal permanecerá em R$ 2,2 mil.
O PMAQ está organizado em quatro fases, que se complementam e formam um ciclo contínuo de melhoria do acesso e da qualidade da Atenção Básica: Adesão e Contratualização; Desenvolvimento; Avaliação Externa (que está em curso); e Recontratualização. O programa integra a política Saúde Mais Perto de Você: Acesso e Qualidade, lançada em 2011 pelo governo federal, cujo objetivo é incentivar os gestores a melhorar o padrão de qualidade da assistência oferecida aos usuários do SUS nas Unidades Básicas de Saúde (UBS) e por meio das equipes de Atenção Básica à Saúde.