Onconews - Análises genômicas de SARS-CoV-2 em pacientes com câncer
Análises genômicas de SARS-CoV-2 em pacientes com câncer
Estudo realizado por pesquisadores do Instituto Nacional do Câncer (INCA) buscou comparar as sequências genômicas completas de SARS-CoV-2 de pacientes com câncer e profissionais de saúde (grupo-controle) para compreender a diversidade genética intra-hospedeiro e sua associação com a gravidade da doença. A biomédica Juliana Siqueira (foto), do INCA, é a primeira autora do trabalho publicado no periódico Virus Evolution. O pesquisador Marcelo Soares, chefe do Programa de Oncovirologia da instituição, é o autor sênior.
Vários fatores foram identificados por influenciar a suscetibilidade à infecção por SARS-CoV-2 e a gravidade da doença. Pacientes com câncer são mais propensos a evoluir clinicamente para condições mais graves de COVID-19, mas os determinantes desse pior prognóstico permanecem desconhecidos.
Neste estudo, os pesquisadores buscaram determinar as sequências genômicas completas de SARS-CoV-2 de pacientes com câncer e profissionais de saúde (controles sem câncer) por sequenciamento de nova geração (também conhecido como sequenciamento ultraprofundo), investigando a população viral do hospedeiro de cada infecção e quantificando a diversidade genética intra-hospedeiro.
Swabs naso-orofaríngeo de 57 pacientes com câncer e 14 profissionais de saúde do INCA positivos para SARS-CoV-2 foram coletados entre abril e maio ​​de 2020. Os genomas virais completos foram amplificados utilizando o protocolo da rede ARTIC, seguido de sequenciamento de nova geração. As montagens dos genomas foram realizadas in silico a partir das sequências obtidas, onde as sequências de consenso foram extraídas e as variantes intra-hospedeiro de nucleotídeo único foram identificadas. A análise filogenética foi realizada e as linhagens foram classificadas usando bases de dados mundiais de SARS-CoV-2.
A análise filogenética mostrou que todas as cepas, exceto uma, pertenciam a linhagem B1.1. Quatro mutações geneticamente relacionadas conhecidas como o haplótipo SARS-CoV-2 globalmente dominante no momento do estudo (C241T, C3037T, C14408T e A23403G) foram encontradas na maioria das sequências de consenso. Assinaturas de variantes de um único nucleotídeo (do inglês, single nucleotide variants - SNV) de genomas brasileiros previamente caracterizados também foram observadas na maioria das amostras. Outros 85 SNVs foram encontrados em menor frequência (1,4-19,7%) entre as sequências de consenso.
Com relação à população viral intra-hospedeiro, o estudo identificou que pacientes com câncer exibiram uma diversidade genética significativamente maior em comparação aos profissionais de saúde. Essa diferença foi independente dos valores de quantidade de SARS-CoV-2 obtidos nos testes diagnósticos, que não diferiram entre os dois grupos. A diversidade genética intra-hospedeiro em pacientes com câncer não foi associada à gravidade da doença, uso de corticosteroides ou uso de antivirais, características que poderiam influenciar a diversidade viral. Além disso, a presença de metástases, em geral ou especificamente no pulmão, não foi associada à diversidade intra-hospedeiro em pacientes com câncer.
"Os pacientes com câncer carregavam um número significativamente maior de variantes intra-hospedeiro em comparação com as contrapartes sem câncer. São necessários estudos adicionais sobre a diversidade do SARS-CoV-2 em pacientes especialmente vulneráveis ​para ajudar na compreensão da base dos diferentes desfechos da COVID-19 em humanos", concluíram os autores.
"A maior diversidade genética dos vírus em pacientes com câncer permite que novas mutações apareçam e potencialmente se estabeleçam mais rapidamente nos seres humanos infectados, o que pode culminar com o aparecimento de novas variantes de preocupação (do inglês variants of concern, ou VOC), como aquelas oriundas do Reino Unido, da África do Sul e de Manaus, no Brasil. Desta forma, é urgente a inclusão de pacientes com câncer como prioritários para a vacinação contra a COVID-19", alertam.
Referência: Juliana D Siqueira, Livia R Goes, Brunna M Alves, Pedro S de Carvalho, Claudia Cicala, James Arthos, João P B Viola, Andréia C de Melo, Marcelo A Soares, the INCA COVID-19 Task Force, SARS-CoV-2 genomic analyses in câncer patients reveal elevated intrahost genetic diversity, Virus Evolution, 2021; veab013, https://doi.org/10.1093/ve/veab013