Apesar de já ser obrigatória em cerca de 300 municípios brasileiros, a Nota Fiscal Eletrônica de Serviços ainda desafia empresas prestadoras e tomadoras de serviços. Isto ocorre porque, ao contrário da NF-e (nota eletrônica de mercadoria), que obedece a um único padrão nacional, a NFS-e, sujeita ao imposto municipal ISS (Imposto Sobre Serviço), tem seu padrão definido por cada município, dificultando a automatização e integração dos processos de recepção. Atualmente, existem mais de 40 modelos diferentes para este documento.