Atualmente a entidade conta com mais de 150 alunos, divididos em turmas por idade e níveis. O estudante aprende todas as formas de comunicação em japonês (escrita, leitura, conversação e compreensão), utilizando os três alfabetos (hiragana, katakana e kanji).
Esta missão vêm desde o início da Sociedade Japonesa de Santos, antecessora da atual entidade. O imóvel onde hoje funciona a sede da Associação, foi originalmente construído com o objetivo de ser uma escola para o ensino da cultura e da língua japonesa aos filhos dos imigrantes que chegaram ao Brasil.
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Com a retomada do imóvel, em 2008, uma das primeiras providências da Associação foi também reiniciar o ensino do idioma japonês, sempre procurando integrar os alunos com as atividades socioculturais promovidas pela entidade, como o Undokai e o Festival da Cultura Japonesa.
Em 2011, a Associação Japonesa de Santos inaugurou o Espaço Cultural Hiroshi Endo, local dedicado ao ensino do idioma dentro de sua sede. O local conta com cinco salas de aula climatizadas com lousa de vidro, projetor, computador e sistema de som.
A entidade é associada ao Centro Brasileiro de Língua Japonesa (CBLJ), entidade nacional formada por organizações brasileiras e japonesas que promovem o ensino do idioma no País.
Dentre as atividades que os alunos podem participar ao longo do ano estão o Concurso de Oratória, visitas à Casa de Repouso Santos Kosei Home para praticar a conversação com os idosos, a confraternização de fim de semestre, além da participação no Exame de Proficiência em Língua Japonesa (Noryoku Shiken).