Um eficiente Plano de Manutenção Preventiva submete a frota de trens à manutenção periódica quando são efetuadas: inspeções, lubrificações, substituições de itens de desgaste, substituições de equipamentos pesados do trem para sua revisão em oficinas e reparos no interior do salão de passageiros (piso de borracha, pintura dos bancos etc.).
Os três pátios existentes, Jabaquara, Itaquera e Capão Redondo, abrigam Administração Geral da Manutenção e neles se desenvolvem atividades substanciais: