A Macedônia permaneceu em paz durante as guerras iugoslavas do início dos anos 90. Algumas poucas mudanças muito pequenas em sua fronteira com a Iugoslávia foram acordadas para resolver problemas com a linha de demarcação entre os dois países. No entanto, foi seriamente desestabilizado pela Guerra do Cosovo em 1999, quando cerca de 360 mil refugiados albaneses do Cosovo se refugiaram no país. Embora tenham partido pouco depois da guerra, os nacionalistas albaneses de ambos os lados da fronteira pegaram em armas pouco depois em busca de autonomia ou independência para as áreas de população albanesa da Macedônia.[73][74]