No entanto, Annan não estava imune a críticas. Seus críticos o culparam pelo fracasso da ONU em deter o genocídio em Ruanda nos anos 1990, quando ele era o chefe das operações de manutenção da paz da organização.
Mais tarde, após a invasão liderada pelos EUA no Iraque, Annan e seu filho foram acusados de envolvimento no "escândalo do petróleo por corrupção alimentar" - o que levou alguns a pedir sua renúncia, embora tenha sido posteriormente exonerado.
Em entrevista ao programa HardTalk da BBC para marcar seu 80º aniversário em abril, Annan reconheceu as deficiências da ONU, dizendo que ela "pode ser melhorada, não é perfeita, mas se não existisse, você teria que criá-la".

Aquela biruta que fazia arminha desordenadamente para tosdos os lados desinflou, murchou, perdeu o sopro! Agora é aquela porcaria que todos tropeçam na caçada da sociedade!