Com o objetivo de protejer a Baía Sul e impedir a estrada de embarcações não autorizadas à Nossa Senhora do Desterro.
Possuía 10 canhões dos quais alguns ainda ali se conservam. De todas as construções militares da ilha, é a que melhor se conserva, tendo sido restaurada e guardando, hoje, o acervo do Museu de Armas da Polícia Militar do Estado de Santa Catarina.
A construção era composta apenas de Quartel da Tropa, Casa de Pólvora, Quartel do Comandante e Cozinha. Todas essas peças abriam-se para o pátio, onde os canhões, pousados sobre a muralha, poderiam cruzar fogo com o forte de São João, no Continente. Suas aberturas de cantaria foram conservadas, embora o armamento lá existente, hoje em dia, seja de época posterior.
Em 1863, o forte de Santana sofreu uma série de reparos, sob orientação do Tenente do Corpo de Engenheiros Antonio Pereira Rebouças Filho.
O Forte está localizado na Av. Beira-mar Norte, sob a Ponte Hercílio Luz, no centro de Florianópolis.
Distante apenas poucos metros da Rodoviária Rita Maria, pode-se chegar ao Forte a pé ou de automóvel.