Muitos temas são abordados no Códex Leicester, entre observações e teorias de DaVinci. O tema mais retratado é o movimento da água, e em especial, o fluxo dos rios e seus obstáculos, seguido de uma série de recomendações em caso de construções de pontes e para se evitar erosões.
A existência de fósseis marinhos nas montanhas, que antecipariam as teorias sobre o movimento das placas tectônicas, baseado na antiga crença de que as montanhas foram leitos marinhos e que gradualmente se elevaram e formaram as montanhas como as conhecemos, são explicadas no manuscrito.
Depois que DaVinci, o Códex não ficou sob posse de Francesco Melzi, como outras peças, mas foi parar nas mãos do escultor italiano Della Porta. Até que outro italiano, Giuseppe Ghezzi, o descobriu entre os pertences de Porta depois de sua morte, quase um século depois. Ghezzi então vendeu o exemplar a Thomas Coke, o Conde de Leicester.