16º - D. Bernardo Zuzarte de Andrade, Cónego Regrante eleito em 1679, tomou posse em 16 de Setembro de 1680 por procurador que foi seu Governador do Bispado o Doutor Manoel Ribeiro, por cuja morte em 31 de Março de 1632 exercitou o mesmo cargo o Doutor Pedro de Mendonça até o dia 5 de Julho em que fez entrega da jurisdição ao cabido o qual a exercitou até ao dia 18 de Fevereiro de 1684 em que chegou da Bahia o sobredito Bispo trazendo consigo dois religiosos jesuítas para fundarem casa na ilha, e muitos clérigos, organista e órgão. O Bispo havia-se demorado quatro anos na Bahia. Encontrou a cidade em grande fermentação e o Cabido estabelecido na Igreja de Madre de Deus, fora da mesma cidade, por motivo do desacato praticado na Igreja Catedral da Cidade pelo Governador João Alves da Cunha, auxiliado por vários cónegos que sempre foram inquietos nos tempos da riqueza de S. Tomé assim como continuaram a ser daí em diante apesar de viverem na maior indigência possível. Custa a acreditar a enormidade do orgulho dos cónegos de S. Tomé, tudo quanto as Histórias nos deixaram escrito sobre os desatinos dos poderosos Corpos Capitulares da Espanha, França, Inglaterra e Alemanha não se pode comparar com o que praticavam os cónegos insignificantes do pequeno Bispado de S. Tomé, tanto no tempo em que todos eram brancos e ricos, como depois que o Cabido constava de pretos e pardos pela maior parte miseráveis. Um dos religiosos jesuítas faleceu no Consistório da casa da Misericórdia onde se hospedaram e o outro que era estrangeiro vendo a insalubridade da ilha retirou-se para a Bahia. Não consta o ano de falecimento do Bispo D. Bernardo.
17º - D. Fr. Sebastião de S. Paulo. Religioso Capucho, Mestre em Artes, Leitor em Teologia e Qualificador do Santo Ofício, natural de Viseu. Tomou posse no mês de Junho e faleceu daí a Seis meses no dia 7 de Dezembro de 1689.
18º - D. Fr. Timóteo do Sacramento da Congregação de S. Paulo, Eremita, eleito em 1693. Tomou posse pelo seu Procurador o Tesoureiro Mor Jerónimo de Andrade o qual foi Governador do Bispado até à translação do Bispo para a Sé do Maranhão.
19º - D. Fr. António da Penha de França, Religioso Agostinho Descalço. Pertence à ilustre família dos Calmons da Cidade da Bahia. Foi eleito no ano de 1698 e sagrado nesta cidade. Tomou posse na ilha do Príncipe donde largou para S. Tomé em 29 de Julho e chegou à ilha de S. Tomé em 10 de Agosto e faleceu em 20 de Dezembro de 1702.