A atuação da Embrapa Agricultura Digital (anteriormente chamada de Embrapa Informática Agropecuária) pauta-se pela visão estratégica focada no desenvolvimento de soluções de tecnologia da informação, especialmente nas áreas de agroinformática e bioinformática. Para o cumprimento de sua missão institucional e a consecução de seus objetivos, a Unidade aplica métodos, técnicas e ferramentas computacionais, desenvolvendo tecnologias e serviços - mediante a introdução de tecnologias digitais no campo - para atender o produtor rural, apoiar políticas públicas e divulgar a ciência e o conhecimento produzido na Empresa para a sociedade.
A Gestão Técnica da Unidade está organizada sob uma estrutura composta por quatro eixos de atuação: Computação Científica e Automação; Sistemas de Informação; Bioinformática e Biologia Computacional; Modelagem Agroambiental e Geotecnologias.