Para combater o protestantismo, São Filipe encarregou o discípulo César Barônio de escrever uma verdadeira e documentada História da Igreja, refutando as falsas versões dos heréticos.
Também a música tinha papel importante no apostolado de São Filipe. Ele introduziu, entre os sermões e no final, o cântico de motetes latinos e italianos. E, como ao Oratório acorreram muitos com talento musical, a música ficou nele incorporada como parte importante de sua espiritualidade.
São Filipe era o “Santo da Alegria” mas nunca olvidou sua dignidade e responsabilidade. Exigia dos membros e hóspedes do nascente Oratório obediência total, sob pena de expulsão. Ao morrer, deixou um documento no qual fazia severo juízo sobre vários membros da Congregação, não os querendo como sucessores. Chegou a denunciar ao Santo Ofício como herege a um dos seus mais antigos discípulos. Este, mantido na prisão por um ano, foi depois absolvido. Entretanto Filipe não quis recebê-lo de volta na comunidade, apesar das súplicas de autorizados intercessores.