O CNFCP está instalado no conjunto arquitetônico do Catete, tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan).
Com o término da Segunda Guerra Mundial, a Unesco liderou um movimento que procurou implantar mecanismos para documentar e preservar tradições que, avaliavam, estariam em vias de desaparecimento.No Brasil, atendendo a essa diretriz, em 1947 foi criada a Comissão Nacional de Folclore, vinculada à Unesco.
Desse processo resultou, em 1958, a instalação da Campanha de Defesa do Folclore Brasileiro, primeiro órgão permanente dedicado a esse campo, vinculado ao então Ministério da Educação e Cultura. Em 1976 a Campanha foi incorporada à Funarte como Instituto Nacional do Folclore.
Já com a denominação atual – Centro Nacional de Folclore e Cultura Popular –, a instituição passa, no fim de 2003, a integrar a estrutura do Iphan.