Juanfran desembarcou no Morumbi em 2019, com um contrato válido somente até o final do ano seguinte por causa da sua idade avançada. Devido à pandemia do novo coronavírus, as competições da temporada 2020 se estenderam até fevereiro de 2021, o que fez com que o espanhol assinasse uma extensão de vínculo válida até o final do Campeonato Brasileiro.