Além disso, o exame constituiu em quatro provas objetivas, de acordo com o nível de ensino. Assim, contendo cada uma 30 questões de múltipla escolha nas áreas de Ciências Naturais, Matemática, Língua Portuguesa, Língua Estrangeira Moderna, Artes, Educação Física, História e Geografia. O candidato também será avaliado por meio de uma redação.
Conforme o edital do Encceja, o participante inscrito que não comparecer às provas de todas as áreas do conhecimento e quiser participar do Encceja 2021 deverá justificar a ausência. Todavia, caso o participante não justifique a ausência, ele deverá ressarcir um valor determinado pelo ministério, conforme orientações divulgadas no site.