A Ouvidoria da UFFS é um órgão de assessoramento, principalmente no que concerne à comunicação com a comunidade, visando ao aperfeiçoamento das ações institucionais. A Ouvidoria não tem caráter administrativo, executivo, judicativo ou deliberativo, exercendo papel mediador nas relações envolvendo as instâncias universitárias e os integrantes das comunidades interna e externa.
O Centro de Referência em Direitos Humanos e Igualdade Racial Marcelino Chiarello (CRDH) – Universidade Federal da Fronteira Sul, fruto de uma cooperação entre a Universidade Federal da Fronteira Sul e a Secretaria de Direitos Humanos da Presidência da República, busca a efetivação dos direitos humanos e o combate a todas as formas de preconceito, intolerância, discriminação, desrespeito e violência na Mesorregião da Fronteira Sul.