A SOS Mata Atlântica trabalha para ampliar as áreas marinhas protegidas do Brasil. Além disso, apoia a gestão e manutenção de importantes Unidades de Conservação na costa brasileira. Para isso, conta com o engajamento do setor privado e da sociedade e realiza parcerias com órgãos ambientais do governo. Atualmente, a organização apoia oito parques e reservas marinhos, entre direcionamento de recursos diretos à gestão dessas áreas ou por meio de projetos selecionados em editais. O objetivo das iniciativas é ampliar o engajamento e a presença da sociedade nessas áreas, bem como resguardar os benefícios que elas prestam para a sociedade. Esses apoios são garantidos por fundos constituídos por doações de empresas ou de pessoas físicas para a proteção, gestão e sustentabilidade das áreas marinhas. Entre elas, exemplos emblemáticos, como as áreas de Proteção Ambiental (APAs) Costa dos Corais (PE e AL) e de Guapi-Mirim (RJ), a Estação Ecológica de Guanabara (RJ) e a Reserva Biológica Atol das Rocas (RN).