As primeiras investigações de Foucault estavam voltadas para o discurso científico, e mais particularmente o das chamadas ciências humanas, a partir de um enfoque eminentemente histórico: entre o período que vai do século XVII até os dias em que escreve as principais obras desse momento. Trata-se, como em As Palavras e as Coisas, de buscar as condições de emergência das ciências humanas, seu surgimento, funcionamento, mudanças e até desaparecimento. “Em As palavras e as coisas (1966), Foucault examina as formas modernas do saber (ou epistemes) que estabelecem para as ciências o horizonte intransponível de conceitos fundamentais” (HABERMAS, 2000, p. 361-362). E Muchail (2004, p. 12) acrescenta:
Assim é, por exemplo, que em As palavras e as coisas as análises mostram como na Europa dos séculos XVII e XVIII emergem determinadas formações discursivas que vão constituir a gramática geral, a história natural e a análise das riquezas, enquanto no século XIX vão surgir a filologia, a biologia e a economia, de que as primeiras não são meras precursoras.
Hilton Japiassú (1992, p. 127), analisando a arqueologia proposta por Foucault, pondera que esta visa a descoberta dos fundamentos das ciências humanas. “O campo epistemológico ou o domínio onde ela se situa, não é a ciência, mas o solo sobre o qual se constrói a ciência”. Além disso,
o que pretende Foucault é apresentar um certo agenciamento global das ciências humanas no interior daquilo que ele chama de “o triedro dos saberes”, e que lhe permite definir uma espécie de espaço epistemológico da constituição das ciências humanas de caráter racional e crítico (JAPIASSÚ, 1992, p. 113).
O triedro dos saberes é um espaço epistemológico de três dimensões definidas a partir de três eixos: 1) matemática e ciências exatas; 2) Ciências da Vida, da Produção e da Linguagem; 3) Reflexão filosófica. As ciências humanas aparecem em conexão com as ciências da Vida, da Produção e da Linguagem. Por exemplo: a Psicologia toma o seu modelo de empréstimo à Biologia e as ciências sociológicas tomam seu modelo de empréstimo à Economia política.
A obra de Foucault oferece uma leitura da História das Ideias na Europa desde o século XVI até o século XIX como uma nova metodologia designada por ele sob o conceito de arqueologia e apresenta uma grande soma de conhecimentos relativos ao domínio de áreas como Economia, Biologia, Filologia ou Literatura. A análise de Foucault se refere ao campo epistemológico, quer dizer, à intenção implícita que estrutura uma área cultural mas que permanece invisível àqueles que a utilizam.
Trata-se de conceber as estruturas utilizadas para descrever e pôr em relevo a condição a partir da qual um campo de conhecimento tenha se organizado. Por isso As Palavras e as Coisas revela ainda o envolvimento de Foucault com o estruturalismo – um movimento teórico na antropologia social –, do qual ele distanciou-se mais tarde e apresenta a técnica historiográfica que Foucault chamou de arqueologia. Habermas (2000, p. 334) destaca como a revolução estruturalista impressionou Foucault tornando-o “um crítico do pensamento fenomenológico-antropológico, dominante desde Kojeve até Sartre e em especial determinou a escolha de seus métodos”.