O Referencial Estratégico do Iphan está expresso pela Missão, pela Visão e pelos Valores da organização, definidos a partir de 2009 e revalidados em processo de atualização transcorrido a partir de 2013.
A Missão do Instituto é a de "promover e coordenar o processo de preservação do patrimônio cultural brasileiro para fortalecer identidades, garantir o direito à memória e contribuir para o desenvolvimento socioeconômico do país."
A Visão estabelece que o Iphan deve "ser instituição coordenadora da política e do sistema nacional do patrimônio cultural, capaz de identificar, produzir e difundir referências para a preservação do patrimônio cultural no plano nacional e internacional, dotada de carreira de estado, qualificação técnica e estrutura funcional para atender as demandas da sociedade."
Tanto a Missão como a Visão do Iphan estão atreladas à manutenção de valores que englobam: a qualidade de vida; as memórias e identidades; o acesso ao patrimônio cultural; a valorização da diversidade; ao desenvolvimento sustentável; a cidadania cultural; a descentralização, regionalização e desconcentração; e a inclusão social.
Com base nesse referencial, o Iphan elaborou o Mapa Estratégico (BSC) 2013 - 2015. O Instituto está atento aos princípios que regem – desde os anos 1990 – a nova gestão pública brasileira e, nesse contexto, incorporou novas tecnologias de gestão que permitem monitorar, disseminar e dar transparência ao processo de planejamento.