Além da luta geral, em 2017 o Sindsep-DF travou uma batalha contra a criminalização do movimento sindical, que teve o seu auge na prisão arbitrária do secretário-geral Oton Pereira Neves, dia 20 de junho, durante assembleia em frente ao Ministério do Meio Ambiente.
Autuado por desobedecer a uma ordem policial, sob a alegação de ilegalidade na utilização do carro de som, Neves poderia receber pena de detenção de quinze dias a seis meses, e ser obrigado a pagar multa. Mas após audiência de conciliação em 17 de agosto, no na qual o secretário-geral se recusou a firmar acordo para o pagamento de cinco cestas básicas, como pena alternativa, o Segundo Juizado Especial Criminal de Brasília mandou arquivar o processo sob o argumento de que os fatos noticiados "não traduzem qualquer tipo penal". Além da CUT e da Condsef/Fenadsef, diversas entidades sindicais do País manifestaram apoio e solidariedade ao sindicato.
Também são vítima da política de perseguição a sindicalistas os diretores Dimitri Assis Silveira (coordenador da Secretaria da Juventude Trabalhadora), servidor do Ministério da Educação (MEC), que responde a Processo Administrativo Disciplinar (PAD) no órgão, cujo parecer final no fechamento desta edição ainda não estava disponível para acesso; e Antônio Carlos Noleto Gama (adjunto na Secretaria de Comunicação e Imprensa), servidor do Instituto Nacional de Meteorologia (INMET), foi demitido do serviço público em 2016, após responder a um PAD eivado de erros, cujo recurso de anulação da demissão aguarda julgamento no Superior Tribunal.