No ano de 1938 passou de distrito à município, e em 1948 passou a chamar-se apenas Congonhas. Antes seu nome era Congonhas do Campo, cujo origem vem do tupi, Congöi, planta abundante na localidade, que quer dizer – o que sustenta, o que alimenta.
Em meados do século XVII, com as notícias da existência de ouro nas Minas Gerais, muitos desbravadores e aventureiros começaram a adentrar o sertão em busca das riquezas anunciadas. Desse modo, a região começou a ser explorada a partir do Rio Maranhão, sendo fundado diversos arraiais, como o Arraial Nossa Senhora da Conceição de Congonhas, fundado em 1734, onde erigiu-se a Igreja de Nossa Senhora da Conceição que foi o grande impulso para o crescimento da população. No início, a população começou a se organizar à direita do Rio Maranhão, porém com a construção do Santuário do Senhor Bom Jesus de Matosinhos , em 1757, a ocupação passou para a margem esquerda. No entanto, o Santuário só foi concluído em princípios do século XIX, quando Aleijadinho, muito enfermo e com quase setenta anos, finalizou sua última obra prima: os doze profetas, que ficam em frente do santuário.
O conjunto dos doze profetas tornou-se uma das obras mais completas da arte cristã ocidental, representando profetas do Antigo Testamento. Cada profeta tem sua força expressiva com gestos que evocam a plenitude, mas juntos apresentam um vigor cênico, como em um espaço teatral.
Congonhas foi um dos grandes centros de mineração de Minas Gerais. Com o declínio do ouro o município voltou-se para outro recurso natural, o minério de ferro. O Barão Wilhelm Ludwig von Eschwege, que vindo ao Brasil para estudar as riquezas minerais do país, em 1811, instalou-se em Congonhas e, juntamente com outras autoridades, instalou o primeiro centro siderúrgico do país, a usina Patriótica.
Hoje, Congonhas é um grande centro de mineração e siderurgia, com a extração da hematita, que abastece as principais usinas do país, e é um ótimo roteiro para o turismo religioso. Recebe milhares de visitantes e romeiros movidos pela fé e pela beleza do Santuário do Senhor Bom Jesus de Matosinhos, uma das obras máximas do Barroco mineiro, realizada pelo grande artista, Antônio Francisco Lisboa, o Aleijadinho. Em 1985 a cidade foi considerada Patrimônio Cultural da Humanidade, pela UNESCO e Monumento Mundial.