Perda de habitat e fragmentação da paisagem
O lince-ibérico seleciona habitats heterogéneos onde manchas de matagal se alternam com áreas de pastagem, e foi claramente prejudicado com a alocação deste tipo de habitats para áreas de intensa produção florestal, essencialmente para a produção de eucaliptos. Neste tipo de plantações o coberto de formações arbustivas é extremamente escasso e não permite a presença de coelho em densidades adequadas o que afeta negativamente o lince-ibérico.
Os incêndios florestais que anualmente devastam consideráveis áreas da Península são também um fator que tem vindo a contribuir para a regressão do lince. Ao mesmo tempo, a construção de infra-estruturas como estradas e barragens contribui para isolar as populações e introduzir importantes fatores de mortalidade como os atropelamentos.
Projeto Life Lince Andaluzia (2006/2011)
Regressão do coelho-bravo;
Na Península Ibérica as populações de coelho têm vindo a sofrer um declínio muito pronunciado, durante as últimas cinco décadas. No final dos anos 1950 a mixomatose entrou na Península e rapidamente se espalhou, provocando um declínio populacional que reduziu as populações para menos de 5%. No final da década de 1980 uma nova patologia denominada Doença Hemorrágica Viral (DHV) voltou a provocar um dramático declínio do coelho-bravo. Ao mesmo tempo, mudanças ao nível do uso do solo acabaram por tornar as populações extremamente vulneráveis e a sua recuperação surge bastante problemática.
Desde 2013 uma nova estirpe do vírus da Doença Hemorrágica Viral (DHV) tem provocado surtos de mortalidade nas populações de coelho-bravo em Portugal.
Mortalidade Induzida pelo Homem
A informação disponível indica que a principal causa de mortalidade tem origem na atividade humana, incidindo ou de forma involuntária, como os atropelamentos, ou de forma intencional, mesmo que actuando por via indirecta, como sejam o uso de técnicas ilegais de controlo de predadores, uso de venenos ou, por via direta, o abate ilegal.
Com a consciente sensibilização da importância de salvaguardar as populações desta espécie, regista-se uma diminuição acentuada do número de exemplares encontrados mortos, por causas intencionais, sendo de destacar as mortes por atropelamento, com relevância para as que ocorrem nas vias asfaltadas, como sendo actualmente a principal causa de mortalidade não natural.
A reduzida variabilidade genética das pequenas populações isoladas faz com que sejam bastante vulneráveis a doenças. Patologias como a leucemia felina, toxoplasmose e a tuberculose bovina constituem sérias ameaças à sobrevivência das populações.